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段艳宇: 作品数：20 被引量：59H指数：5; 供职机构：江西农业大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金江西省自然科学基金国家杰出青年科学基金更多>>; 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>

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白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究被引量：3: 2016年; 为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。; 徐盼张震崔磊磊杨斌段艳宇; 关键词：血液性状

采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL被引量：2: 2009年; 为研究影响猪后腿质量的QTL,采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记,对白色杜洛克(♂)×二花脸(♀)资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测,利用最小二乘线性回归分析,通过置换试验确定显著性域值,对影响猪后腿质量的数量性状位点(QTL)进行了定位分析。共检测到10个QTL位点,其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs,在5和7号染色体上检测到2个5%基因组显著水平QTLs。影响效应最大的QTL位于7号染色体58 cM处,置信区间仅为5 cM,这些结果为下一步的精细定位和位置候选基因的分离奠定了基础。; 肖石军高军祁文杰段艳宇毛辉荣周利华李琳黄路生; 关键词：数量性状位点

一种影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP分子标记及其应用: 本发明属于动物分子生物及遗传育种技术领域，公开了影响猪骨骼肌肌纤维密度的SNP标记，FIB1‑NUMMF对应得最为显著的SNP标记位于国际猪基因组11.1版本第9号染色体上的从5’端起的第11607366位点，为G或C；...; 黄路生麻骏武黄贻忠蔡丽萍邹霄霄杨斌段艳宇

猪腹脂脂肪细胞大小、数量及其与脂肪沉积能力和脂肪酸组成的相关性研究被引量：8: 2010年; 为探讨猪腹脂脂肪细胞的数量与大小对猪腹部脂肪沉积能力以及腹脂脂肪酸组成的影响,研究选取了白色杜洛克×二花脸资源家系中343头240日龄F2代个体,测定了每个个体的腹部脂肪重、板油重、花油重及背膘厚度等脂肪沉积性状,通过HE染色技术对腹脂脂肪细胞切片染色后进行图像分析,测定脂肪细胞的大小和数量。结果表明:性别对腹脂重影响极显著(P<0.001),阉公猪饱和脂肪酸含量极显著高于育肥母猪(P<0.001),其他类型脂肪酸低于母猪。脂肪细胞的大小和数量在不同性别间差异显著(P<0.05),且与多数脂肪沉积能力及脂肪酸组成性状呈显著正相关。个体脂肪细胞的增大是造成肥胖的主要原因,多不饱和脂肪酸含量与脂肪细胞大小有显著负相关。; 李琳刘丽婷段艳宇李完波周利华; 关键词：腹部脂肪脂肪酸组成

猪IRS4基因多态性、表达差异及其与脂肪沉积性状的关联分析被引量：1: 2015年; 本研究旨在检测猪IRS4基因多态性及其在17种组织中的表达水平,寻找基因内与脂肪沉积性状QTL效应相关的分子标记。本研究采用比较测序方法搜寻到IRS4基因的3个SNPs,分别是在启动子上的g.96C>G,外显子上的同义突变g.1829T>C和错义突变g.1794T>C(p.Phe432Leu)。RT-PCR检测后发现,IRS4基因在垂体、下丘脑中高度表达,在其他组织中弱表达或不表达。在白色杜洛克×二花脸F2资源家系、苏太猪群体、二花脸群体、杜长大三元杂商品猪及中国地方野猪中,用PCR-RFLP方法对IRS4的3个SNPs位点进行判型,然后分析它们的基因频率及其与4点(肩、胸、腰、臀部)背膘厚、腹脂重、肌内脂肪含量和眼肌面积的相关性。结果发现,g.96C>G位点在F2家系(含有SSCX QTL)中分离程度很低,被首先排除作为潜在因果突变(QTN)的可能性。g.1794T>C和g.1829T>C位点在所有检测的西方猪种(白色杜洛克和杜长大)是均为TT基因型,而它们的CC基因型频率在二花脸猪中分别为65%和100%。在不同群体中标记关联分析结果显示,g.1794T>C与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P<0.01),但它在苏太猪中仅与IMF显著相关(P<0.05),且与二花脸猪表型关联不显著(P>0.05);g.1829T>C则不仅与F2个体所有脂肪沉积表型均极显著相关(P<0.01),而且与苏太猪的4点膘厚和眼肌面积呈显著或极显著相关。此外,生物信息学分析发现,g.1794T>C错义突变可能对IRS4蛋白的功能影响不大。结果提示,该错义突变也不太可能是影响脂肪沉积的QTN,而g.1829T>C与F2和苏太猪的脂肪沉积性状都显著关联,故其可作为这些性状选育的分子标记,并值得深入研究。; 马焕班刘先先杨杰黄卫兵段艳宇郭源梅麻骏武; 关键词：QTL 多态性

白色杜洛克×二花脸资源群体中屠宰季节对猪肉pH值和肉色的影响被引量：17: 2009年; 以白色杜洛克×二花脸资源家系冬、夏两季的两批F2屠宰个体为材料,分析比较两个季节组背最长肌、半膜肌pH值和肉色间差异及pH值对肉色影响的差异。结果显示:背最长肌和半膜肌pH值和肉色均受季节的显著影响。冬季组背最长肌45 m in pH值显著高于夏季组,而2种肌肉24 h pH值在两组间无差异;夏季组2种肌肉的L*值均显著高于冬季组,a*和b*值显著低于冬季组。2组的2种肌肉pH值与L*值显著中度相关,a*值和b*值与pH值仅在夏季组中呈中度相关。; 周利华段艳宇麻骏武; 关键词：PH值肉色

PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及应用: 本发明涉及PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及在种猪遗传改良中的应用。本发明通过利用白色杜洛克×二花脸资源群体和中外猪种远缘群体，通过全基因组扫描连锁定位、目的区域基于高密度SNP标记的IBD精细定位和远缘群体...; 黄路生任军段艳宇乔瑞敏姚飞; 文献传递

整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因被引量：2: 2016年; 【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F_2资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率<90%和孟德尔错误检出率>5%的个体。检出率<95%、次等位基因频率<5%、哈代-温伯格检验(HWE)P<5×10^(-6)、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II测序仪测序对502头F_2资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中Gen ABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P<5×10^(-4)时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具Gene MANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P<5×10^(-4)时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P<10^(-5)时得到304个eQTL,; 徐盼张震章峰杨斌段艳宇; 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因

杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪3个群体25种血液性状的全基因组关联分析: 2016年; 【目的】利用全基因组关联分析定位影响杜长大猪(DLY)、二花脸猪(EHL)和莱芜猪(LW)3个群体25种血液性状的染色体位点,为最后鉴定影响这些性状的因果基因提供前期基础,同时为猪抗病育种和生产提供参考。【方法】将610头杜长大三元杂猪在(180±5)日龄,336头二花脸猪和333头莱芜猪在(300±5)日龄进行统一屠宰。收集2 m L血液于抗凝管中,利用全自动生化分析仪进行25种血液性状的血常规检测。采集猪耳组织提取DNA并测浓度和质量。将质检合格的DNA样品利用Illumina 60K SNP芯片进行基因型判定。运用PLINK软件对判型结果进行质量控制,将合格的SNP标记用于后续的关联分析。使用R语言Gen ABEL软件包中的广义混合线性模型进行全基因组关联分析,定位影响3个群体25种血常规性状的显著性染色体位点。据全基因组关联分析结果,在Ensembl或NCBI网站上搜寻潜在的位置候选基因。【结果】杜长大猪、二花脸猪和莱芜猪三个群体通过质控的有效表型数据个体数分别为552头、325头和281头。60K SNPs经过质量控制过后,杜长大猪剩余56 216SNPs,莱芜猪剩余49 343 SNPs,二花脸猪剩余35 974 SNPs,用于Meta分析的SNPs共有32 967。运用全基因组关联分析和Meta分析共定位到610个显著影响3个群体25种血液性状的SNPs,其中135个SNPs达基因组显著水平,475个SNPs达建议水平;分布在所有染色体上。在杜长大猪中共鉴别到32个基因组显著水平SNPs以及85个建议水平SNPs,且8种性状有基因组显著水平的SNPs,分别是淋巴细胞数目(LYM)、淋巴细胞比率(LYMR)、嗜碱性粒细胞数目(BAS)、嗜碱性粒细胞比率(BASR)、平均红细胞体积(MCV)、红细胞分布宽度变异系数(RDW_CV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和血小板分布宽度(PDW)。在二花脸猪中共鉴别到33个基因组显著水平SNPs以及139个建议水平SNPs,且9种性状有基因组显著水平的SNPs,分别�; 刘晨龙杨慧张慧张志燕段艳宇; 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因

在白色杜洛克×二花脸资源家系中定位影响猪肉滴水损失的QTL被引量：8: 2011年; 【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点(QTL)。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性(r=0.50—0.58,P<0.01),而在两个连续测定时间点间相关性更高(r=0.72,P<0.01)。滴水损失与24 h的pH、肉的亮度(Minolta L),肉色评分、大理石纹、水分含量及肌内脂肪含量呈中等或较低的显著相关(r=0.09—0.35,P<0.05)。QTL分析共检测到9个影响滴水损失相关性状的QTL,6个背最长肌滴水损失QTL,分别位于SSC1、SSC10和SSC12,其中SSC10上的QTL达到5%基因组显著水平;影响半膜肌滴水损失的3个QTL分别位于SSC2、SSC6和SSC17上。【结论】在SSC6、SSC10、SSC12及SSC17上首次检测到滴水损失QTL。多个滴水损失QTL与早先定位的pH QTL或肌内脂肪含量QTL的置信区间重叠。检测到的QTL无一个既影响背最长肌滴水损失,又影响半膜肌滴水损失。大部分QTL有利等位基因(减少滴水损失)源自二花脸猪。; 周利华郭源梅段艳宇张志燕杨凯旋麻骏武; 关键词：背最长肌半膜肌滴水损失

段艳宇

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