邹凌云
- 作品数：12 被引量：84H指数：4
- 供职机构：第三军医大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金重庆市高等教育教学改革研究项目重庆市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生文化科学生物学一般工业技术更多>>
- 生物信息学教学中学生创新能力培养探讨被引量：10
- 2012年
- 生物信息学是一门新兴的交叉学科,其理论和方法不断更新,有助于培养学生的创新能力。结合生物信息学教学实践,从教学团队、教学内容、学生主体作用、实践教学、考核方式等方面,对学生创新能力的培养进行了探索。
- 倪青山金晓琳胡福泉饶贤才邹凌云
- 关键词：生物信息学教学方法
- 医学院校生物信息学实践教学初探被引量：12
- 2011年
- 生物信息学是一门新兴的交叉学科,在生命科学研究的诸多方面发挥着重要的作用,掌握生物信息学的基本理论和方法对医学院学生具有重要的意义。针对医学院校生物信息学教学现状,分析了生物信息学实践课的重要性和教学中存在的问题,对具体的教学实施进行了初步探讨,为生物信息学课程教学提供了参考。
- 倪青山胡福泉饶贤才朱军民谭银玲金晓琳邹凌云
- 关键词：生物信息学教学方法实践课程
- 一种可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白质的方法
- 本发明公开了一种可在细菌全基因组水平预测外膜蛋白的方法，该方法为：利用分组重量编码算法，计算蛋白质序列特征，采用特征选择技术提取特征向量，建立基于支持向量机的分类器，对外膜蛋白质和非外膜蛋白质进行分类，通过web服务器，...
- 邹凌云陈抗钟蔚
- 文献传递
- 蛋白质的二级结构预测研究进展被引量：26
- 2013年
- 认识蛋白质的二级结构是了解蛋白质的折叠模式和三级结构的基础,并为研究蛋白质的功能以及它们之间的相互作用模式提供结构基础,同时还可以为新药研发提供帮助。故研究蛋白质的二级结构具有重要的意义。随着后基因组时代的到来,越来越多的蛋白质序列不断被发现,给蛋白质的二级结构研究带来巨大的挑战和研究空间。而依靠传统的实验方法很难获取大规模蛋白质的二级结构信息。目前,采用生物信息学手段仍然是获得大部分蛋白质二级结构的途径。近年来,许多研究者通过构建用于二级结构预测的蛋白质数据集,计算、提取蛋白质的各种特征信息,并采用不同的预测算法预测蛋白质的二级结构得到了快速的发展。本文拟从蛋白质的特征信息的提取与筛选、预测算法以及预测效果的检验方法等方面进行综述,介绍蛋白质二级结构预测领域的研究进展。相信随着基因组学、蛋白质组学和生物信息学的不断发展,蛋白质二级结构预测会不断取得新突破。
- 唐媛李春花张瑗尚进邹凌云李立奇
- 关键词：蛋白质
- The in silico identification of bacterial effector proteins
- Bacterial pathogens secret numerous proteins,the effectors,in order to adapt to the new environment or promote...
- 曾聪邹凌云
- 关键词：BIOINFORMATICS
- 适度运动对人体肠道菌群结构的影响被引量：30
- 2017年
- 目的适度运动有益于身心健康。本研究从肠道菌群结构的角度来探讨运动对人体健康的影响。方法招募运动组和少动组志愿者人群,利用16S r DNA高通量测序技术分析志愿者肠道菌群结构。结果高通量测序共获得61 888个OTUs,其中已注释的OTUs有61 149个。PCo A分析显示,运动组和少动组之间肠道菌群结构存在显著差异。运动组中毛螺菌科(Lachnospiraceae)和拟杆菌科(Bacteroidaceae)的丰度显著高于少动组(P=2.5627×10^(-7),P=0.000 178 4),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)和韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)的丰度显著低于少动组(P=0.000 003 46,P=0.000017 41)。有3株可培养的菌株在运动组中丰度显著增加,分别为瘤胃球菌属的Ruminococcus_sp.5_1_39BFAA,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及丁酸产盐菌属的Anaerostipes_hadrus。在运动组中显著增加的肠道菌,如拟杆菌科,双歧杆菌属的Bifidobacterium_adolescentis以及Anaerostipes_hadrus,能够代谢产生丰富的SCFAs,对肠粘膜免疫系统动态平衡的维持具有重要意义。结论运动可能通过肠道菌群结构的改变及其与肠黏膜系统的相互作用对人体产生积极影响。
- 蒋兴宇赵霞邹凌云蒲晓允
- 关键词：肠道菌群
- 医学研究生基因组与生物信息学教学探讨被引量：3
- 2011年
- 总结了医学硕士研究生基因组与生物信息学课程建设的策略和经验,提出通过精选教学内容、实施"讲、练、做"一体化教学模式、探索创新性教学方法等途径,能够激发学生的学习主动性,增强学生课程知识的应用能力,培养学生的创新思维,为医学硕士研究生的培养提供参考。
- 邹凌云倪青山谭银玲金晓琳饶贤才胡福泉
- 关键词：教学方法医学研究生
- 基于分组重量编码和特征选择技术预测外膜蛋白
- 2013年
- 目的建立新的机器学习模型,从蛋白质数据集或全基因组蛋白质序列中预测外膜蛋白。方法采用分组重量编码和氨基酸组成计算蛋白质序列特征,采用F-score方法反向选择特征,采用支持向量机算法建立分类模型,在1 087条蛋白质序列构成的数据集上进行测试,评价预测模型的敏感性、特异性和预测精度,在多个细菌的全基因组蛋白质中预测外膜蛋白。结果新的序列组合编码方法与SVM相结合,区分外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白、球状蛋白、非外膜蛋白的准确度分别达到94.7%、96.4%和94.6%,经特征选择之后,分类准确度分别提高到95.7%、96.9%和95.9%,且在基因组数据集中的预测结果与已知事实相符度高。结论该方法预测准确度优于其他基于序列特征的预测方法,可用于在基因组序列中预测和筛选新的外膜蛋白。
- 南重汉邹凌云
- 关键词：外膜蛋白分组重量编码支持向量机
- 临床医学8年制生物信息学课程教学的探讨被引量：4
- 2011年
- 阐述临床医学8年制专业开设生物信息学课程的必要性，论述教学实施过程中教材选择、教学内容安排、教学方法设计以及考核方法创新等方面的措施和经验，为该专业生物信息学课程建设提供参考。
- 邹凌云倪青山金晓琳饶贤才胡福泉
- 关键词：生物信息学课程建设
- 2型猪链球菌89K致病岛进化途径分析被引量：2
- 2012年
- 目的分析2型猪链球菌89K致病岛的结构特征,探索其进化历程。方法通过BLAST比对,获取89K致病岛的同源序列,构建其同源序列数据库;分析89K致病岛的碱基组成特征,寻找重组热点区域,并对89K进行分区;对各ORF进行功能预测,划分功能模块;对89K致病岛与其同源序列进行系统发育分析及共线性分析,推测其可能的进化历程。结果 89K致病岛可分为4个保守区,4个主要的非保守区及一段Tn916转座子,呈现多个异源序列相嵌合的结构特征。功能分析发现保守区基因主要参与致病岛的横向转移及其在宿主菌基因组中的稳定,保守区的基因呈现出进化上的一致性,且在某些菌株中保守区以连续状态存在。结论保守区在祖先状态时是一个连续整体,不同来源的非保守区经过多次水平转移和重组事件插入到保守区之间,形成了89K致病岛的嵌合结构。
- 胡力文邹凌云倪青山姚新月朱军民李明胡福泉
- 关键词：生物信息学系统发育分析进化途径
