张晶
- 作品数：7 被引量：14H指数：2
- 供职机构：新乡医学院基础医学院更多>>
- 发文基金：河南省教育厅自然科学基金河南省科技攻关计划博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：医药卫生政治法律更多>>
- B型脑利钠肽前体蛋白基因多态性与河南汉族群体心力衰竭的相关性
- 2013年
- 目的:探讨B型脑利钠肽前体蛋白(natriuretic peptide precursor B,NPPB)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与河南汉族慢性心力衰竭(Chronic heart failure,CHF)发病的相关性。方法:首先采用免疫金标层析技术检测CHF患者及对照组血清N端B型利钠肽前体(NT-proBNP)水平,然后再利用限制性扩增片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCRRFLP)的方法检测NPPB基因-381A/G(rsl98389)和-777C/T(rsl98388)2个SNPs,病例对照分析并运用SHEsis软件分析数据。结果:河南汉族人群CHF组血清NT-proBNP水平显著增高,并随着病情的加重而增加,与对照组相比,差异具有统计学意义(P<0.05)。NPPB-777C/T SNP在河南人群CHF组和对照组中全部表现为CC基因型即无多态性,NPPB-381A/G SNPs的等位基因及基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。NPPB基因-381A/G SNPs位点与CHF的易感性无显著关联(P>0.05),但OR=1.073 395;NPPB-381A/G不同等位基因的CHF患者NT-proBNP水平不同,其中携带G等位基因的个体NT-proBNP水平显著增高(P=0.036)。结论:血清NT-proBNP水平可用作检测河南汉族人群CHF患者的临床指标之一;NPPB-381A/G的G等位基因可能会影响CHF个体的预后。
- 殷国田杨捷黄艳梅张晶李征辉韩金红张新宁解娜
- 关键词：慢性心力衰竭基因多态性
- 弓形虫穿孔素样蛋白2生物信息学分析
- 2022年
- 目的基于生物信息学分析弓形虫穿孔素样蛋白2(Tg PLP2)的结构及性质、翻译后的修饰以及抗原指数。方法利用ProtParam、SignalP5.0、TMHMM、MegAlign、MAFFT、SMART、SOPMA、Swiss model、NetPhos、SYFPEITHI及IEDB等软件分别预测Tg PLP2的理化性质、信号肽、跨膜区、蛋白质的结构、翻译后修饰情况、B细胞和T细胞抗原表位。结果Tg PLP2是一种亲水性蛋白,相对分子质量为92185.19,含有79个潜在的翻译后修饰位点,无任何跨膜结构域。二级结构以无规卷曲和α螺旋为主。此外,还检测到了几种可能的B细胞和T细胞表位。蛋白的抗原性分析表明其具有抗原性。结论Tg PLP2可能是一种具有良好免疫原性的蛋白,理论上可诱导强大的免疫反应,且具有多个潜在的B细胞和T细胞表位,综合分析提示Tg PLP2是一种合适的弓形虫疫苗候选分子。
- 田晓薇张晶张晶梅雪芳张振超李祥瑞王帅
- 关键词：刚地弓形虫生物信息学分析疫苗
- 刚地弓形虫棒状体顶端表面蛋白2结构和功能的生物信息学分析被引量：1
- 2023年
- 目的 应用生物信息学方法预测并分析刚地弓形虫顶端表面蛋白2(Toxoplasma gondii rhoptry apical surface protein 2,TgRASP2)的结构与功能,为刚地弓形虫的致病机制、药物靶点以及为疫苗的研发提供理论依据,方法 通过ToxoDB官网收集数据确定TgRASP2核酸序列和氨基酸序列;利用各类生物信息学在线网站分别对TgRASP2进行蛋白质基本理化性质、亲/疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构以及抗原表位和抗原指数等进行预测和分析。结果 TgRASP2蛋白共含有437个氨基酸,分子式为C2185H3507N635O642S23,分子质量为49.682 13 ku,理论等电点为9.30,半衰期为30 h;蛋白不稳定系数为50.96,脂溶性指数为74.05,总平均亲水性系数为-0.620,属于亲水性蛋白;该蛋白无信号肽切割位点,无跨膜结构域,含有40个磷酸化位点;二级结构中α螺旋和延长链分别占34.10%和19.45%,β转角和无规则卷曲分别占7.55%和38.90%。经SMART网站分析,该蛋白的结构域含有4个低复杂区,无特殊结构域。该蛋白的抗原性为0.6651,共含有15个B细胞抗原表位,18个CTL抗原表位,15个Th抗原表位。结论 生物信息学预测TgRASP2蛋白具有亲水性,为可溶性蛋白。该蛋白存在多个潜在的B、T细胞抗原表位,具有免疫原性和反应原性,可作为弓形虫病疫苗候选蛋白。
- 马航斌张晶王靖惠王帅田晓薇
- 关键词：刚地弓形虫生物信息学分析
- 多拷贝基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性分析被引量：2
- 2015年
- 目的:研究Y染色体上1个新的多拷贝短串联重复序列基因座DYF399S1在河南汉族群体中的遗传多态性。方法:采集248名河南汉族无关男性个体的血标本,提取基因组DNA,PCR法扩增,用中性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离PCR产物并测序,采用ABI 3130基因自动分析仪和Gene Mapper ID v3.5软件分析结果。结果:DYF399S1基因座为3拷贝,在河南汉族群体继续表现为(GAAA)3N7(GAAA)12-22其模块结构包括1个重复数目变异的核心序列和1个固定的重复序列结构。按其变异模块命名等位基因,共发现11个等位基因。在248名河南汉族无关男性个体中,3个拷贝组成的单体型有94种,其中出现最多的单体型是18/18/18,频率是0.080 6,仅出现1次的单体型有49种,频率是0.004 0;单体型辨别能力(DC)是0.372 5,单体型多样性(HD)和个体识别力(DP)分别为0.865 5和0.862 1。结论:DYF399S1基因座具有高度的多态性,适用于法医学实践和人类进化的研究。
- 张晶王磊黄艳梅马亚磊尚万兵张银珂郭栋黄书琴
- 关键词：遗传多态性法医学
- 常染色体显性遗传Alport综合征一家系COL4A3及COL4A4的基因突变被引量：6
- 2014年
- 目的:对一常染色体显性遗传Alport综合征(AS)家系COL4A3/COL4A4基因突变进行分析,寻找其致病突变位点。方法:采用PCR技术和直接测序法分析该家系先证者COL4A3/COL4A4基因全部外显子序列,并与该家系成员、50名健康个体及GenBank序列进行比较分析,筛选有意义突变。结果:在该家系COL4A3/COL4A4基因中共发现8个突变位点,其中包括1个错义突变、1个内含子突变和6个序列变异。COL4A4基因第44外显子上一个新的错义突变c.4195 A>T导致M1399L,该家系成员中患者均出现了此突变且均表现为杂合子。1个内含子突变为c.4127+11 C>T。其余6个序列变异分别为COL4A3基因上的c.1195 C>T,c.1223 G>A;以及COL4A4基因上的c.3011 C>T,c.4207 T>C,c.4548 A>G,c.4932 C>T。结论:常染色体显性遗传AS COL4A4基因c.4195 A>T和c.4127+11 C>T突变可能与其发病有关。
- 束双双张连云黄艳梅张晶杨保胜咸韦
- 关键词：综合征常染色体显性遗传
- 河南汉族群体DYF403S1和DYF404S1序列分析及多态性被引量：6
- 2015年
- 目的调查2个新的多拷贝基因座DYF403S1和DYF404S1在240例河南汉族群体无关男性个体中的遗传多态性,评价其法医学应用价值。方法用6-FAM荧光染料标记引物,PCR扩增产物采用ABI 3500遗传分析仪检测,根据分型检测结果,分别对2个基因座的不同等位基因进行序列分析。结果 DYF403S1基因座为4拷贝,该基因座包含2种核心序列并表现出2种不同的基序,等位基因分别为23~33、38~53。DYF404S1基因座为双拷贝,等位基因为11~18。本研究中2个多拷贝基因座组成的联合单体型共229种,出现最多的单体型为26-28-29-48/14-15,频率是0.016 7,仅出现1次的单体型共220种,占91.67%。单体型多样性（HD）和个体识别力（DP）分别为0.999 6和0.995 4,单体型辨别能力（DC）为0.954 2。结论 2个多拷贝基因座DYF403S1和DYF404S1在河南汉族群体中具有较高的遗传多态性。
- 马亚磊尚万兵黄艳梅黄书琴张晶芦亮张翠
- 关键词：法医物证学短串联重复序列Y-STR基因座遗传多态性
- 刚地弓形虫钙网蛋白的生物信息学分析被引量：2
- 2022年
- 目的应用生物信息学方法预测刚地弓形虫钙网蛋白(oxoplasma gondii calreticulin,TgCRT)的结构特点、免疫原性及抗原性。方法利用ProtParam、ProtScale和SignaIP软件分别预测TgCRT的理化参数、亲/疏水性和信号肽;利用Colis、TMHMM和KinasePhos3.1预测其卷曲螺旋、跨膜结构域及磷酸化位点;利用SOPMA和Phyre2预测其二、三级结构,利用DNAstar分析表面可及性等参数;利用ABCpred、Syfpeithi和DNAstar预测其B、T细胞表位。结果TgCRT蛋白含578个氨基酸,相对分子质量为64.18607×10^(3),分子式为C_(2841)H_(4519)N_(801)O_(857)S_(18),理论等电点(pI)为5.69。不稳定系数55.50,疏水值85.45,总平均亲水性指数-0.321,属于不稳定亲水性蛋白;该蛋白无信号肽有跨膜区,含44个磷酸化位点,其中31个丝氨酸磷酸化位点,11个苏氨酸磷酸化位点,2个酪氨酸磷酸化位点。1个部位形成卷曲螺旋,二级结构中α-螺旋、β-折叠分别占42.21%、11.42%,β-转角、无规则卷曲分别占3.81%、42.56%;沿肽链走向均匀分布柔韧性、亲水性、表面可及性高分区段;有23个B细胞抗原表位,21个限制性CTL细胞表位和10个限制性Th细胞表位。结论TgCRT蛋白含有多个潜在的的B、T细胞表位,具有免疫原性和抗原性,可作为抗弓形虫感染疫苗候选蛋白。
- 张晶张晶梅雪芳张振超李祥瑞王帅
- 关键词：刚地弓形虫钙网蛋白生物信息学免疫原性
