张菁菁
- 作品数：62 被引量：197H指数：8
- 供职机构：南京医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金南京医科大学科技发展基金江苏省临床医学科技专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学交通运输工程水利工程更多>>
- 应用Ion Torrent半导体测序技术检测常染色体显性多囊肾患者PKD1基因致病突变被引量：4
- 2015年
- 目的基于IonTorrent半导体测序技术建立常染色体显性多囊肾患者PKD1基因致病突变检测方法并评价其临床应用价值。方法遗传病分子诊断。收集2013年7月至2014年8月在南京市妇幼保健院就诊的多囊肾患者5例，提取外周血DNA，采用9个长链PCR反应特异性扩增PKD1基因全部编码区，PCR产物混合后进行酶切，经模板制备、乳液PCR和磁珠颗粒富集，应用IonTorrent个体化基因组测序仪进行PKD1基因测序，对发现的致病突变通过Sanger测序验证。结果应用IonTorrent半导体测序技术检测到4例患者存在PKD1基因致病突变，分别为外显子12微小缺失突变（C．2966_2970delCGGCG），外显子15微小缺失突变（C．50145015delAG），内含子23剪接位点突变（c．8972—2A〉G），外显子36错义突变（c．10675G〉A）。结论基于长链PCR技术和IonTorrent半导体测序技术，建立了常染色体显性多囊肾病基因诊断方法，该方法能够特异性检测PKD1基因致病突变，具有较高的临床应用价值。
- 马定远胡平罗春玉张菁菁成建王玉国蒋涛许争峰
- 关键词：多囊肾常染色体显性
- 软骨发育不全的产前基因诊断被引量：6
- 2014年
- 目的:探讨采用成纤维细胞生长因子受体3(FGFR3)基因测序技术对软骨发育不全(achondroplasia,ACH)进行产前诊断的价值,以为遗传咨询和临床干预提供依据。方法:选择8个ACH家系,其中5个家系中母方为ACH,1个家系父母双方都是ACH,2个家系父母双方正常曾生育过ACH患儿。提取患者及家庭其他成员外周血基因组DNA,应用基因测序对FGFR3基因进行检测;抽取胎儿羊水或脐血,提取基因组DNA后对FGFR3基因进行检测。对超声检查胎儿发现短肢发育异常的4个胎儿进行产前基因诊断。结果:5个家系都是母方c.1138G>A杂合型突变,产前基因诊断3个胎儿(其中1个家系是2次妊娠)是c.1138G>A杂合型,3个胎儿正常;1个家系父母双方都是c.1138G>A杂合型突变,胎儿也是c.1138G>A杂合型突变;2个家系父母双方正常而生育的患儿是c.1138G>A杂合型突变,再次妊娠的胎儿都正常。4个短肢发育异常胎儿,基因检测均未发现突变。4个c.1138G>A杂合型突变胎儿和4个短肢发育异常胎儿均已引产;5个未发现突变的胎儿已分娩,随访均为健康个体。结论:FGFR3基因检测可为ACH患者或生育过ACH的家庭提供遗传咨询和产前基因诊断。
- 罗春玉张菁菁马定远秦岭许争峰
- 关键词：软骨发育不全产前基因诊断
- 脊髓性肌萎缩症携带者筛查技术研究进展被引量：5
- 2022年
- 脊髓性肌萎缩症(SMA)是一种常染色体隐性遗传、儿童致死性神经系统疾病,按症状的严重程度可分为Ⅰ~Ⅳ型。SMA发病迅速、存活期短、治疗代价高昂且人群携带率较高,因此开展人群SMA携带者筛查、对高风险夫妇提供产前诊断以避免SMA患儿的出生尤为重要。目前已报道的SMA携带者筛查技术众多,包括变性高效液相色谱法(DHPLC)、多重连接依赖性探针扩增(MLPA)、荧光定量PCR以及数字PCR等技术。DHPLC技术快速方便、灵敏度好,但稳定性差,常需联合其他方法使用;MLPA技术高效、特异但试剂耗材非国产化,价格昂贵、操作繁琐;荧光定量PCR操作简单、高通量但其稳定性待改进;数字PCR技术准确性高、操作简便,但其软件分析系统还在逐渐成熟中。该文对SMA的主要临床特征、发病机理进行简明扼要的介绍,并主要总结了目前临床采用的几种SMA筛查技术的研究进展。
- 李烨荣张菁菁吕娟
- 关键词：脊髓性肌萎缩症携带者筛查技术产前诊断
- 中国人21-羟化酶缺陷症CYP21A2基因突变研究
- 马定远林颖蒋涛许争峰陈玉林孙云杨冰成建黄美莲张瑾张菁菁胡平
- 血友病A患者F8基因突变检测方法的建立及临床应用被引量：2
- 2016年
- 目的：应用 Ion Torrent 半导体测序技术建立血友病 A（HA）的 F8基因致病突变检测方法并探讨其临床应用价值。方法方法学建立。应用长距离 PCR（LD－PCR）对9例 HA 患者进行 F8基因22号内含子倒位和1号内含子倒位检测，倒位阴性患者应用 Ion Torrent 半导体测序技术检测 F8基因致病突变，对发现的致病突变进行 Sanger 测序验证。对8个家系中11例女性受检者进行 HA 携带者检测，并对其中1例孕妇进行胎儿产前基因检测。结果患者检测发现4例错义突变（c．1331A＞C， c．1648C ＞T， c．6506G ＞A， c．6544C ＞T），2例移码突变（c．2393＿2394insT， c．6320delG），1例剪接突变（IVS5＋5G ＞A），1例无义突变（c．43C ＞T），1例内含子22倒位突变。在11例女性受检者中，10例为携带者，1例不携带母源致病突变。 对 1例患病高风险胎儿进行产前基因检测，结果表明胎儿未遗传母亲致病突变。 Sanger 测序验证结果证实8个突变位点真实存在，与高通量测序结果一致。结论成功建立了基于 Ion Torrent 半导体测序技术检测 F8基因突变的方法，该方法检测周期短、通量大，是 F8基因突变筛查的有效方法。
- 刘安杨海平马定远谷变利宋雅洁罗春玉张菁菁林颖王玉国许争峰
- 关键词：突变FACTOR
- 1例智力障碍合并癫痫家系基因变异分析及产前诊断
- 2022年
- 目的:对1例智力障碍合并癫痫的患儿及其家系进行分子遗传学检测,明确其致病原因,为产前诊断提供依据。方法:应用全外显子测序技术寻找患儿的致病变异,使用Sanger测序技术对患儿及其家系进行致病位点验证,并通过羊水穿刺和Sanger测序为患儿母亲提供产前诊断和遗传咨询。结果:全外显子测序和Sanger验证结果表明,患儿DYRK1A基因存在c.504dupT(p.D169*fs*1)杂合突变,其父母该位点均为野生型,为新发突变。对患儿母亲羊水样本进行检测,胎儿DYRK1A基因c.504位点未检测到变异。结论:全外显子测序技术检测到DYRK1A基因c.504dupT导致的常染色体显性遗传性智力障碍7型可能是该患儿的致病原因,有助于对该家系进行遗传咨询和产前诊断,同时丰富了该致病基因的变异谱。
- 张翠平乔凤昌张菁菁许争峰
- 关键词：产前诊断
- 基于毛细管电泳的单基因病扩展性携带者筛查技术的建立及临床评估被引量：2
- 2023年
- 目的建立并评估一种基于毛细管电泳技术的单基因病扩展性携带者筛查方法.方法采用多个基于毛细管电泳的技术检测1099例样本中24个基因相关的20种疾病中的448个致病变异并进行验证.结果毛细管电泳检测结果与其他方法验证的结果完全一致.在1099例受检者中,检出190例携带者,总体携带率为17.3%(190/1099),检出变异个数最多的是GJB2基因.在检测的1075例女性样本中,共检出8例为X连锁遗传病致病基因的携带者,携带率为7.4‰(8/1075).结论成功建立了一种基于毛细管电泳的扩展性携带者筛查技术.
- 谭建新邵彬彬蒋祝张菁菁王艳罗春玉胡平许争峰
- 关键词：单基因病毛细管电泳
- 新一代半导体测序技术检测胎儿成骨发育不全1例
- 目的:应用Ion Torrent半导体测序仪及Ion AmpliSeqInherited Disease Panel,对1例超声诊断胎儿成骨发育不全(osteogenesis imperfecta,OI)进行致病基因突变...
- 罗春玉马定远张菁菁成建许争峰
- 文献传递
- 江苏地区人群21-羟化酶基因拷贝数变异分析被引量：1
- 2013年
- 目的分析江苏地区人群21-羟化酶基因(CYP21A2)拷贝数变异情况,统计CYP21A2基因大片段缺失/转换突变的携带者频率。方法收集400例体检健康者外周血标本,用多重连接依赖探针扩增技术(MLPA)进行CYP21A2基因拷贝数检测,对检测发现的大片段缺失/转换突变样本进行位点特异性PCR-酶切多态分析和基因全长测序分析。结果 400例健康人中389例携带2拷贝CYP21A2基因;11例存在拷贝数变异,其中携带3拷贝CYP21A2基因的个体共10例(2.5%),CYP21A2基因大片段缺失/转换突变携带者1例(0.25%)。对10例携带3拷贝CYP21A2基因的样本测序分析,发现5例携带p.Gln318X致病突变。结论江苏地区人群3拷贝CYP21A2基因的携带者频率较高加索人群低,携带者筛查具有一定检出率。
- 秦岭张菁菁林颖罗春玉季修庆成建马定远许争峰
- 关键词：21-羟化酶缺乏症拷贝数变异
- 血浆游离DNA高通量测序用于21-三体综合征无创产前检测被引量：22
- 2013年
- 目的初步探讨高通量测序技术检测孕母血浆游离DNA用于21-三体综合征(T-21S)胎儿产前诊断的可行性。方法收集10例T-21S胎儿的孕母血浆和100例健康胎儿孕母血浆(均经过羊水细胞G显带核型确认),分别作为T-21S组和健康对照组,用高通量测序技术对两组标本进行检测,数据经生物信息学统计分析,并将两组测序结果与羊水细胞染色体核型结果比较,评价高通量测序技术的检测效果。结果 10例T-21S组和99例健康对照组的测序结果与羊水细胞染色体核型结果符合率为100%,另1例健康孕妇血浆因胎儿DNA浓度较低未达到检测要求。结论孕母血浆游离DNA高通量测序检测技术用于T-21S胎儿产前诊断具有无创伤、高通量、高准确率等优点,有重要的临床应用价值。
- 林颖孟露露季修庆张菁菁马定远成建刘安周静胡平许争峰
- 关键词：高通量测序无创产前诊断21-三体综合征血浆游离DNA
