目的分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)分离株全基因组序列特征。方法收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%~100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%~0.57%和0.08%~0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%~100%和99.62%~100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为:与hd998.60%~99.50%和99.75%~99.92%;与MNA12-00198.45%~99.32%和99.71%~99.87%)。9条HAV序列在已发表的抗原中和位点处未发生改变,未发现重组,选择压力分析表明处于负向选择。结论我国存在多株HAV流行株;9条HAV氨基酸序列在主要抗原中和位点处很保守。
为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%~100%和99.23%~100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%~99.81%和99.55%~99.95%;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%~0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%~0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组。本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因IA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性。HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析。
目的比较甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)四种核酸检测方法。方法采用A、B、C实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)及D微滴芯片数字RT-PCR(RT-dPCR)分别对HAV质粒标准品、梯度稀释的HAV疫苗进行灵敏度检测;对相关病毒核酸进行特异性检测;用A、B、C方法对40份人工污染HAV牡蛎、市售牡蛎及血清标本、HAV疫苗标本进行检测,比较检出率;比较A、D方法对低浓度HAV人工污染牡蛎的回收率。结果 A、B方法对质粒标准品均可检测至10拷贝/μL;检测梯度稀释的HAV疫苗,A、B、C方法的斜率、R^(2)值、扩增效率(-3.446~-3.297、0.991~0.998、95.07%~101.051%)均在可接受范围;40份不同来源的标本,A、B、C方法的阳性检出率分别是50%(20/40)、47.5%(19/40)、55%(22/40),差异无统计学意义(χ^(2)=0.467,P=0.792);A、D方法对梯度稀释疫苗检测灵敏度无明显差别,对低浓度HAV人工污染牡蛎检测,D方法回收率高于A方法,但差异无统计学意义(F=0.294,P=0.642)。结论 A、B、C方法无明显差异,较方便快捷;在检测低浓度HAV污染的食品时,D方法略有优势,但检测成本稍高,选取检测方法可根据实际情况选择。
