朱丽媛
- 作品数：5 被引量：2H指数：1
- 供职机构：中国医学科学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基因间长非编码RNA:T-UCRs转录活性的验证
- 2015年
- 目的选择小鼠大脑皮层胚胎发育阶段转录的一类非编码RNA,即基因间区的T-UCRs作为研究对象,探究小鼠基因组上基因间超保守区域的转录活性。方法 1)利用UCSC数据库(NCBI37/mm9)通过生物信息学预测筛选在小鼠14.5 d胎脑中可能表达的基因间UCR;2)Coding Potential Assessment Tool(CPAT)和Coding Potential Caculator(CPC)对筛选结果进行编码能力预测;3)RT-PCR对筛选结果进行验证;4)Real-time PCR分析T-uc.62在不同组织中的表达差异以及在小鼠不同发育阶段脑组织中的表达变化。结果 1)通过UCSC网站上的RNA-seq数据库筛选得到16个可能在小鼠E14.5脑组织中表达的基因间UCRs;2)通过CPAT和CPC分析,16个UCRs均不具有蛋白编码能力,提示可能是非编码RNA;3)经过RT-PCR验证发现有15个是可以表达的;4)以T-uc.62为例,其主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达,而在小鼠的成年组织中低表达甚至不表达。结论基因间超保守区域可以转录生成长非编码RNA,其中,T-uc.62主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达;其可能在大脑发育过程中发挥重要功能。
- 王瑞雨张靖朱丽媛彭小忠
- 关键词：UCR
- 神经干细胞定向分化过程中编码基因表达谱分析被引量：1
- 2014年
- 目的探索小鼠神经干细胞定向分化为神经元及胶质细胞过程中重要发育基因的表达变化。方法 1)神经干细胞培养及定向分化诱导培养;2)分化神经元、星形胶质细胞的流式分选;3)针对编码基因表达谱芯片的生物信息学分析,包括基因功能聚类、通路分析等。结果 1)经细胞分选获得神经干细胞、神经元、星形胶质细胞;2)Sox2、Nestin等神经干细胞、神经元及星形胶质细胞的标志性基因表达谱式明显;3)Wnt通路、Insulin通路、P53通路活性的改变在定向分化细胞类群中存在细胞特异性。结论神经干细胞的分化过程是一个多基因通路综合变化的复杂网络。
- 张靖朱丽媛阴彬侯琳彭小忠
- 关键词：神经干细胞WNT通路P53通路
- 自然反义转录物Lmo4as对神经系统重要编码基因Lmo4的调节作用
- 2014年
- 目的探索小鼠神经系统重要编码基因Lmo4基因座位上自然反义转录产物Lmo4as对该编码基因的表达调控功能。方法 1)使用c DNA末端快速扩增(RACE)与RT-PCR技术,验证Lmo4as是否具有多聚腺苷酸(poly A)尾,克隆Lmo4as的全长序列;2)使用实时定量PCR和原位杂交技术确定Lmo4as及相应编码基因的时空表达谱;3)使用荧光素酶报告基因实验在体外验证Lmo4as对Lmo4是否具有调控作用。结果 1)Lmo4as是一个具有多聚腺苷酸(poly A)尾的非编码RNA转录本,获得其RNA全长信息;2)Lmo4as与相应编码基因转录Lmo4的丰度在时间上具有协同性,而在空间表达上具有明显不同的分布;3)Lmo4as对Lmo4在转录后水平具有负性调节作用,另外miR-124也能够抑制Lmo4的表达。结论编码基因Lmo4基因座位上自然反义转录产物Lmo4as对其转录后水平的负性调节与microRNA的调节共同发挥作用。
- 张靖吴朝朱丽媛阴彬侯琳彭小忠
- 关键词：原位杂交转录后调控
- PCBP2基因座位上长非编码RNA的筛选与鉴定
- 2013年
- 目的从EST鉴定入手利用生物信息学方法筛选验证PCBP2基因内部UC.338基因座位附近的长非编码RNA。方法首先利用生物信息学方法筛选包含内含子转录区域的ESTs,经CPC分析和统计学比较,共筛选到4个(人、鼠各两个)可能的lncRNAs,用PCR方法进行鉴定,克隆到pGEM-T载体测序验证,并用PCR,real-time PCR的方法检测各ESTs在人源细胞系或小鼠不同组织,小鼠发育不同时间点大脑中的表达谱。结果筛选到4个ESTs中有3个ESTs均具有一定的非编码特征,并最终测序正确:1个人源,2个鼠源,并且其中有些lncRNAs具有一定的细胞、组织特异性,有些lncRNAs具有广谱表达模式。结论使用了一种新的寻找lncRNAs的方法,从EST鉴定入手,对现有数据库进行了挖掘。找到了可能在小鼠大脑发育过程中起作用的lncRNAs。
- 赵阿妮朱丽媛吴朝刘雪梅阴彬张靖
- 关键词：ESTS生物信息学分析LONG表达谱分析
- Dok5基因3'非编码区(3'UTR)的多态性与我国汉族2型糖尿病关系的初步研究被引量：1
- 2014年
- 目的在胞浆接头蛋白Dok5基因3'非编码区(3'UTR)筛查与我国汉族2型糖尿病(T2DM)相关的单核苷酸多态性(SNP)。方法从493例T2DM患者及573例健康体检者外周血中提取DNA,特异性扩增Dok5基因3'UTR并进行测序,分析筛查出的SNPs的等位基因及基因型频率。结果共检测到4种SNPs,分别为rs2842(G>A)、rs2841(G>A)、rs15899(T>C)及rs2843(C>G),只有rs2841的等位基因及基因型频率在两组间差异有统计学意义(P<0.01)。结论在Dok5基因3'UTR区鉴定出4个SNPs位点,其中rs2841可能是我国汉族2型糖尿病的功能性易感位点。
- 刘雪梅朱丽媛安芳朱惠娟彭小忠潘慧
- 关键词：DOK5等位基因
