王宇萌
- 作品数：9 被引量：19H指数：3
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重大科学仪器设备开发专项国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究被引量：1
- 2016年
- 目的研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用Bio Numerics软件分析。结果通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型（Gnm1-Gnm5）为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11（71.8%,122/170）;达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10（44.1%,41/93）和G11（35.5%,33/93）;布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14（90.9%,40/44）。3个疫源地均分布有G11型。结论内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。
- 蒋羽李建云梁莹蔡虹彭遥王宇萌刘芳徐冬蕾王姝懿张志凯海荣张忠兵李伟范蒙光
- 关键词：鼠疫耶尔森菌分子流行病学
- 鼠疫菌起始板块编码序列分析
- 2012年
- 目的验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。方法选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性。结果利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个。发现9个CDS具有多个翻译起点。发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽。分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响。在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度。结论 RBS可以成为认定基因确实存在的最重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法。
- 俞东征王宇萌
- 关键词：突变
- 甘肃省鼠疫耶尔森菌规律成簇间隔短回文重复序列位点多态性分析及地区分布被引量：4
- 2020年
- 目的研究甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)位点多态性及地区分布。方法选取1962-2014年分离的203株鼠疫菌,培养并提取DNA。采用3对CRISPR引物对菌株DNA进行PCR扩增,对PCR产物进行测序。根据菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况,确定菌株的基因型(类群),采用BioNumerics 5.10软件进行聚类分析。结果203株鼠疫菌发现有16种间区序列,包括YPa位点9种、YPb位点4种、YPc位点3种,发现新的间区序列a1′。共发现5个CRISPR基因簇,分别为Cb2、Ca7、Ca7′、CaΔ5′、Ca35′。不同的基因簇呈现区域性特征:Cb2主要分布在会宁县、平川区,Ca7主要分布阿克塞哈萨克族自治县;Ca7′主要分布在夏河县;Ca35′主要分布肃北蒙古族自治县、玉门市;CaΔ5′主要集中在肃南裕固族自治县。结论CRISPR分子分型方法能够较好地区分甘肃省不同疫源地的菌株,且各基因簇呈现一定的区域性特征。对研究甘肃省鼠疫菌进化规律和人间疫情分子生物学溯源有一定意义。
- 苏永强郭丽民葛亚俊席进孝王宇萌苗克军吴斌徐大琴
- 关键词：鼠疫耶尔森菌基因型
- 青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌遗传特征分析被引量：2
- 2018年
- 目的研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况。方法应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析。结果那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征。结论分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化。
- 王宇萌梁莹张恩民马娜申小娜蔡虹张志凯夏连续梁未丽代瑞霞李伟
- 关键词：鼠疫耶尔森菌青藏高原
- 鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别
- 2012年
- 目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16SrRNA3′端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量,及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG,TTG,CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。结果在CO92的全基因组序列中搜索,共发现可能的RBS结构5081个,2909个后面一段距离内存在开放读码框架,其中1541与标注的CDS相符,535与标注的CDS终止位点相同,但起始位点不同。CO92序列中的3887CDS前面20个碱基中,57.7%含有RBS序列。结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。
- 王宇萌俞东征
- 关键词：翻译起始鼠疫耶尔森菌
- 我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析被引量：7
- 2011年
- 目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列，探讨玉龙疫情菌株（D106004）与邻近两个疫源地剑川菌株（D182038）和西藏菌株（Z176003）的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序．并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行，基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果鼠疫菌株D106004、D182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒，菌株间染色体、质粒特征基本相似；3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇（COG）功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义（x2值分别为3．03、0．257，P均〉O．05）。菌株间编码序列、单核苷酸多态性（SNPs）和基因组重排结果显示，在3株菌株中，有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个，90％以上相似的基因有240个；与Z176003菌株一致的基因有3113个，90％以上相似的基因有200个；D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个，非同义SNPs数为104、203个；D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段，较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性，D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近．玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。
- 申小娜王琪夏连续张恩民梁莹徐冬蕾蔡虹魏建春张慧娟王艳华张志凯王宇萌王娜武利涛宋志忠张洪涛陈晨俞东征海荣
- 关键词：耶尔森菌鼠疫
- 青海高原藏系绵羊鼠疫菌系统发育关系和流行特征的研究
- 2022年
- 目的 对青海高原藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情流行病学和相关鼠疫菌遗传特征进行研究,为制定出适合青海省藏系绵羊鼠疫防控提供科学依据。方法 汇总分析青海省1958―2020年藏系绵羊引发的人间鼠疫疫情资料,描述其时间、地区和人群分布及其他流行病学特征;对38株分离自人、藏系绵羊和喜马拉雅旱獭的鼠疫杆菌进行测序,再结合其他参考菌株的基因序列分析菌株的全基因组单核苷酸多态性特征,构建菌株之间的系统发育关系。结果 1958―2020年共发生藏羊为疫情传染源的人间鼠疫疫情16起,发病69人,死亡42人,病死率60.86%。与藏系绵羊相关的鼠疫杆菌都位于系统发育树的同一进化分支1.IN2中,并具有明显的地域性特征。同一鼠疫事件中人、藏系绵羊和周边喜马拉雅旱獭分离菌株位于同一簇群,与流行病学调查资料相符。结论 流行病学结合系统发育关系分析,证实了青海省人间鼠疫来自藏系绵羊,而藏系绵羊鼠疫则起源于旱獭。藏系绵羊是青海高原上重要的家畜,因此不应低估藏系绵羊鼠疫的危害。
- 熊浩明靳娟辛有全何建杨晓艳王宇萌王文龙刘中凯魏柏青代瑞霞李伟张强
- 关键词：藏系绵羊鼠疫基因组单核苷酸多态性
- 新疆维吾尔自治区阿勒泰山地鼠疫疫源地的发现与证实
- 2023年
- 目的调查、证实新疆维吾尔自治区(新疆)阿勒泰山地是否存在鼠疫自然疫源地。方法2021—2022年在阿勒泰山地(青河县、福海县、阿勒泰市)开展鼠疫疫源性调查,采用鼠疫细菌学、血清学、分子生物学对捕获和捡拾的啮齿类动物脏器、血清、心脏浸液、媒介寄生蚤进行实验室检验检测,鉴定分离鼠疫耶尔森菌株的生化表型。结果鼠疫细菌学检验阿勒泰山地青河县、福海县和阿勒泰市捕获和捡拾的自毙啮齿动物合计115只,其中长尾黄鼠和灰旱獭为优势种,分别占总数的60.87%和20.87%,宿主寄生蚤9组136只,其中长尾黄鼠和灰旱獭寄生蚤的优势种分别为方形黄鼠蚤阿勒泰亚种和谢氏山蚤,分别占宿主寄生蚤的67.74%和100.00%。血清学检测血清样本86份、小型鼠心脏浸液21份、自毙啮齿动物脏器研磨液8份,荧光定量PCR方法检测自毙啮齿动物脏器组织提取核酸DNA 8份。1份长尾黄鼠血清鼠疫F1抗体阳性[间接血凝试验(IHA)滴度为1∶128,酶联免疫吸附试验(ELISA)滴度为1∶256]。1份自毙灰旱獭脏器研磨液鼠疫F1抗原阳性[反相间接血凝试验(RIHA)滴度为1∶64,ELISA滴度为1∶128]。2份自毙长尾黄鼠脏器研磨液鼠疫F1抗原阳性(RIHA滴度分别为1∶512和1∶1024;ELISA滴度分别为1∶2048和1∶4096)。2份脏器组织鼠疫特异核酸阳性。分离到鼠疫耶尔森菌2株,生化鉴定为古典型,不具有酵解鼠李糖的特性。结论新疆阿勒泰山地存在鼠疫自然疫源地,菌株生化鉴定为古典型。
- 王信惠刘戈古丽阿依·包开西王宇萌贵有军王希江王效俊罗勇军王蒴雒涛尹小平王诚李伟李博
- 关键词：鼠疫耶尔森菌鼠疫疫源地野外调查
- 新疆地区58株鼠疫耶尔森菌规律聚集的间隔短回文重复位点多态性分析被引量：8
- 2017年
- 目的了解新疆维吾尔自治区(新疆)鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)规律聚集的间隔短回文重复(CRISPR)位点的遗传多态性,对菌株进行基因分型。方法利用PCR技术对分离自新疆的58株鼠疫菌的基因组DNA进行扩增,测定扩增产物的核酸序列,分析各菌株CRISPR位点的间区序列种类和排列情况,应用Bionumerics软件制作聚类图,确定菌株基因型。结果共鉴定42个间区序列和23种间区序列阵列,58株鼠疫菌分为16个基因型,即基因3型、8型、11型和16型,主要分布在新疆乌恰县、和田地区、尼勒克和玛纳斯县;基因7型的鼠疫菌全部分离自新疆准噶尔盆地大沙鼠及其体表寄生蚤;其他型别的鼠疫菌则主要分布在新疆北天山和准噶尔盆地。结论新疆地区的鼠疫菌CRISPR位点遗传多态性较高,不同基因型的鼠疫菌地理分布有明显的区域性特征。
- 贺金荣张渝疆王宇萌蔡虹张志凯李伟梁莹
- 关键词：鼠疫耶尔森菌多态性
