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A型口蹄疫病毒VP1基因序列的基因分型研究: 2007年; 为设计A型FMDV基因分型探针建立其3个基因型的数据库,以美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库和英国口蹄疫世界参考实验室(FMDWRL)基因库中所登记的血清A型口蹄疫病毒(FMDV)VP1基因序列为研究对象,运用双序列比对和构建系统发育树的方法对未知基因型的VP1序列进行基因分型并比较两种方法的分型结果。结果表明,两种分型方法的分型率均达到92%,分型结果基本一致。运用这两种方法都可实现对A型FMDV VP1序列的基因分型。; 梁之昶陈小玲姚刚章振华相磊杨兵石岗; 关键词：A型口蹄疫病毒 VP1 基因分型双序列比对

口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报: 对O型FMDV8个基因型、A型FMDV3个基因型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth DiseaseVirus,FMDV)设计出基因型特异性探针,使其不但能够将同一血清型内的不同基因型FMDV序列区分开...; 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华胡国良徐福洲石岗; 关键词：FMDV VP1基因基因芯片寡核苷酸探针; 文献传递

口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报被引量：3: 2008年; 为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。; 相磊陈小玲李伍举梁之昶章振华王学文胡国良徐福洲石岗; 关键词：口蹄疫病毒血清型 VP1基因基因芯片寡核苷酸探针

维生素E对怀孕母猪的营养被引量：4: 2006年; 维生素E(VE)缺乏会加大母猪繁殖障碍疾病的发生概率,空怀母猪缺乏维生素E时出现乏情,妊娠母猪缺乏维生素E时,产生死胎或体弱仔猪。研究表明,在母猪日粮中添加维生素E能降低胚胎和仔猪的病死率,显著提高产仔数,从而改善母猪的繁殖性能。; 相磊郭小权张皎; 关键词：维生素E 母猪

三株口蹄疫病毒的克隆和基因型鉴定被引量：1: 2007年; 目的:将O、A、Asia-Ⅰ型等3株口蹄疫病毒(FMDV)VP3-VP1-2A区域的一个片段克隆到pMD18-T载体上,构建阳性重组质粒,并且鉴定3株病毒所属的基因型。方法:将从中国农业科学院兰州兽医研究所获得的O、A、Asia-Ⅰ型灭活FMDV提取RNA作为模板,采用RT-PCR技术扩增了VP3-VP1-2A区域的一个约1 070 bp的片段,包含了全部的VP1序列;将其克隆到pMD18-T载体上,鉴定后得到阳性重组质粒;将目的片段进行序列测定、分析、绘制系统发育树,进而确定各灭活病毒的基因型。结果与结论:经鉴定,O型灭活FMDV属Cathay基因型,它与该基因型3条参考毒株序列的相似性在87%以上;A型灭活FMDV与参考株的相似性差异较大,但在系统发育树上可以看出该毒株属于Asia基因型;Asia-Ⅰ型FMDV只有1个基因型,将测序结果在NCBI网站上BLAST,证实该灭活病毒为Asia-Ⅰ型。; 相磊梁之昶章振华王学文胡国良徐福洲石岗陈小玲; 关键词：口蹄疫病毒 VP1基因克隆系统发育树基因型

仔猪12种致病菌的16 S rRNA分析被引量：1: 2007年; 研究仔猪12种致病菌的16 S rRNA基因序列,分析其亲缘关系,为设计其16 S rRNA基因的诊断探针提供理论依据。从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因库中下载332条仔猪12种致病菌的16S rRNA基因序列,应用双序列比对和构建系统进化树的方法对这些序列进行种内分析,选出每种细菌的代表序列,再对代表序列用同法进行种间分析,并将种间分类结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类结果进行比较。从每种细菌的数据库中选出一条接近16 S rRNA基因序列全长,与同种其他序列的核苷酸替代率差异较小的序列为该种细菌的代表序列,进行种间16 S rRNA基因序列系统进化分析,结果与伯杰氏细菌分类手册(第8版)的分类基本一致。该16 S rRNA基因的系统进化分析所提供的信息将用于下一步针对这12种致病菌的16 S rRNA基因诊断探针的设计。; 梁之昶陈小玲相磊章振华姚刚杨兵; 关键词：RRNA基因致病菌双序列比对系统进化分析仔猪

O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型被引量：3: 2007年; 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。; 相磊章振华胡国良陈小玲梁之昶徐福洲石岗; 关键词：O型口蹄疫病毒系统发育树 VP1基因

仔猪常见12种致病菌的23S rRNA基因序列分析: 2008年; 以107条从NCBI下载和测序的12种仔猪常见致病菌的23S rRNA基因序列为研究对象,运用DNASTAR软件进行系统发育分析。结果显示:以各种细菌的23S rRNA基因代表序列所进行的种间序列分析结果与伯杰氏细菌分类手册和http://www.wiki.cn/wiki/细菌分类表的分类结果一致,也与这12种菌的16S rRNA基因序列分类结果一致。因此,在23S rRNA基因序列保守区设计通用引物,在其变异区设计各种细菌特异性探针,用PCR捕捉被检样品中未知细菌的23S rDNA片段并与种特异性23S rRNA基因探针进行杂交,有可能将未知细菌鉴定到种。; 伍诚意陈小玲王小莺梁之昶相磊章振华季海峰; 关键词：RRNA基因序列系统发育分析仔猪

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相磊