张志燕
- 作品数：50 被引量：92H指数：6
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江西省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学自动化与计算机技术医药卫生生物学更多>>
- 一种影响猪精子活力的SNP标记
- 本发明提供了一种影响猪精子活力的SNP标记。所述SNP标记的核酸的序列如SEQ ID No.1所示，所述SNP标记的位点位于如SEQ ID No.1所示的核酸上的从5’端起的第301位，对应于11.1版本国际猪基因组的9...
- 黄路生陈佐权孙迎春张志燕周梦肖石军
- 11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究被引量：4
- 2010年
- 本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944A>T、c.1438G>A、g.21063G>T)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944A>T和g.21063G>T2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944A>T位点上变异显著(0.01T内变异极显著(P<0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438G>A突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。
- 杨广礼任军张淑红刘孟洲张志燕黄路生
- 关键词：SNPS
- 全基因组关联分析鉴别白色杜洛克×二花脸F_2资源家系中猪阴囊疝易感基因位点的鉴定
- 2014年
- 【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率<90%的个体,剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格的SNP位点用PHASEBOOK构建出F2资源家系中每个个体的单倍型,并采用隐马尔可夫模型将其归类到数目预先定义的祖先单倍型中。使用基于广义线性混合模型的GLASCOW软件进行利用祖先单倍型的病例-对照全基因组关联分析。采用保守的Bonferroni校正方法得到基因组显著水平和染色体显著水平的阈值。对F2资源家系中达到染色体显著水平的易感SNP位点在包含237个患病个体的远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行同样的质控,并利用Haploview软件对质控合格的SNP位点分别展开基于单点和基于单倍型的传递不平衡分析(TDT),进行重复验证。【结果】白色杜洛克×二花脸F2资源家系中全部个体的38 033个SNP标记通过质控。在GWAS分析中,共发现108个达染色体显著水平(P<2.63×10-5)的猪阴囊疝关联SNP位点,分别位于染色体2、8和17上,最强相关的SNP位点位于17号染色体上。在远缘三联体核心家系群中,724个个体的96个SNP位点通过质控。对质控合格的SNP位点进行基于单点的TDT分析,结果发现5个显著相关的SNP位点得到重复验证(P<0.05),其中2号染色体上有1个SNP位点和17号染色体上有4个SNP位点,分别位于IQGAP2,CHMP4B,SERINC3,ZNF334等4个基�
- 宿英阮国荣龙毅杨斌张志燕邓玮芸吴丽花吕显山艾华水肖石军任军黄路生丁能水
- 关键词：传递不平衡分析阴囊疝易感基因
- 大白和长白猪大样本群体的繁殖性状遗传参数估计及影响因素分析被引量：18
- 2019年
- 旨在解析不同因素对大白和长白猪大样本群体繁殖性能的影响。同时估计大白和长白猪繁殖性状的遗传参数。本试验选取温氏2013-2018年5年间大白共65 546窝母猪繁殖记录、长白共9 552窝母猪繁殖记录进行研究。采用SAS软件GLM过程对母猪8个繁殖性状进行分析,解析母猪分娩胎次、出生胎次和情期3个因素对其繁殖性能的影响。同时利用DMU软件估计这些性状的遗传力、遗传相关和表型相关。结果表明:1)在影响因素分析中:在两个品种中,母猪分娩胎次对所有繁殖性状都有极显著影响(P<0.001);在大白猪中,母猪出生胎次对5个繁殖性状影响显著(P<0.05),情期对所有繁殖性状影响均不显著;而在长白猪中,母猪出生胎次对弱仔数和出生窝重有显著影响(P<0.05),情期对5个繁殖性状影响显著(P<0.05)。2)在遗传参数估计中:在大白猪中,出生窝重遗传力最高,为0.281,总仔数、活仔数、健仔数、弱仔数和死胎数的遗传力在0.117~0.179范围内;而在长白猪中,总仔数遗传力最高,为0.190,活仔数、健仔数、弱仔数和出生窝重的遗传力在0.100~0.176范围内;在遗传相关和表型相关上,大白猪的总仔数与活仔数、总仔数与健仔数、活仔数与健仔数、健仔数与出生窝重等遗传相关均在0.738以上,其表型相关在0.717以上,长白猪的总仔数与活仔数、总仔数与健仔数、活仔数与健仔数的遗传相关在0.895以上,表型相关在0.791以上。本研究结果为提高母猪的繁殖性能和加速繁殖性状的遗传进展提供了试验数据和理论基础。
- 姚天雄陈冬吴珍芳肖石军张志燕杨明
- 关键词：繁殖性状DMU遗传参数估计
- 基于GWAS筛选后近红外光谱特征波段预测品质的方法及系统
- 本发明提供了一种基于GWAS筛选后近红外光谱特征波段预测品质的方法及系统，应用了特有的近红外光谱特征波段筛选策略，首先利用近红外光谱采集设备对配置的原始样本进行扫描，获取样本的光谱数据，并测定样本的各项肉质性状理化指标，...
- 黄路生唐熹张志燕谢磊肖石军
- 一种可调式倾斜离心管架
- 本实用新型公开了一种可调式倾斜离心管架，包括前支撑板、后支撑板、工形支架、上连接板、下连接板、转动轴，在上连接板和下连接板上均开有若干个相同孔径的限位圆孔，在前支撑板侧壁、后支撑板侧壁的上端、下端各设有一个上连接孔和一个...
- 余传刚肖石军张志燕黄路生
- 文献传递
- 两个增加猪肋骨数的主效标记及其在猪育种中的应用
- 本发明公开了一个位于猪7号染色体上的增加猪肋骨数的主效标记及其在种猪遗传改良中的应用。本发明采用实时定量TaqMan PCR技术和PCR扩增后直接电泳的技术分别对g.103458678_103458679ins291主效...
- 任军黄路生幸宇云张志燕艾华水
- 文献传递
- 可鉴别断奶仔猪F4腹泻易感性/抗性的MUC13分子标记及应用
- 本发明公开了一个可鉴别西方猪种断奶仔猪F4腹泻易感性/抗性的MUC13分子标记及其在种猪遗传改良中的应用，它先进行单核苷酸多态性(SNP)A157G的鉴别，再采用SNaPshot方法进行SNPA157G基因型判定。本发明...
- 黄路生任军晏学明黄翔张志燕欧阳婧曾维宏
- 文献传递
- 一个影响猪肉品质性状的SNP标记及其应用
- 本发明涉及生物技术辅助遗传改良领域，特别涉及一种影响猪肉质性状的SNP。所述SNP标记为10.2版本国际猪基因组15号染色体上的从5’端起的第133802499位点的核苷酸，所述核苷酸对应于SEQ ID NO:1上的从5...
- 黄路生麻骏武刘先先肖石军吴钟紫熊信威杨杰张志燕周李生
- 文献传递
- 决定仔猪F4ac腹泻易感/抗性的MUC13基因及其应用
- 本发明公开了一种决定仔猪F4ac腹泻易感性/抗性的MUC13基因及其在种猪遗传改良中的应用，它是利用大规模白色杜洛克×二花脸资源群体和15个中外猪种的远缘群体，通过全基因组扫描连锁定位、目的区域高密度SNP多点连锁精细定...
- 黄路生任军晏学明艾华水张志燕
- 文献传递
