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张发起: 作品数：55 被引量：160H指数：8; 供职机构：中国科学院西北高原生物研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家科技基础性工作专项国际科技合作与交流专项项目更多>>; 相关领域：生物学农业科学医药卫生历史地理更多>>

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四对黄绿卷毛菌核基因引物的设计、扩增与测序方法: 本发明涉及一种四对黄绿卷毛菌核基因引物的设计、扩增与测序方法，该方法包括以下步骤：⑴分别采用与EF1–α、RPB1</i...; 邢睿高庆波张发起陈世龙; 文献传递

青藏高原地区3种蒿属植物转录组比较分析被引量：1: 2022年; 米蒿(Artemisia dalai-lamae)、冷蒿(Artemisia frigida)和臭蒿(Artemisia hedinii)作为西北干旱半干旱地区常见植物,具有防风固沙、阻止草原退化、杀菌消炎和治疗多种疾病的功效。通过Illumina测序技术分别对3种蒿属植物进行转录组测序和分析,分别获得54268322,46434864和43971646条Clean reads,并对测序结果进行了SNP和可变剪接分析。在米蒿和冷蒿对比组(ADL vs AF)中筛选到6107个差异基因,在米蒿和臭蒿对比组(ADL vs AH)中筛选到4822个差异基因,在冷蒿和臭蒿对比组(AF vs AH)中筛选到3755个差异基因。GO富集将差异基因注释到生物过程、细胞组成和分子功能这3个类别共47个条目。KEGG代谢通路分析将3个对比组的差异基因分别富集到198、198和197条通路。对每个对比组的前10个高表达差异基因进行了分析,并筛选出25个生物碱、萜类和类黄酮的活性成分可能相关的差异基因。本研究为蒿属植物的物种鉴定、抗逆性研究和资源利用提供一定的科学依据。; 余静雅夏铭泽徐浩张发起; 关键词：蒿属 SNP

基于叶绿体DNA谱系地理结构研究横断山区穿心莛子蔗(忍冬科)的西向和北向扩散: 古造山运动和第四纪气候波动对喜马拉雅-横断山脉地区造成的丰富多样的地形和环境对生物的进化具有重要影响。为了探究忍冬科穿心莛子藨的谱系地理结构和历史动态,我们选用三个叶绿体DNA片段(rbcL-accD,rps15-ycf...; 刘海瑞高庆波张发起陈世龙; 关键词：叶绿体DNA 谱系地理学第四纪

高寒带下的绿色生机可可西里的植被类型和代表性植物解读: 2017年; 由于受到人类活动的干扰很小，可可西里大部分地区至今仍保持着原始的自然状态。其特殊的地理位置、地质、地貌及气候演变历史所孕育出来的独特生物多样性资源为国内外科学界所注目。; 高庆波陈世龙张发起邢睿; 关键词：物竞天择植被类型生境植物生物多样性

基于高通量测序分析青藏高原特有植物蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)的SSR和SNP特征被引量：5: 2016年; 利用Illumina HiSeq ^(TM)2500平台对青海省库泽县的蓝玉簪龙胆(Gentiana veitchiorum)进行高通量测序,共得到SSR序列8 588条,对其SSR重复类型进行分析;三核苷酸重复类型所占的比例最大占54.7%(4696);其次是二核苷酸重复类型占41.3%(3543);四核苷酸重复类型,五核苷酸重复类型和六核苷酸重复类型所占的比例较少(共占4%)。在二核苷酸重复类型中AT/TA重复类型所占的比例最大分别为9.85%和9.5%。在微卫星中重复单元的长度大小和重复次数成负相关,并且微卫星的总长度与重复单元的长度成正相关。在蓝玉簪龙胆的花(GP-F)和叶(GP-L)中分别得到253 789和249 417个SNP位点,其中在非编码区上的比例为51.29%和51.96%。分析发现蓝玉簪龙胆SNP位点在编码区中同义转换所占的比例(48.63%和47.96%)要远远高于非同义转换的比例(0.08%和0.08%),可能与功能基因序列相对稳定有关。; 田尊哲高庆波陈世龙张发起; 关键词：蓝玉簪龙胆高通量测序微卫星

基于叶绿体基因序列rbcL-accD研究莛子藨的分子遗传多样性和谱系地理结构被引量：3: 2018年; 莛子藨是莛子藨属的一种多年生草本植物,主要分布在青藏高原东北部及邻近高山地区和日本,为东亚特有种。本文基于叶绿体DNA基因间隔区rbcL-accD序列,对莛子藨物种水平的序列特征、分子遗传多样性和谱系地理结构进行研究。分析结果发现该区域莛子藨种群的遗传变异主要来自于居群间(72.28%),优势单倍型(H2)广泛分布,特有单倍型分散在多个居群。居群间遗传分化系数N_(ST); 刘海瑞高庆波张发起邢睿迟晓峰陈世龙

藏茵陈基源植物皱边喉毛花的全长转录组信息分析: 2023年; 皱边喉毛花为藏药藏茵陈基源植物之一,其包含丰富的药用成分。为进一步了解皱边喉毛花转录组,丰富其基因注释、代谢通路等遗传信息,该研究利用PacBio测序平台对皱边喉毛花叶片进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得17 Gb的高质量数据,对795698个环形一致性序列(CCS)序列进行聚类和去冗余,最终获得87814条高质量的全长转录本。(2)与7个数据库比对后,共有277451条转录本注释成功,其中注释到NR数据库的转录本最多,有39214条。26396条转录本成功注释到KOG数据库中,共有26个子类。39104条转录本注释到KEGG数据库中,涉及6个主要通路和40个子通路。39102条转录本注释到GO数据库中,按分子功能、生物学过程和细胞成分3大类对注释成功的转录本进行分类。(3)SSR分析共鉴定到22861个SSR,其中单碱基重复最为丰富;共检测到1874个转录因子和15166个长非编码RNA(LncRNA),而注释到转录本最多的转录因子家族是C3H。(4)筛选出55条与单萜类及黄酮类化合物合成相关的转录本。该研究结果丰富了皱边喉毛花的转录组信息,为进一步筛选皱边喉毛花药用成分合成相关的关键基因提供了重要的遗传资源。; 韩霜徐浩余静雅韩赟张发起; 关键词：代谢通路转录因子

椭圆叶花锚简化基因组的SSR信息分析及SSR引物开发被引量：10: 2018年; 基于RAD-seq简化基因组测序技术获得椭圆叶花锚(Halenia ellipitica D.Don)简化基因组水平上的序列信息并开发SSR分子标记。利用SR search软件检测而得到双端各有至少100 bp的五种类型的SSR(二、三、四、五、六核苷酸)位点共6 201个,并成功设计其中3 865个SSR引物。在能成功设计引物的SSR位点中,三核苷酸SSR位点最多;重复序列长度包括17种(12~36 bp);重复序列的基序共达316种,其中五核苷酸基序种类最多(91种)。从中挑选65对可对应五种SSR类型的引物,经梯度PCR检验后,利用椭圆叶花锚的4个居群32个个对可扩增的引物进行PCR和聚丙烯酰氨凝胶电泳检测,其中14对引物能在绝大多数个体中扩增,且13对具多态性。13个多态性位点的等位基因数量均值为5.462,多态性较高且不连锁(P<0.05);其中10个位点在多数居群中偏离哈迪温伯格平衡(P<0.01)且存在较高的纯合子数量(观测杂合度Ho均值0.226);近交系数在-0.443~1,均值为0.656;基因流N_m为0.474。; 王久利陈世龙陈世龙邢睿朱明星张发起; 关键词：椭圆叶花锚 SSR分子标记

皱边喉毛花及其近缘种叶绿体基因组结构与进化分析: 2023年; 喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一,其属下物种关系一直存在争议。为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系,本研究为重建喉毛花属下系统发育关系,通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序,共获得12个叶绿体基因组,并分析其结构特征与系统发育关系,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。结果表明,(1)皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组均在150 kb左右,基因总数均为131个,其中编码基因81个,IR区核苷酸多态性较低,编码区比非编码区更保守;(2)除ndhB基因外,其余编码基因均受到纯化选择的作用,皱边喉毛花及其近缘种的密码子偏好性较弱;(3)基于蛋白编码序列(CDS)、第一、二位密码子位置(CDS1+2)、第三位密码子位置(CDS3)以及筛选出的高度变异基因间隔区(ndhC_trnV-UAC、psbC_trnS-UGA和psbK_psbI)序列等不同数据集构建的系统发育关系高度一致,皱边喉毛花、镰萼喉毛花及长梗喉毛花相互嵌套。总之,皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组相似度极高,物种之间存在相互嵌套的系统发育关系。研究可加深对喉毛花属系统发育关系的理解,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。; 韩霜余静雅李孝平牛玉张发起; 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性

基于cpDNA和ITS序列对西川红景天(Rhodiola alsia)种内遗传分化进行研究: 西川红景天Rhodiola alsia(Fr(o|¨)derstr(o|¨)m)S.H.Fu隶属于景天科Cmssulaceae红景天属Rhodiola L.,为青藏高原特有的多年生草本植物,生于海拔3400-4800米的...; 高庆波张得钧段义忠张发起李印虎付鹏程陈世龙; 文献传递

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