郑清川
- 作品数：33 被引量：83H指数：6
- 供职机构：吉林大学化学学院理论化学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：理学医药卫生生物学农业科学更多>>
- 双翅目致病蚊类气味结合蛋白pH值调控机理的理论研究
- 昆虫气味结合蛋白(Odorant-binding protein,OBP),是一类低分子量的酸性可溶性蛋白,在昆虫识别外界气味物质中起着重要作用。昆虫气味结合蛋白OBP通常在雄性或雌性的触角中表达,对昆虫的取食、交配、产...
- 郑清川
- Furcatin水解酶的三维结构模建和与furcatin的对接研究被引量：2
- 2005年
- 利用同源模建和动力学模拟方法,模建了furcatin水解酶(FH)的三维结构.并在这基础上,分析了活性位点的组成和结构.研究了furcatin与FH的对接.结果表明,Ser84,Arg146,Thr189,Thr234和Gly372在复合物的形成过程中起重要的作用.其中,Ser84,Arg146和Thr189是在FH的活性口袋的二糖部分的亚单位-1中重要的氨基酸,Thr234和Gly372是亚单位-2中重要的氨基酸.
- 韩葳葳李泽生潘秀梅郑清川孙家钟
- 关键词：同源模建分子动力学
- 多组态二级微扰理论计算CH_3O_2激发光谱以及CH_3O_2→CH_3+O_2解离反应被引量：3
- 2007年
- 在Cs对称性和aug-cc-pVTZ基组水平下,采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)研究了CH3O2自由基基态及其阴阳离子的12个低激发态.为了进一步考虑动态电子相关效应,采用二级多组态微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.所有计算得到的电子态都是价电子态,而且所得绝热激发能和电子亲和势与实验值非常接近.在CASPT2//CASSCF理论水平下计算了CH3O2从2A"和2A'电子态的CH3O2→CH3+O2的解离反应的势能曲线(PECs).优化得到的裂解产物的几何结构和能量与分别优化CH3和O2得到的结果进行比较,从而确定裂解产物的电子态.结果表明,从2A"和2A'电子态的解离反应分别对应产物CH3(2A")+O2(3A")和CH3(2A")+O2(1A").
- 侯春园郑清川舒鑫张红星
- 关键词：势能曲线
- NaCCH自由基低能电子态的理论研究
- 2018年
- 采用CASSCF/CASPT2方法研究了NaCCH自由基的低能电子态,在C2v对称性下给出了NaCCH自由基9个低能激发态的几何、组态、CI系数、振子强度、垂直激发能和绝热激发能.研究结果表明,NaCCH自由基的基态X1Σ+几何和转动系数与实验值是一致的;谐振频率与其他理论方法得到的值也符合的很好;HOMO和LUMO轨道的能量间隔为3.80eV,对应着13Σ+的绝热激发能;除13Π外,其它低能激发态均是稳定状态;基态到三重态是自旋禁阻的.
- 张海丰李颖郑清川郑清川李岚韩海生王东方
- 关键词：激发态
- 人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究被引量：6
- 2008年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.
- 楚慧郢郑清川赵勇山张红星
- 关键词：分子动力学模拟分子对接同源模建
- 人类细胞色素P450 2E1酶在不同乙醇浓度下构象变化的分子动力学模拟（英文）被引量：2
- 2015年
- 细胞色素P450(CYP)2E1家族酶是一种具有双重功能的单加氧酶,能够参与市场上6%药物的代谢而具有重要的作用.这类酶与酒精的消耗、糖尿病、肥胖症以及厌食症等密切相关,引起了广泛的研究兴趣.目前尚未见从原子水平上对这种酶在不同乙醇浓度下构象行为的研究.基于此,本文研究了花生四烯酸(AA)与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下构象与能量变化的特点.对于在不同乙醇浓度下AA与CYP2E1的复合物结构,采用分子动力学模拟结合自由能计算的方法进行研究.分子动力学模拟结果表明,His109和Lys243氨基酸残基对AA与CYP2E1的结合起到了至关重要的作用.当体系的乙醇浓度较高时,AA的结合能力有所下降,这种结合能力的下降是由于AA与CYP2E1之间氢键相互作用力的减弱所致.本研究对于AA与CYP2E1复合物结构在不同乙醇浓度下,AA分子与CYP2E1分子结合能力下降以及CYP2E1的构象变化给出了详细的解释.本研究工作得到的结论对于实验和理论研究均有重要意义,可为后续细胞色素P450酶类催化活性的研究提供理论支持.
- 王衍郑清川
- 关键词：细胞色素P450分子动力学模拟
- C6H5N光谱性质的多组态二级微扰理论研究被引量：2
- 2008年
- 采用全活化空间自洽场方法(CASSCF)在C2v对称性和6-31g(d,p)基组水平下,研究了C6H5N自由基及其阴阳离子的基态和低激发态性质.为了进一步考察动态电子相关效应,采用多组态二级微扰理论(CASPT2)获得更加精确的能量值.计算得到13A2→13A1和13A2→13B2在4303.1和4212.2kJ/mol处的激发可分别归因于π(b1)→ny和π(a2)→ny的跃迁,而13A2→13B1和13A2→11B1在2634.9和2700.4kJ/mol处的激发具有nx→π*(a2)和π(a2)→nx的混合跃迁特征,理论波长与紫外吸收光谱得到的实验数据一致.计算得到的电离能与实验值也非常接近.
- 侯春园郑清川赵增霞张红星
- 关键词：光电子能谱
- 人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造被引量：3
- 2010年
- 通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.
- 张继龙侯瑞哲李卓郑清川张红星
- 关键词：同源模建分子动力学对接抑制剂
- 基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究被引量：2
- 2009年
- 采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.
- 李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅
- 关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸
- 分子动力学模拟1-丁烯和正丁烷在MCM-22分子筛中的扩散行为被引量：2
- 2009年
- 应用分子动力学方法研究了1-丁烯和正丁烷在MCM-22型分子筛(ITQ-1)中的扩散行为.得到了两种物质在ITQ-1分子筛两个独立孔道中的均方位移曲线、自扩散系数和扩散轨迹.计算结果表明,在温度为400 K时,1-丁烯或正丁烷在十元环孔道中的扩散明显低于在超笼中的扩散,吸附质在超笼的底部和顶部的扩散明显低于在超笼中心的扩散;1-丁烯和正丁烷在ITQ-1分子筛的超笼中两者扩散速率较为相似,而在十元环中,两者的扩散速率差别较大.可以推测,选择性催化主要发生在十元环中.
- 张国郑清川周欣白福全刘涛张红星
- 关键词：分子动力学模拟1-丁烯正丁烷
