林家栋
- 作品数：113 被引量：364H指数：9
- 供职机构：贵州大学更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学经济管理文化科学更多>>
- 赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析被引量：4
- 2020年
- 采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析。结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α-螺旋、β-转角、无规则卷曲组成。
- 祖盘玉李维林家栋李洪林简华峰刘洋牟腾慧刘洋刘洋
- 关键词：胫色生物信息学分析
- 贵州省纳雍县畜禽品种资源调查及开发利用被引量：4
- 2008年
- 林家栋张万发陈彦希
- 关键词：畜禽品种资源品种资源调查年平均气温土地面积喀斯特地貌
- 家兔IGF1基因多态性与生长性状的关联分析被引量：5
- 2017年
- 本研究旨在探讨胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor 1,IGF1)基因SNP与家兔生长性状的关联性。采用DNA池、PCR-SSCP方法对家兔IGF1基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在家兔IGF1基因的外显子3中检测到1个SNP位点T365C,表现为3种基因型:TT、TC和CC。IGF1基因不同基因型与家兔生长性状的关联分析结果发现,新西兰兔TT基因型个体的初生重、28日龄体重均显著高于TC和CC基因型个体(P<0.05);比利时兔TT基因型个体的初生重、90日龄体重和初生至90日龄的平均日增重均显著高于TC和CC基因型个体(P<0.05);其余品种的各生长性状指标在该位点均没有达到显著水平(P>0.05)。结果提示,IGF1基因可能是影响家兔生长性状的主效基因或与主效基因连锁,T365C位点有望作为提高家兔个体生长性状的分子遗传标记。
- 肖超能翁吉梅李维江昭华林家栋刘若余李洪林祖盘玉张福平
- 关键词：家兔生长性状
- 纳雍县“糯谷猪”资源情况调查被引量：8
- 2005年
- 林家栋张万发王晋升杨开熊英华
- 关键词：畜牧业FAO畜禽品种家畜遗传基因
- 基于转录组测序技术研究饲粮赖氨酸水平调控贵州黄鸡采食量的差异表达基因和信号通路
- 2022年
- 本试验旨在利用转录组测序(RNA-Seq)技术研究饲粮赖氨酸(Lys)水平调控贵州黄鸡采食量的分子机制,挖掘与采食量相关的候选基因和信号通路,进一步提高家禽采食量以及促进养殖效益。选取健康的1日龄贵州黄鸡雏鸡400羽,随机分为4组,每组5个重复,每个重复20羽。各组饲粮Lys水平分别为0.7%、0.9%、1.1%和1.3%。试验期6周。在6周龄时,选取平均日采食量差异极显著(P<0.01)的0.9%Lys水平组(b组,n=3)和1.3%Lys水平组(d组,n=3)中的贵州黄鸡各3只,采集下丘脑组织进行RNA-Seq分析、差异表达基因GO功能富集和KEGG信号通路分析,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证RNA-Seq测序数据。结果表明:1)0.7%、0.9%、1.1%Lys水平组1~6周龄平均日采食量极显著高于1.3%Lys水平组(P <0.01),其中,0.9%Lys水平组最高。2)每个样品所产的测序读数比对到鸡参考基因组上比对率均在89%以上,Q20、Q30含量分别在97%、93%以上;b组和d组共筛选到2 006个差异表达基因,其中,1 275个基因表达上调,731个基因表达下调。GO功能主要在调节神经过程、投射神经元形态发生、负调控神经发生等生物学过程极显著富集;KEGG通路显著富集到19条通路,富集到磷脂酰肌醇信号系统、叉头框转录因子O信号传导途径、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路和脂肪细胞因子信号通路6条通路可能影响贵州黄鸡的采食量。筛选到神经肽Y (NPY)、前阿黑皮素原(POMC)、刺鼠相关蛋白(AgRP)、可卡因和安非他明调控转录前肽(CARTPT)富集到神经活性配体-受体相互作用信号通路和脂肪细胞因子信号通路上。qRT-PCR结果显示6个随机选择的差异表达基因的表达趋势与RNA-Seq结果一致。综上所述,0.7%、0.9%、1.1%赖氨酸水平组1~6周龄平均日采食量极显著高于1.3%赖氨酸水平组。不同水平赖氨酸可能通过�
- 王小亚饶永超陈大海唐宏林家栋张福平施晓丽
- 关键词：转录组测序贵州黄鸡赖氨酸下丘脑采食量
- 思州鸡BMP15基因第1外显子多态性及其与蛋品质的关联分析被引量：5
- 2019年
- 研究旨在探讨思州鸡骨形态发生蛋白15(BMP15)第1外显子多态性及其与蛋品质的相关性。采用PCR产物直接测序法检测思州鸡BMP 15基因第1外显子测序,将测序结果用DNAStar软件校正;利用Excel 2007统计基因型频率数据,并进行卡方适合性检验;通过SPSS 18.0软件对BMP 15基因不同基因型与思州鸡蛋品质间的关联性进行分析。结果显示,思州鸡BMP 15基因第1外显子存在4个SNPs位点:397C/T、473A/G、603C/T和612C/T,均处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P<0.05);397C/T和603C/T位点的多态信息含量(PIC)分别为0.3488和0.3299,属于中度多态(0.250.05);612C/T位点对思州鸡蛋长径有显著影响(P<0.05),提示BMP 15基因第1外显子对鸡蛋品质中蛋白高度、蛋长径具有较大的遗传效应。结果表明,BMP 15基因可能是影响思州鸡蛋品质的基因之一,可作为思州鸡蛋白高度、蛋长径等蛋品质性状的分子标记。
- 李洪林李维张福平祖盘玉牟腾慧刘洋龙广丽李开阳林家栋
- 关键词：BMP多态性蛋品质
- 天柱番鸭ApoVLDL-Ⅱ基因多态对肉质和血清生化指标的遗传效应分析被引量：3
- 2013年
- 载脂蛋白极低密度脂蛋白Ⅱ(ApoVLDL-Ⅱ)是极低密度脂蛋白的主要成分,在禽类繁殖和脂质转运中起着重要作用。试验采用PCR-SSCP法与PCR产物直接测序技术相结合对天柱番鸭ApoVLDL-Ⅱ基因全编码区进行多态性检测,并分析其对肉质和血清生化指标的遗传效应。结果表明,在ApoVLDL-Ⅱ基因外显子3检测到T1986C同义突变,产生CC,CD和DD 3种基因型,等位基因C和D;在3'-UTR检测到C2901T突变,产生AA,AB和BB 3种基因型,等位基因A和B;合并基因型显示,产生3种聚合基因型CC/AA,CD/AB和DD/BB,基因型CC/AA和等位基因C/A的频率分别为0.716 1和0.851 9。最小二乘分析显示,CC/AA基因型个体的血清总蛋白和球蛋白显著高于CD/AB型个体(P<0.05),白球比值和免疫球蛋白A显著低于CD/AB型个体(P<0.05)。研究结果揭示,T1986C和C2901T位点对血清中蛋白含量可能有一定的相关性。
- 张依裕潘兰兵林家栋
- 关键词：SNP肉质血清生化指标
- 赤水乌骨鸡肌肉生长抑制素基因多态性及其与肉质性状的关联分析被引量：7
- 2017年
- 本研究旨在探讨肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其与赤水乌骨鸡肉质的关联性。采用DNA池、PCR产物直接测序方法对赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在赤水乌骨鸡MSTN基因的外显子1中检测到1个SNP位点C324T,表现为3种基因型,分别命名为CC、CT和TT,而在MSTN基因外显子2、3上没有发现多态位点。对基因型与肉质性状关联分析显示,CT基因型胸肌、腿肌pH均显著高于CC和TT基因型(P<0.05),CT基因型剪切力显著高于TT基因型(P<0.05),其他肉质性状在不同基因型间差异均不显著(P>0.05)。此结果提示,MSTN基因对赤水乌骨鸡pH和剪切力具有较大的遗传效应,初步推断MSTN是控制这一性状的众多基因之一,且可能是影响赤水乌骨鸡pH和剪切力的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育赤水乌骨鸡pH和剪切力的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。
- 李维祖盘玉李洪林林家栋张福平
- 关键词：MSTN基因肉质
- 不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析被引量：3
- 2020年
- 【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响。【结果】从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T。其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上。Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低。Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致。【结论】在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因m RNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制。
- 简华锋祖盘玉李洪林牟腾慧龙广丽饶永超林家栋林家栋张福平
- 关键词：羽色SNP位点生物信息学
- 赤水乌骨鸡黑色素沉积规律研究被引量：3
- 2017年
- 为了解赤水乌骨鸡黑色素沉积规律,试验选择同批出壳健康赤水乌骨鸡雏鸡300只,相同条件下饲养,每隔2周利用比色法按照0~9级标准肉眼观察皮肤、心脏、肺脏、骨膜等16个器官组织部位的黑度,同时利用酶提取黑色素,通过分光光度计测定其胸肌、腿肌、皮肤中黑色素的含量,采用比色法进行比较。结果表明:爪、喙、骨膜黑色素沉积最多,腿肌和皮肤次之,沉积量随年龄增长逐渐减少,气管、肺脏、嗉囊、腺胃、肌胃、睾丸、卵巢黑色素沉积较少,沉积量逐渐增加。皮肤中黑色素含量显著高于胸肌、腿肌(P<0.05),且皮肤、胸肌、腿肌中黑色素含量随年龄增长呈递减趋势。
- 孟信群李思祖盘玉林家栋吴志国陈眷华张福平
- 关键词：黑色素沉积量
