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查磊: 作品数：17 被引量：23H指数：3; 供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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基于k-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究被引量：2: 2006年; ncRNA和mRNA一样,都是重要的功能分子。以k-tuple(k字)含量为特征,对酵母ncRNA成熟序列和mRNA的编码区、上游序列与下游序列进行了分类与比较研究,结果显示:基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple的含量,ncRNA和mRNA的交叉有效性分类精度(leave-one out cross-validation,LOOCV)平均值达到93.93%;基于上游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为92.49%和92.76%;基于下游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为91.58%和90.60%;利用上游序列和下游序列的4-tuple与5-tuple的含量,其平均分类精度分别为94.68%和94.83%;通过t检验,得到了在ncRNA和mRNA上、下游序列中具有显著统计学差异的k-tuple。上述结果表明,基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple含量和基于ncRNA与mRNA上、下游序列的4或5-tuple含量可以有效地区分ncRNA与mRNA。此研究结果不仅有助于准确识别ncRNA与mRNA,还有助于发现ncRNA特异的转录因子结合位点。; 李华应晓敏查磊李伍举; 关键词：酵母非编码RNA

环介导等温扩增法快速检测结核杆菌复合群内主要致病菌: 2010年; 目的快速诊断和区分结核杆菌复合群内两种主要致病菌。方法利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立快速检测和区分结核杆菌复合群内主要致病菌的方法,利用该方法对相关的临床分离株样本进行特异性检测,并利用1∶10倍比稀释的已知菌株DNA模板分析其敏感性。反应结束后通过电泳或向反应管中加入DNA染料肉眼判定检测结果。结果该方法可以成功检测到主要的结核致病菌:人型和牛型结核分枝杆菌,与包括卡介苗在内的其余相关菌株均未见非特异性交叉反应。检测的灵敏度可达100拷贝/微升,高于常规PCR方法。结论该检测方法具有敏感、特异、低成本和快速的特点,可检测和区分人型和牛型结核分枝杆菌,并能排除卡介苗对诊断的干扰。; 洪明查磊付文亮邹民吉李伍举吴奎武徐东刚; 关键词：环介导等温扩增结核分枝杆菌复合群卡介苗

基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA被引量：3: 2011年; 细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略,并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明,该模型在独立测试集中具有较高的特异性和阳性检出率,因此,这一方法将为实验发现细菌sRNA提供较好的生物信息学支持。; 刘倩应晓敏吴佳瑤查磊李伍举

BioSun 3.0:一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统: 2009年; 本文介绍了一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统BioSun。BioSun为一套辅助分子生物学实验设计软件,功能全面,并为生物学研究人员提供了易用的环境。使用BioSun分析数据和设计分子生物学实验可以加快实验进程,提高研究效率。; 查磊应晓敏曹源李伍举; 关键词：生物信息学计算机辅助设计

结合RNA的蛋白质位点预测研究: 2012年; 目的尝试通过构建数学模型来确定蛋白质中与RNA相互作用的氨基酸位点。方法从蛋白质结构数据库(protein data bank,PDB)中收集532例蛋白质与RNA相互作用的数据,对每个氨基酸提取150个特征,并利用机器学习方法构建2个与RNA结合的蛋白质位点预测模型。结果经过在同一数据集上与其他模型比较,所构建的模型具有更好的性能。结论该预测模型的建立,为研究人员获得与RNA结合的蛋白质位点提供了较好的生物信息学支持。; 查磊应晓敏李伍举; 关键词：结合位点

基于SVM方法构建细菌sRNA靶标预测模型: 2008年; 目的:为实验方法鉴定细菌sRNA靶标和研究sRNA功能提供生物信息学支持。方法:首先以实验证实的132个sRNA与靶标相互作用数据为训练集,其中包含46个阳性数据和86个阴性数据;其次,以实验证实的22个阳性数据和随机生成的1 700个阴性数据为测试集;最后以RNA二级结构谱等特征为变量,运用支持向量机(SVM)方法构建sRNA靶标预测数学模型。结果和结论:构建的模型对训练集的敏感性和特异性均为100%,对测试集的敏感性和特异性分别为72.73%和80.65%。所构建的数学模型为实验发现sRNA靶标提供了生物信息学支持。; 赵雅琳李华侯妍妍查磊曹源王立贵应晓敏李伍举; 关键词：SRNA 靶标 SVM

pBV220载体中外源基因高效表达的自动化设计被引量：2: 2009年; pBV220载体是国内科学家构建的原核系统表达载体,目前仍在广泛应用.但是,实现外源基因的高效表达需要综合考虑诸如RNA二级结构等多种因素,极其耗时费力.为此,基于我们提出的pBV220载体中外源基因高效表达数学模型,编写了外源基因高效表达的自动化设计软件,并可定性用于原核系统其它载体中外源基因表达水平分析,最终为加快实验进程提供帮助.; 查磊应晓敏王立贵曹源骆志刚苑波李伍举; 关键词：PBV220 自动化设计

蛋白质与RNA相互作用位点预测研究: 目的:蛋白质与RNA的相互作用广泛存在于RNA剪切、翻译、病毒的复制以及其它生物学过程中。因此,阐明蛋白质与RNA之间的相互作用机制,不仅解决了一个基本的生物学问题,也具有应用及治疗方面的意义。在研究蛋白质与RNA之间相...; 查磊应晓敏李伍举; 文献传递

BioSunLAMP:一个用于环介导等温扩增的引物设计软件被引量：6: 2012年; 目的环介导等温扩增法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种新型等温核酸扩增方法。由于其具有简便、高效、特异性高和成本低等优点,在甲型H1N1流感和肺结核等流行病检测中得到了广泛应用。在LAMP技术中,关键的起始步骤是设计合适的引物序列。为了让引物设计更加方便与高效,我们开发了LAMP引物设计软件BioSunLAMP。方法采用Delphi程序设计语言开发了界面友好、便于使用的软件系统。结果经甲型H1N1流感、结核分枝杆菌实验验证,BioSunLAMP软件设计的引物达到了预期效果。此外,与同类软件相比,BioSunLAMP还具有如下特点:①集引物设计与引物特异性分析于一体,可以通过本地数据库或远程调用NCBI的相关数据库来检查引物特异性;②支持针对多序列的通用引物与特异引物设计。结论 BioSunLAMP软件的开发,为LAMP技术的普及提供了很好的生物信息学支持。; 查磊蔡欣应晓敏徐东刚曹源李伍举; 关键词：LAMP 引物设计

蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测: 蛋白质与RNA的相互作用广泛存在于RNA剪切、翻译、病毒的复制以及细胞中的其它生物学过程中。因此,探讨蛋白质与RNA相互作用并确定蛋白质中与RNA结合的氨基酸残基,对于理解蛋白质与RNA之间的相互作用机制具有重要意义。　...; 查磊; 关键词：蛋白质分子分子动力学模拟; 文献传递

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