张继龙
- 作品数：7 被引量：10H指数：2
- 供职机构：吉林大学化学学院理论化学研究所更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生生物学更多>>
- 人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造被引量：3
- 2010年
- 通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.
- 张继龙侯瑞哲李卓郑清川张红星
- 关键词：同源模建分子动力学对接抑制剂
- 几类重要蛋白质的分子动力学模拟及相关抑制剂的改良
- 本文利用同源模建、分子对接、分子动力学等方法,对人类肺表面活性蛋白D（hSP-D）、人类胞外信号调节激酶1（hERK1）和人类碳酸酐酶VII（hCA VII）三种重要的蛋白质进行了深入的理论研究,主要内容包括: ...
- 张继龙
- 关键词：同源模建分子对接抑制剂选择性
- 文献传递
- 苯磺酰胺从碳酸酐酶Ⅱ中脱离过程的分子动力学模拟被引量：5
- 2013年
- 综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶Ⅱ(CAⅡ)的活性位点脱离过程中底物与酶之间的动态相互作用.脱离过程的平均力势(PMF)显示,底物脱离时存在一个特殊的结合状态.其中,静电相互作用占据了主导地位.轨迹分析显示,除了金属离子的配位作用之外,底物脱离路径上的关键残基Leu198、Thr199和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离.当前的研究对于深入认识磺胺类药物与CAⅡ的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义.
- 孙维琦张继龙郑清川孙志伟张红星
- 关键词：分子动力学模拟自由能苯磺酰胺
- RDX分子内振动能量重分配的动力学研究被引量：1
- 2022年
- 基于从头算分子动力学(Born-oppenheimer moleculardynamics,BOMD)模拟,构建了环硝胺六氢-1,3,5-三硝基-1,3,5-三嗪(RDX)单分子不同振动模式之间的耦合矩阵,并计算了在不同加载能量下从低频振动模式到高频振动模式的最优能量传输路径.结果表明,RDX单分子中—NNO_(2)基团更有利于能量局域化,振动模式v_(3)和v_(4)在从低频振动模式到高频振动模式的能量传输过程中扮演着重要角色.通过对v_(3)和v_(4)两个振动模式的进一步分析发现,加载能量的不同会导致RDX单分子能量传输路径的不同.当加载能量较低时,RDX单分子倾向于从低频振动模式到中频振动模式再到高频振动模式的能量传输路径;当加载能量较高时,能量更倾向于从低频振动模式直接传输到高频振动模式上.揭示了RDX分子内振动耦合能量转移的微观机制,为进一步探索RDX将“机械能”转化为“化学能”的微观过程提供了理论基础.
- 张伶育张继龙曲泽星
- 人类谷胱甘肽S-转移酶M1a-1a催化的亲核芳香取代反应的理论研究被引量：1
- 2009年
- 利用分子力学和量子力学方法研究人类谷胱甘肽S-转移酶M1a-1a催化谷胱甘肽对1-氯-2,4二硝基苯(CDNB)的亲核芳香取代反应的细节.所获得的反应路径显示反应仅经历一个过渡态且能垒很低.电荷布居分析证明电子从谷胱甘肽基团流向二硝基苯,验证了反应的发生.计算结果表明活性位点3个残基(Tyr6,His107和Tyr115)参与了催化反应,尤其是His107,它在反应后期通过与产物形成氢键从而加速了Cl的释放.结果支持了Patskovsky等人提出的机理,并有助于其他谷胱甘肽S-转移酶的研究.
- 张继龙郑清川张红星
- 关键词：过渡态
- 把超临界CO_2流体萃取应用于中药蛇床子有效成分的研究
- 2005年
- 宋吉吉张继龙
- 关键词：超临界CO2流体萃取中药超临界状态
- (E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸水解酶与其催化底物相互作用的理论研究
- 2011年
- 通过分子对接和分子动力学模拟等理论方法研究(E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸(E-2AMS)水解酶与其水解底物E-2AMS的结合方式。MM-PBSA结合自由能计算结果和动力学轨迹的统计分析都表明,在E-2AMS与水解酶形成的复合结构中,底物酰胺键采取反式构型在能量上更有利。在这种结合方式中,水解酶活性位点处的关键残基Arg146、Arg167、Tyr168、Arg179和Tyr259与E-2AMS之间形成7条氢键,在催化反应中起到稳定底物的作用;而残基Ile41和Leu107的主链氨基形成"氧负离子洞",能够抵消催化过程中酰胺氧原子上积累的负电荷,有利于反应的顺利进行。
- 张红星张继龙郑清川
- 关键词：水解酶分子对接MM-PBSA
