何文祥
- 作品数：24 被引量：200H指数：7
- 供职机构：福建省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项福建省自然科学基金福建省医学创新课题更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法的建立
- 2023年
- 目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初步验证扩增产物的特异性。使用Illumina二代测序对多重PCR产物进行高通量测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析测序有效数据量、平均深度及全基因组覆盖度等质量参数,评估测序质量。基于全基因组测序结果构建系统发育树,确认病毒型别及分析序列的同源性,评价该方法的准确性。结果设计得到HAdV-3全基因组多重PCR扩增引物共计70条(35对),扩增子大小约1200 bp,预期基因组全长约35240 bp、全基因组覆盖度可达99.8%;电泳结果显示多重PCR产物大小与预期相符且扩增特异性高;高通量测序结果显示基于该方法所获病毒全基因组序列完整无缺失,基因组覆盖度达预期范围;序列质量分析显示基于多重PCR的高通量测序方法能获得更多有效数据和更大测序深度,全基因组覆盖更均匀;进化分析显示病毒DNA经多重PCR扩增再测序与病毒DNA直接测序所获序列的进化分型结果一致且同源性高,表明该多重PCR方法的扩增忠实性高,结合高通量测序所获序列结果准确。结论本研究成功建立了一种基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法,该方法能够提高HAdV-3全基因测序效率和成功率,旨在为基于全基因组测序的HAdV-3病原监测及疫情溯源提供更好的技术支持与参考。
- 林琦黄枝妙翁育伟何文祥游丽斌
- 关键词：多重PCR全基因组序列高通量测序
- 美国《Emerging Infectious Diseases》2013年第8期有关人兽共患病论文摘译
- 2013年
- 作者对荷兰旅行存感染碳青霉烯类肠道细菌（CP-E）和产超广谱B内酰胺酶肠道细菌（ESBL-E）的情况及相关致病冈素进行了前瞻性的队列研究。研究包括M卷涮奁以及采集、检测InI国前后肛拭子。
- 何文祥张拥军
- 关键词：人兽共患病论文摘译肠道细菌内酰胺酶超广谱
- 福建省2010—2015年手足口病流行情况及EV71 VP1区基因特征被引量：3
- 2017年
- 目的了解福建省手足口病流行概况及2015年相关肠道病毒71型(EV71)分离株的遗传特性,为完善手足口病的防治策略提供参考。方法对福建省2010年至2015年手足口病监测数据进行描述性流行病学分析,并选取2015年分离的40株EV71毒株进行VP1区基因序列测定、进化树分析和序列比较。结果 2010、2011、2013年度福建省手足口病仅出现一次流行高峰(5—7月),2012、2014、2015年度出现两次流行高峰(4—6月,9—10月),1年中病毒优势流行型别发生改变的年份(2012、2014、2015年)发病率较以单一型别病毒为优势流行型别的年份(2010、2011、2013年)高;发病人群主要集中在1到3岁年龄段的低龄儿童;重症率及病死率随流行型别中EV71比例的增加而相应增高。2015年流行的EV71病毒属于C4a亚型,可分为3个进化分支。与EU703814相比,福建省2015年流行毒株的核苷酸差异性较前几年有扩大趋势。结论福建省同一年份中肠道病毒的优势流行型别是否发生改变可能是导致手足口病不同的发病率及不同季节性分布特征的主要原因。2015年福建省EV71流行毒株仍以C4a亚型为主,存在多个传播链同时流行。3处氨基酸位点上(98,249,283)氨基酸的改变对病毒的意义尚需进一步研究。
- 何文祥陈光敏朱颖
- 关键词：手足口病肠道病毒71型
- 2011-2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A9型基因特征及重组分析
- 2023年
- 目的了解福建地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)相关柯萨奇病毒A9型(coxsackievirus A9,CV-A9)的基因特征及重组情况。方法对2011-2020年福建省各地市上送的HFMD阳性标本进行CV-A9筛查、VP1区全长序列测定和基因型别鉴定及分析。对CV-A9阳性标本利用人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma,RD)及人喉癌上皮细胞(Human laryngeal carcinoma epithelial cells,HEp-2)进行病毒分离,对分离毒株进行全基因组测序及重组分析。结果2011-2020年福建省各地市上送的HFMD阳性标本中共鉴定出HFMD相关CV-A9阳性7份,获得6条VP1区全长序列。基于VP1序列将CV-A9划分为A~O 15个基因型,其中G基因型又可分为G1及G2两个基因亚型。福建省CV-A9均属于G2基因亚型,在系统进化树上呈散在分布。分离并测序获得3条CV-A9全基因组序列,分析显示毒株2014FJFZ463与福建地区流行的ECHO30毒株存在重组。结论G2基因亚型是我国现阶段流行的优势型别。2011-2020年福建省HFMD相关CV-A9流行呈散发状态,未发现本土传播链的形成,但存在基因重组株。
- 何文祥李林丰朱颖翁育伟陈炜
- 关键词：基因分析
- 新型冠状病毒在Vero-E6细胞中的增殖特征分析被引量：1
- 2021年
- 目的了解新型冠状病毒(2019-nCoV)在Vero-E6细胞中的增殖特征,为病毒的分离培养、抗病毒药物研究以及疫苗研制等工作提供基础。方法将2019-nCoV做半对数系列稀释,测定病毒的半数组织培养感染剂量(TCID 50);以1.74×10^-4 TCID 50/cell的病毒量感染Vero-E6细胞,在病毒吸附后第0~6 d分别收集病毒培养上清,测定上清中病毒感染滴度和病毒核酸拷贝数;测定病毒储存液冻融/非冻融、不同细胞悬液浓度、病毒吸附后洗涤/不洗涤等不同实验条件下的TCID 50。结果2019-nCoV感染Vero-E6细胞后,48 h内培养上清中的病毒TCID 50和病毒核酸拷贝数到达或接近峰值,平均复制周期约为3.29 h;48 h后上清中病毒核酸拷贝数维持在较高水平但病毒感染滴度逐渐下降。病毒储存液的冻融、细胞浓度以及病毒吸附后洗涤等培养条件可轻微影响病毒TCID 50。结论2019-nCoV感染Vero-E6细胞在早期增殖迅速,感染后期病毒感染滴度逐渐下降,但病毒核酸拷贝数在上清中维持在较高水平。
- 张炎华何文祥朱颖陈炜吴冰珊修文琼陈宏彬俞婷婷鄢育青吴晶晶袁平张小鸿骆婧翁育伟郑奎城
- 关键词：新型冠状病毒VERO-E6细胞体外
- 福建省1株Salivirus病毒全基因组特征分析
- 2021年
- 目的了解福建地区Salivirus病毒的全基因组特征并对其遗传背景进行分析。方法对2018年福建省342份腹泻儿童粪便标本中检测到的1份Salivirus病毒阳性标本进行高通量测序,获得病毒全基因组序列FUAN-01。对FUAN-01全基因组核苷酸序列和VP1区的核苷酸及氨基酸进行遗传进化分析。结果 FUAN-01全长7907 bp。全基因组与参考株的核苷酸同源性为81.86%~98.21%,与KT182636株的同源性最高,二者ORF区(开放阅读框)编码蛋白存在14个氨基酸位点的差异。VP1区与参考株的核苷酸酸同源性为76.83%~97.81%,与KT182636株的同源性最高;氨基酸同源性为85.27%~99.22%,与KT182636株同源性最高。FUAN-01属于Salivirus A1(SAV-A1)基因型。结论首次在福建地区腹泻儿童粪便中发现Salivirus。国内SAV-A1株或由同一来源传入,与欧洲来源的病毒可能存在流行病学关联。需建立可靠的筛查办法,进一步对福建地区Salivirus的病原学及流行病学情况展开研究。
- 何文祥吴冰珊林琦陈炜翁育伟
- 关键词：全基因组遗传进化分析
- 2011-2014年福建省手足口病相关病原柯萨奇病毒A组4型的分子流行病学分析被引量：8
- 2017年
- 目的分析福建省手足口病患者中柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)的流行病学、基因变异及遗传进化等特征。方法应用细胞培养方法获得病毒分离株,RT-PCR方法进行分子分型及扩增CVA4血清型完整VP1区全长序列,并进行序列变异及遗传进化分析。结果 2011-2014年,从福建省手足口病其它肠道病毒病例标本中分子分型33例CVA4病例,在407例的其它肠道病毒病例中的构成比为8.1%,其中2012年31例,2014年2例。CVA4病例在性别、年龄组分布特征,与一般手足口病流行特征相比,没有特异性。VP1区序列差异比较表明,2011-2014年福建省CVA4分离株之间VP1核苷酸及氨基酸序列相似性分别在92.6%~100%、95.7%~100%;与原型株及国外地方株的核苷酸序列相似性较低,分别为83.7%~85.4%、82.1%~89.1%,氨基酸序列相似性分别为96.1%~99.0%、90.4%~99.6%;与国内地方株核苷酸及氨基酸序列相似性较高,分别为87.9%~99.2%、96.1%~100%。进化树结果表明福建CVA4分离株与原型株及国外代表株的遗传距离远,与国内代表株的遗传距离近。福建CVA4分离株在进化树的分布呈多个分支。结论 CVA4已成为近年来福建省除EV71、CVA16、CVA6、CVA10外导致手足口病的又一重要病原体。福建CVA4分离株与国内地方株同进化共循环,在福建省各个地区同时流行多条亲缘关系接近的传播链。
- 陈炜翁育伟何文祥朱颖黄萌张拥军谢剑锋郑奎城严延生
- 关键词：手足口病分子流行病学
- 人感染H7N9禽流感病毒全基因组扩增与测序方法的建立被引量：4
- 2015年
- 目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。
- 谢剑锋赵琳张炎华翁育伟陈炜王金章何文祥吴冰珊黄萌黄枝妙朱颖郑奎城严延生
- 关键词：全基因组
- 2010年福建省肠道病毒71型血清流行病学调查被引量：8
- 2015年
- 目的了解经过2008及2009年手足口病流行之后,福建省普通人群血清肠道病毒71型的抗体水平。方法采集2010年福建省390名普通人群的血清标本,采用中和试验检测血清EV71中和抗体。结果 390名普通人群中和抗体阳性186人,阳性率47.69%。男女性别之间中和抗体阳性率及抗体滴度均没有统计学差异（χ2=0.42,P=0.52〉0.05;U=-0.24,P=0.81〉0.05）。各个年龄组之间的抗体阳性率及抗体滴度均有统计学差异（χ2=55.69,P=0.00〈0.05;HC=50.36,P=0.00〈0.05）,抗体阳性率最低的为0~岁年龄组,为16.67%,抗体阳性率随年龄增大而增高。0~4岁年龄组的抗体阳性率为25.33%,5~年龄组的抗体阳性率为61.67%,两者之间的抗体阳性率及抗体滴度均有统计学差异（χ2=48.85,P=0.00〈0.05;U=-6.39,P=0.00〈0.05）。结论经过2008及2009年手足口病流行之后,福建省普通人群血清肠道病毒71型的抗体水平仍较低,特别是0~4岁年龄组的儿童。今后福建省仍会出现EV71作为主要病原体之一引起的手足口病疫情,易感人群仍为5岁组以下儿童,应继续加强监测和防控。
- 王金章陈炜翁育伟何文祥张拥军黄萌谢剑锋郑奎城严延生
- 关键词：肠道病毒71型中和抗体血清流行病学调查
- 福建省1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的全基因组特征分析被引量：3
- 2017年
- 目的了解1例不明原因肺炎病例中甲型H1N1流感病毒的生物学特性和变异情况,为临床治疗与疫情防控提供依据。方法利用MDCK细胞分离不明原因肺炎病例中的甲型H1N1流感病毒,分离的毒株经全基因组测序后分析其抗原性、致病性和耐药性等特征。结果从该病例的咽拭子标本中分离得到1株甲型H1N1流感病毒并命名为A/FujianGulou/SWL64/2016(H1N1),其8个节段的核苷酸和氨基酸序列与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株的相似性分别为96.9%~98.9%和96.7%~99.5%。氨基酸序列分析显示HA蛋白共有18个位点发生突变,其中K163Q、S185T、S203T和D222N变异涉及到3个不同的抗原位点,提示病毒发生抗原漂移;与受体结合位点相关的D222N突变还提示病毒感染下呼吸道的能力增强。耐药性分析显示该病毒对金刚烷胺耐药,对达菲仍然敏感。结论本次研究的甲型H1N1流感病毒具有抗原漂移现象,且具备引发重症肺炎的分子特征,应进一步加强监测,为疫情防控奠定基础。
- 张炎华翁育伟张建明修文琼陈宏彬赵琳何文祥朱颖谢剑锋郑奎城
- 关键词：不明原因肺炎甲型H1N1流感
