李旻
- 作品数：3 被引量：16H指数：3
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室更多>>
- 发文基金：上海市科委国际合作基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 两种粪便保存方法对肠道菌群结构研究的影响被引量：3
- 2009年
- 目的比较2种粪便保存方法（室温法和Invitek公司的粪便稳定剂保存法）对菌群结构研究的影响。方法应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术（PCR-DGGE）方法，对用2种方法保存的3位志愿者粪便样品进行菌群结构的分析。结果室温法保存粪便样品24h后，S1个体菌群结构与原始样品的菌群结构相似度为83％，S2和S3的菌群结构与其原始样品的相似度仅为77％。而使用粪便稳定剂保存1d，期间各时间点样品菌群结构与原始样品相比变化较小，相似度在80％-90％。结论粪便稳定剂具有一定的稳定样品菌群结构的作用，在新鲜粪佰样品不能寺刻讲行深冻的情况下,使用粪便稳定剂是一种较好的样品保存方法。
- 袁军李旻申剑赵立平庞小燕
- 关键词：菌群结构PCRDGGE
- T-RFLP技术在人肠道柔嫩梭菌类群的组成分析中的应用被引量：3
- 2009年
- 目的建立能快速筛查和比较大规模人群肠道中柔嫩梭菌类群组成结构的T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)。方法采用T-RFLP技术特异性地分析柔嫩梭菌类群的组成,考察该方法的重复性和灵敏度。用该方法对15个志愿者肠道中的柔嫩梭菌类群进行分析,并与DGGE方法分析的结果进行对比。结果T-RFLP方法重复性高,最低能检测到群落中1%的细菌,其结果与DGGE的分析结果具有较好的一致性。结论本研究建立的柔嫩梭菌类群特异性的T-RFLP方法能够对大量肠道样品中柔嫩梭菌类群的结构进行快速、有效的筛查和比较。
- 柳欣源申剑王婷婷李旻赵立平庞小燕
- 关键词：T-RFLP多样性
- CVTree在454高通量测序分析菌群结构中的应用被引量：10
- 2010年
- 目的探究将基于短串频度的CVTree方法用于反映菌群结构的16S rRNA基因的454高通量测序数据分析的可行性,为快速分析高通量菌群结构数据提供新的方法。方法对一个四世同堂的中国家庭7名成员肠道菌群和不同基因型及饮食类型的小鼠肠道菌群用454高通量方法获得16S rRNA基因的V3区的测序数据,用CVTree的方法进行菌群结构的比较分析。结果通过选取合适的短串长度,CVTree的方法能准确检测到各样本间的聚类关系,其结果与之前文献报道的基于Unifrac算法的结果相一致。结论CVTree能快速、有效地处理16S rRNA基因的454高通量测序数据,实现对不同菌群结构相似性的比较分析。
- 华蔚颖徐昭张梦晖李旻张晨虹赵立平
- 关键词：菌群结构
