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miR-31靶基因的预测及功能富集分析被引量：2: 2016年; 目的搜索miRBase数据库获取多个物种的miR-31的序列特征。方法用TargetScan、PicTar和miRecords3种在线工具对miR-31靶基因进行预测；搜索文献，查找miRecords获得证实的miR-31的靶基因；对所用靶基因进行功能富集分析和信号通路富集分析。结果miR-31的靶基因的富集的生物进程和富集的信号通路，多与各种疾病的发生相关，如肿瘤、心脏疾病。结论miR-31的很多生物功能还未被证实，通过生物信息学方法预测得到的结果可以为后续实验研究提供方向和思路。; 麦秀英林遇溪周嘉裕徐柳; 关键词：靶基因生物信息学

MiR-21靶基因预测和生物信息学分析被引量：4: 2014年; 为了利用生物信息学方法预测miR-21的靶基因及其功能,为后续研究miR-21及其靶基因在结肠癌发生中的作用机制奠定基础。研究通过miRBase获取并分析多个物种的miR-21的序列特征;应用Target Scan、Pic Tar,miRanda及miRecords 4种在线工具预测miR-21的靶基因,结合已证实的靶基因,对靶基因进行功能注释和信号通路富集分析;通过查找文献,综述miR-21的功能,结合功能注释和信号通路富集分析为进一步研究mir-21在结肠癌发生中的作用提供理论基础。; 麦秀英徐柳李萍; 关键词：MIR-21 靶基因生物信息学结肠癌

植物甜菜碱醛脱氢酶的生物信息学分析被引量：6: 2012年; 运用生物信息学的方法,对已在GenBank数据库中注册的甜菜、菠菜、山菠菜、玉米、辽宁碱蓬等植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)的氨基酸序列进行分析。结果表明:植物BADH属于稳定蛋白质,含有较丰富的丙氨酸和谷氨酸;不同植物BADH的氨基酸序列具有较高的同源性,含有与酶功能相关的十肽保守序列及半胱氨酸残基;不同植物的BADH具有不同的亚细胞定位;分子进化研究表明,BADH可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;氨基酸序列中不存在信号肽;分子中不存在跨膜结构域,可能受蛋白激酶的磷酸化;α?螺旋是多肽链中的主要结构元件;蛋白质保守区域包含典型的醛脱氢酶功能结构域。该研究结果为开展BADH的酶学特性及植物抗逆的分子机理研究提供理论参考。; 弄庆媛麦秀英周虹冯潜陈劲松廖海周嘉裕; 关键词：甜菜碱醛脱氢酶生物信息学 GENBANK 抗逆

胰岛素样生长因子受体Ⅰ序列结构的生物信息学分析被引量：3: 2016年; 胰岛素样生长因子受体Ⅰ的3'UTR长度大于7 kb,结构复杂,有多种mi RNAs的结合位点,参与信号通路中MAPK及PI3K/AKT的调节和多种肿瘤的形成和发展,通过生物信息学分析知道其结构特点,为后续研究提供思路。分析表明儿童神经胶质瘤中IGF1R的3'UTR与mi RNAs结合位点突变率最高。分析IGF1R序列3'UTR的结构,mi RNAs结合位点,氨基酸序列的理化性质,亲疏水性,糖基化和磷酸化位点,二级结构和三级结构建模。IGF1R三级结构与配体IGF1的三级结构模拟分子对接,得到2种蛋白相互作用的氨基酸位置及名称。因此,通过对IGF1R 3'UTR突变,降低与mi RNAs的结合,IGF1R表达上调,同时改变与IGF1的氨基酸结合位点,降低2种蛋白的相互作用,从而抑制IGF1R的作用。; 麦秀英李萍徐柳; 关键词：三维建模分子对接

MicroRNA-21靶向Fas Ligand抑制结肠癌细胞的凋亡和对5-FU的化学敏感性: 结肠癌是全球死亡率第三高的恶性肿瘤。有研究表明miRNA及其相关靶基因都与肿瘤细胞耐药性增加和细胞凋亡有关。本文揭示miR-21及其靶基因FasL在结肠癌细胞发展过程中的关系。　　本实验主要通过软件TargetScan，...; 麦秀英; 关键词：结肠癌细胞 FAS配体

FASLG蛋白的序列分析及结构研究被引量：2: 2016年; 为分析FASLG的序列特征,结构特征及与受体FAS的结合位点,为后续研究作用机制提供理论基础和实验思路,从NCBI蛋白质数据库中获取FASLG的序列信息,并使用生物信息学软件Prot Param、Prot Scale、Signal P 4.1、TMHMM Server v.2.0、Clustal X、SWISS-MODEL和Auto Dock等进行序列分析。结果表明:FASLG序列全长为281个氨基酸,偏碱性,为不稳定的亲水性蛋白;为跨膜蛋白,不含信号肽;有一个FAS受体结合域。FASLG的三维结构包含74个α螺旋,20个β折叠,56个延展片段,其余131个则全为无规则卷曲。FASLG蛋白通过15个氨基酸与其受体FAS蛋白相互耦合,从而形成FAS/FASLG信号通路来诱导凋亡。可见得到的FASLG的序列特征、结构及受体结合位点,将对后续研究FAS/FASLG信号通路及miR-21和FASLG在结肠癌细胞中的作用提供新思路和方向。; 麦秀英周曼李萍徐柳; 关键词：生物信息学分子对接

植物胆碱单氧化酶的生物信息学分析被引量：1: 2012年; 为了研究胆碱单氧化物酶的抗逆机理,运用NCBI、Expasy、Psort、NetPhosK、TMHMM、NPSA网站和MEGA5、DNAman软件,对已在GenBank数据库中注册中的甜菜、菠菜、四翅滨藜草、山菠菜、苋菜等植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明:植物胆碱单氧化酶中Ala、Ser、Leu等氨基酸含量较丰富,属于稳定蛋白;不同植物胆碱单氧化酶的氨基酸序列具有较高的同源性(81.52%),均含有转运肽区、2Fe-S中心区和非血红素Fe离子结合区;分子进化树揭示胆碱单氧化酶有较强的保守性,可作为植物遗传分化和分子进化研究的重要依据;分子中不存在跨膜结构域,与疏水区域预测结果一致;可能受蛋白激酶C磷酸化,位点为Ser326;无规卷曲是多肽链中大量的结构元件;包含2个功能结构域,分属于Rieske家族与SRPBCC家族。本研究结果为开展胆碱单氧化酶的酶学特性及甘氨酸甜菜碱生物合成的分子机理研究提供理论参考。; 冯潜弄庆媛麦秀英周虹陈劲松周嘉裕廖海; 关键词：生物信息学 GENBANK 抗逆

八氢番茄红素合成酶(PSY)的生物信息学分析被引量：2: 2015年; 目的:通过生物信息学方法对八氢番茄红素合成酶基因(PSY)及氨基酸序列分析,并构建三维结构。方法:运用生物信息学方法对八氢番茄红素合成酶基因及其蛋白质序列的理化性质、亲/疏水性、信号肽、跨膜结构域、糖基化位点,磷酸化位点,二级结构,功能结构域和三级结构进行预测分析。结果:PSY基因含1239bp的开放阅读框,编码氨基酸数为412,为碱性不稳定蛋白;八氢番茄红素合成酶富含Arg、Leu、Ala、Ser、Val等氨基酸,为亲水性蛋白质;PSY为非跨膜蛋白,不含信号肽,具有多个磷酸化位点,α螺旋和无规卷曲是其主要结构元件。结论:用同源建模的方法构建其三维结构,得到合理模型,为采用生物工程提高番茄红素产量提供理论依据。; 麦秀英熊建锐王旭磊李萍; 关键词：八氢番茄红素合成酶生物信息学分析番茄红素

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麦秀英