韩俊杰
- 作品数：8 被引量：29H指数：3
- 供职机构：石河子大学农学院新疆生产建设兵团绿洲生态农业重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 小麦淀粉合成相关酶基因SSⅡa、SBEⅡa和SBEⅡb表达序列多态性及对淀粉质量分数的影响被引量：3
- 2016年
- 为了探究小麦淀粉合成相关酶SSⅡa、SBEⅡa和SBEⅡb基因表达序列核苷酸多态性及其与淀粉质量分数的关系,根据GenBank中已公布的基因序列设计特异引物,克隆基因的表达序列并测序,通过Clustal X2比对分析,用Dnasp 5.0计算核苷酸多态性信息,并建树做单倍型与淀粉质量分数的相关分析。结果表明,克隆得到3个基因的ORF(Open reading frame)序列,NCBI/Blast同源比对SSⅡa、SBEⅡa和SBEⅡb与GenBank中已登记的序列的同源性分别为98.19%、98.64%和99.04%。在SSⅡa、SBEⅡa和SBEⅡb中分别发现40、14和18个SNP位点,其中共包括4个InDel。在SSⅡa中,其第2外显子区为变异富集区,Tajima’s D检验D值均不显著。可见,这3个基因的多态性信息均较丰富,其单核苷酸多态性与小麦淀粉质量分数之间存在一定的对应关系。
- 韩俊杰王昊龙李咏蔡曼李卫华
- 关键词：小麦
- 抗性淀粉含量不同的小麦品种(系)淀粉分支酶SBEⅡa和SBEⅡb基因多态性分析被引量：4
- 2015年
- 【目的】克隆抗性淀粉含量不同的小麦品种(系)中淀粉合成酶关键基因SBEⅡa和SBEⅡb进行多态性分析,从分子水平阐述不同小麦品种(系)间抗性淀粉含量差异的原因。【方法】根据Gene Bank中公布的小麦SBEⅡa(AF286319.1)和SBEⅡb(AY740401.1)基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆SBEⅡa和SBEⅡb基因序列,利用Clustal.W进行测序结果的比对分析,NCBI Conserved domain和inte Pro在线网站对SBEⅡa和SBEⅡb氨基酸序列进行结构域预测,寻找影响抗性淀粉含量的主效基因位点。【结果】克隆了SBEⅡa(2 471 bp)、SBEⅡb(2 510 bp)基因ORF(open reading frame,ORF)全长。序列分析表明:SBEⅡa、SBEⅡb基因与公布的序列同源性分别为98.64%和99.07%。【结论】SBEⅡa基因ORF的三个结构域中未发现影响籽粒抗性淀粉含量的候选差异位点。在SBEⅡb基因编码区羧基C-末端的3个候选差异位点和α-淀粉催化酶结构域的1个候选差异位点可能是造成小麦品种(系)间抗性淀粉含量差异的原因。SBEⅡa、SBEⅡb氨基N-末端前面序列中共计10个单碱基变异作为潜在差异位点,也可能参与SBE基因的表达。
- 王昊龙韩俊杰李卫华刘伟
- 关键词：小麦抗性淀粉多态性分析
- 功能标记的开发及在禾谷类作物中的应用被引量：14
- 2014年
- 功能标记是根据与表型紧密相关的功能基因内部特定区域多态性基序开发出来的一种新型分子标记。由于功能标记直接来源于基因内部的功能性基序,因此,此类标记可以对不同遗传背景下目标等位基因的有无作直接、快速的判定。本文在3种DNA分子标记基于植物中的开发、应用特点比较论述的基础上,重点介绍了功能标记的开发特点,最后探讨功能标记作为一种辅助育种手段在禾谷类作物常规育种中的应用及其开发前景。
- 王昊龙韩俊杰李淼淼南富波李卫华
- 关键词：禾谷类作物
- 小麦SBEⅡb基因的克隆及其与PDS基因串联VIGS载体的构建被引量：1
- 2014年
- 为探讨以PDS基因为指示基因利用VIGS技术研究小麦SBEⅡb基因的功能,本研究拟构建小麦SBEⅡb和PDS的双基因串联VIGS重组载体。根据GeneBank中公布的小麦SBEⅡb(AY740401.1)和PDS(FJ517553.1)基因序列分别设计搭桥引物,利用RT-PCR技术克隆SBEⅡb和PDS基因的特异片段,利用SOE-PCR技术获得双基因融合片段SBEⅡb:PDS。然后以BSMV:γ-PDS为原载体,通过酶切连接,用SBEⅡb:PDS基因片段将原载体中的PDS基因片段进行替换,从而构建BSMV:γ-SBEⅡb:PDS重组载体。结果显示克隆的SBEⅡb和PDS基因片段长分别是181和190 bp,SBEⅡb:PDS片段长是370 bp。序列分析表明:SBEⅡb基因片段与小麦SBEⅡb(AY740401.1)序列同源性为97%;小麦PDS基因片段与PDS(AF155217.2)序列同源性也为97%;酶切鉴定结果表明成功构建BSMV:γ-SBEⅡb:PDS重组载体。本研究构建的BSMV:γ-SBEⅡb:PDS重组载体将在PDS基因的指示下为下一步利用VIGS技术在小麦上研究SBEⅡb基因与小麦淀粉合成的关系奠定了基础。
- 南富波李淼淼王昊龙韩俊杰刘伟李卫华
- 关键词：小麦PDSVIGS
- 小麦淀粉合成酶SSⅡa基因克隆及生物学分析被引量：3
- 2015年
- 淀粉合成酶SSⅡa基因是小麦淀粉合成中的关键酶基因。为了从分子水平上了解造成不同小麦品种(系)淀粉含量差异的原因,本研究根据GeneBank中的SSⅡa基因序列AF155217.2设计引物,对8个不同抗性淀粉含量的小麦品种(系)SSⅡa基因进行克隆和多态性分析,并对其氨基酸序列进行结构域预测。结果表明,8个品种的SSⅡa基因序列高度保守,与GeneBank中已发表的序列相似度达98.19%以上,共发现40个单核苷酸变异,导致20个氨基酸发生了变异。蛋白结构域分析发现这些变异位点均位于α-淀粉催化酶氨基N-末端外侧,而在α-淀粉催化酶的催化区域并未发现变异位点。另外,在新春12中,还发现了一个缺失位点,缺失片段为249bp,该缺失片段包含了糖基转移酶的部分位点。本研究为进一步从分子水平理解SSⅡa基因的结构与抗性淀粉含量之间的关系及开发分子标记辅助选择育种提供了序列信息。
- 韩俊杰王昊龙李淼淼南富波李卫华
- 关键词：抗性淀粉多态性分析
- 基于小麦淀粉合成酶SSⅡa氨基酸序列的生物进化分析
- 2015年
- 选取小麦淀粉合成关键酶SSⅡa,通过生物信息学分析,探究其在进化过程中与其它生物的亲缘关系,看其是否可以作为生物进化的依据。利用克隆得到的小麦SSⅡa基因翻译氨基酸序列,并在NCBI上做BLAST同源比对,并于Swiss Prot非冗余蛋白数据库获得不同生物的同源氨基酸序列进行生物信息学分析。共比较了47种生物的氨基酸序列,其中包括6种藻类、1种苔藓、1种蕨类、1种菌类和38种陆生被子植物。结果显示:小麦淀粉合成酶氨基酸序列与其它生物的同源性为37%-99%,并表现出较高的保守性。通过构建系统进化树,发现淀粉合成酶氨基酸序列可以大体的反映生物进化关系,其氨基酸序列可以用来判定生物进化过程中亲缘关系的远近。
- 韩俊杰王昊龙蔡曼李咏李卫华
- 关键词：氨基酸序列系统进化树
- 不同抗性淀粉含量的小麦品种(系)SBEⅡa基因启动子序列分析被引量：3
- 2015年
- 为了从分子水平上揭示不同小麦品种(系)间抗性淀粉含量差异的原因,本试验利用q RT-PCR技术研究了抗性淀粉含量高和抗性淀粉含量低的小麦品种(系)淀粉合成关键基因SBEⅡa表达差异。根据Genebank中公布的小麦SBEⅡa基因启动子(AY357072.1)基因序列设计特异性引物,利用RT-PCR技术克隆SBEⅡa基因启动子,利用Clustal.W对测序结果比对分析,利用数据库PLACE和Plant CARE对启动子序列中各特征元件进行预测,以发掘影响SBEⅡa基因表达量的重要作用元件的等位变异位点。结果显示:抗性淀粉含量高的小麦品种(系)中SBEⅡa基因的表达量低于抗性淀粉含量低的品种(系)。克隆了10个抗性淀粉含量不同的小麦品种(系)SBEⅡa基因编码区上游2896 bp序列,10个小麦品种(系)SBEⅡa基因启动子序列相似性达到了99.92%,抗性淀粉含量高和抗性淀粉含量低的小麦品种(系)SBEⅡa基因启动子序列间无规律性差异。推测,SBEⅡa基因启动子可能不是造成SBEⅡa基因表达差异的主要原因。
- 王昊龙韩俊杰李卫华刘伟
- 关键词：小麦抗性淀粉启动子
- 关联分析及其在不同分子标记中的应用综述被引量：1
- 2016年
- 关联分析技术在植物中的应用较晚,近些年才在植物数量性状和植物遗传育种研究中得以应用。关联分析以连锁不平衡作图(LD mapping)为基础,用来鉴定植物性状与目标基因之间的关系。关联分析有很明显的应用优势,它不仅不需要特殊的构图群体,而且还能够同时对多个基因位点进行检测,精度非常高。由于其良好的实用性,关联分析技术已经成为国际基因组学的研究热点。介绍了LD的定义和度量方法,综述了基于分子标记的关联分析在植物遗传中的应用,并对其在遗传学中的应用和发展作了展望。
- 韩俊杰王昊龙李卫华
- 关键词：植物分子标记遗传学
