张震
- 作品数：9 被引量：25H指数：3
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金江西省研究生创新基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因被引量：2
- 2016年
- 【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F_2资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率<90%和孟德尔错误检出率>5%的个体。检出率<95%、次等位基因频率<5%、哈代-温伯格检验(HWE)P<5×10^(-6)、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II测序仪测序对502头F_2资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中Gen ABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P<5×10^(-4)时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具Gene MANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P<5×10^(-4)时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P<10^(-5)时得到304个eQTL,
- 徐盼张震章峰杨斌段艳宇
- 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因
- 白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究被引量：3
- 2016年
- 为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。
- 徐盼张震崔磊磊杨斌段艳宇
- 关键词：血液性状
- 莱芜猪种质资源特性研究——脂肪沉积性状
- 2015年
- 莱芜猪是我国优良的地方猪种,具有肉质好、繁殖力高、脂肪沉积能力强等优良种质特性。本试验选取了333头纯种莱芜去势公猪与母猪,在300日龄进行屠宰,测定了不同部位背膘厚、花油质量、腹脂质量、板油质量等脂肪沉积性状指标。通过对不同指标测定所得数据按不同性别和不同屠宰季节进行分类,利用SPSS的数据分析功能统计分析出性别效应和屠宰季节效应对莱芜猪脂肪沉积性状的影响。此外,将莱芜猪脂肪沉积性状的相关数据与苏太猪、杜长大进行对比分析。分析结果表明：（1）去势公猪与母猪在不同部位背膘厚、花油质量、板油质量均具有极显著性差异（P〈0.01）,腹脂质量差异不显著（P〉0.05）。（2）冬季屠宰与夏季屠宰的猪在不同部位背膘厚、花油质量、板油质量均具有极显著性差异（P〈0.01）,但腹脂质量差异不显著（P〉0.05）。（3）莱芜猪与二花脸猪、杜长大在脂肪沉积性状方面具有极显著性差异（P〈0.01）。从以上分析结果可以看出性别效应和屠宰季节效应对莱芜猪的脂肪沉积性状均有极显著性影响,这对莱芜猪育肥猪的选择以及饲养育肥周期的确定具有一定的指导意义。
- 方绍明张震季久秀周礼渝陈从英
- 关键词：莱芜猪种质特性
- 解析PPARD G32E导致家猪外耳面积增大的分子机理&全基因组区域内启动子、增强子SNPs变异调控猪肝脏基因表达的初步研究
- 过氧化物酶体增殖激活受体β/δ(peroxisome proliferator-activated receptor beta/delta,PPARD)是一个配体激活转录因子,参与调控多个生物学过程。本实验室前期在白色杜...
- 张震
- 关键词：肝脏组织增强子
- 文献传递
- 猪血糖、血脂与脂肪沉积性状的关联性分析被引量：9
- 2016年
- 为了研究性别和品种对猪血液生化指标的影响,以及血糖、血脂与脂肪沉积性状的相关性,本试验对莱芜猪及苏太猪血液生化指标和脂肪沉积性状进行了测定。采用全自动血液生化分析仪,检测了251头莱芜猪和248头苏太猪6项血液生化指标。结果表明,性别间仅莱芜阉公猪的低密度脂蛋白胆固醇极显著高于母猪（P〈0.01）,其他血液生化指标差异不显著（P〉0.05）;品种间莱芜猪血液葡萄糖、糖化血清蛋白、低密度脂蛋白胆固醇极显著高于苏太猪（P〈0.01）,而高密度脂蛋白胆固醇极显著低于苏太猪（P〈0.01）,其他两项血液生化指标品种间差异不显著;莱芜猪和苏太猪的血糖以及部分血脂指标与脂肪沉积性状有显著相关性,在莱芜猪中,总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇与胸部（6～7肋）背膘厚呈极显著正相关（P〈0.01）,低密度脂蛋白胆固醇与臀部背膘厚呈显著正相关（P〈0.05）;在苏太猪中,血液葡萄糖、总胆固醇和高密度脂蛋白胆固醇与肩部背膘厚、胸部背膘厚、腰部背膘厚、臀部背膘厚呈显著或极显著正相关（P〈0.05或P〈0.01）,糖化血清蛋白与臀部背膘厚呈显著正相关（P〈0.05）,甘油三酯含量与肩部背膘厚、腰部背膘厚呈显著正相关（P〈0.05）。由此我们推测：性别对血液生化指标有一定影响,而品种间血液生化指标有显著差异,血糖、血脂与脂肪沉积性状存在显著相关性。
- 季久秀方绍明张震曾治君麻骏武陈从英
- 关键词：莱芜猪苏太猪血糖血脂
- 猪耳面积因果基因PPARD的鉴别及其功能验证
- <正>耳廓是陆生哺乳动物听觉系统的重要组成部分,人类新生儿中耳廓异常的比例约为万分之一,出生后人的耳廓生长异常在人群中也不鲜见,但其致病机理却少有报道。我们通过对白色杜洛克x二花脸资源家系全基因组扫描,在猪7号染色体上5...
- 张震张慧段艳宇
- 文献传递
- 不同冻存法对肌肉冰冻切片后HE染色和肌球蛋白ATP酶染色效果的影响被引量：8
- 2016年
- 使用分步法和一步法冻存巴马香猪背最长肌,冰冻切片后比较苏木精-伊红染色法(HE染色)和肌球蛋白三磷酸腺苷酶染色法(ATP酶染色)效果。结果表明:分步法冻存的肌肉样品冰晶少,细胞形态完整,HE染色效果好,核质明显;ATP酶染色效果好,可较好地区分Ⅰ型Ⅱ型肌纤维。一步法冻存的肌肉样品冰晶多,细胞形态不完整,HE染色效果差,核质模糊;ATP酶染色效果差,基本染不上色,无法对肌纤维类型进行区分。分步冻存法的建立为通量式制备猪肉的恒冻切片奠定了基础,也为进一步开展相关性状的生理学、遗传学及种猪选育提供了很好的表型测定方法。
- 何茂章张震伍仲平李完波麻骏武段艳宇
- 关键词：冻存方法背最长肌HE染色
- VRTN Promoter-hsp68-LacZ表达载体的构建与鉴定被引量：2
- 2015年
- 利用β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因对与猪脊椎发育相关的VRTN基因调节突变区进行研究和鉴别。使用通路克隆技术构建与VRTN基因的启动子区与热休克蛋白(hsp68)启动子及LacZ相连的报告载体,将其转染人肾上皮细胞系(HEK293T细胞),并将载体线性化后整合入HEK293T细胞基因组中进行上述表达质粒整合效率的评估。结果表明:利用通路克隆技术构建真核表达质粒快速准确;在脂质体介导下转染HEK293T细胞后,将细胞置于42℃热休克染色后检测转染效率60%左右;线性化后转染HEK293T细胞加新霉素G418筛选后可得到稳定遗传的整合有质粒的细胞。
- 张震徐盼张慧段艳宇
- 关键词：热休克蛋白
