谢鹭
- 作品数：13 被引量：20H指数：3
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划上海市浦江人才计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 生物信息学方法预测病原体抗原蛋白序列中多肽疫苗候选表位被引量：1
- 2021年
- 根据病原体抗原基因中具有免疫原性的表位氨基酸序列,通过化学合成技术可制备该病原体的多肽疫苗。相较于灭活和减毒疫苗,多肽疫苗因成分简单、特异性强、安全性高、易于保存等优点成为疫苗研发的重点。然而,特异有效的疫苗候选表位的预测和筛选,仍是限制多肽疫苗设计与研发的一个重要因素。本研究综合多个生物信息学工具,构建了一个可用于预测和筛选病原体多肽疫苗候选表位的操作流程。并且,基于严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)的结构蛋白序列,该流程被成功地应用于其候选抗原表位的预测和筛选。最终,我们共筛选到34条关于SARS-CoV-2的T细胞候选表位,其中20条候选表位与数据库中经过验证的表位高度同源,且能够被T细胞受体(T cell receptor,TCR)识别。综上所述,本研究不仅为当下广泛蔓延的SARS-CoV-2的多肽疫苗设计提供了候选表位,还建立了一个广泛适用于多肽疫苗候选表位预测和筛选的工作流程。
- 赵静静澹小秀王广志欧阳俭简星星谢鹭
- 关键词：生物信息学多肽疫苗
- 基因芯片探针注释的问题分析及解决方法的研究现状
- 2007年
- 基因芯片是目前十分重要的分子生物学研究工具,但不可否认,作为一项新兴的技术,基因芯片正处于不断探索和改进的过程中。本文以Affymetrix基因芯片为例,分析了基因芯片探针注释中存在的探针错配以及探针非特异性两个主要问题。针对这两个问题,本文分Affymetrix官方和其它研究机构两方面对改进措施进行综述,其它研究机构的解决措施又从基因、转录本和外显子三方面展开叙述。最后,本文指出了目前研究的发展趋势,就今后的相关研究提出了一些建议。
- 王峰谢鹭
- 关键词：基因芯片
- 免疫细胞浸润在非小细胞肺癌诊断与预后中的应用被引量：7
- 2020年
- 免疫细胞浸润对癌症的诊断与预后有着重要意义。文中收集TCGA数据库已收录的非小细胞肺癌肿瘤与正常组织基因表达数据,利用CIBERSORT工具得到22种免疫细胞占比来评估免疫细胞浸润情况。以22种免疫细胞占比为特征,用机器学习方法构建了非小细胞肺癌肿瘤与正常组织的分类模型,其中随机森林方法构建的模型分类效果AUC=0.987、敏感性0.98及特异性0.84。并且用随机森林方法构建的肺腺癌和肺鳞癌肿瘤组织分类模型效果AUC=0.827、敏感性0.75及特异性0.77。用LASSO回归筛选22种免疫细胞特征,保留8种强相关特征组成的免疫细胞评分结合临床特征构建了非小细胞肺癌预后模型。经评估及验证,预后模型C-index=0.71并且3年和5年的校准曲线拟合良好,可以对预后风险度进行准确预测。本研究基于免疫细胞浸润所构建的分类模型与预后模型,旨在对非小细胞肺癌的诊断与预后研究提供新的策略。
- 万辉辉刘振浩澹小秀王广志徐勇谢鹭林勇
- 关键词：非小细胞肺癌预后模型
- 个性化肿瘤新抗原疫苗中抗原肽预测研究进展被引量：2
- 2019年
- 失控的突变导致肿瘤的发生,其中某些非同义突变(错义、移码、融合)多肽,被蛋白酶体降解成短肽后被抗原提呈细胞(antigen-presenting cells,APCs)识别,呈递至引流淋巴结,符合主要组织相容性复合物(major histocompatibility complex,MHC)结合基序的短肽,继而被T细胞表面因子捕获而产生免疫反应,引发肿瘤的消退,我们称之为"新抗原"(neoantigens).这类抗原由于未受胸腺的阴性筛选,被T细胞识别为"异类",不易受免疫耐受机制的影响,从而可作为免疫介导肿瘤治疗的有效靶点.新一代测序技术极大推动了新抗原疫苗的可行性,但从测序识别肿瘤的体细胞突变到TCR (Tcell receptor)识别新抗原产生免疫反应,中间存在着大量的候选假阳性新抗原多肽,这对于针对新抗原而设计疫苗无疑是难以跨越的障碍.一套有效合理的筛选方法,是新抗原疫苗制备过程中不可或缺的一环.然而国内未见相关综述报道,本文调研了目前新抗原免疫治疗过程中的新抗原肽预测及筛选研究进展.
- 王广志李雨雨谢鹭
- 关键词：肿瘤疫苗
- 改进CKSAAP结合RFE算法预测蛋白质棕榈酰化位点
- 2019年
- 蛋白质棕榈酰化是一种可逆的蛋白质翻译后修饰,在蛋白质稳定性和亚细胞定位等方面发挥重要作用。构建了一种预测蛋白质棕榈酰化位点的新模型(PSSM-CKSAAP-RFE)。采用蕴含进化信息的k-spaced氨基酸对组分方法表征蛋白质序列,通过递归特征消除法进行特征选择;基于上述特征训练支持向量机分类器,并采用夹克刀交叉验证法测试模型性能。研究结果显示,训练集和独立测试集的预测准确率、马修斯相关系数、特异性、敏感性和受试者工作特征曲线下面积分别为98.44%、0.94、98.95%、95.65%和0.990,以及98.41%、0.93、99.39%、92.31%和0.994,优于文献中报道的相关方法,为蛋白质棕榈酰化位点的预测提供了一种新模型。
- 汤亚东谢鹭陈兰明
- 关键词：支持向量机
- 利用单细胞数据解析肝硬化微环境改变及肝癌中细胞交互作用
- ＜正＞为了揭示肝组织中肿瘤微环境的差异,我们分析了来自公共数据库中的肝组织（正常、硬化、肝细胞癌HCC）肿瘤微环境的约14000个单细胞RNA测序数据,对恶性细胞、基质细胞和免疫细胞进行了注释,并对细胞类型间的细胞-细胞...
- 张斯文刘振浩谢鹭
- 文献传递
- 蛋白质功能特征的生物信息学系统研究
- 李亦学谢鹭赵国屏李虹丁国徽
- 该项目属于计算生物学研究领域。生命运动的实质就是生物信息从染色体DNA流向蛋白质，最终表现为有效的特定生物学功能，包含蛋白质三个水平上的高度动态协同：翻译后修饰，表达量（定量），以及相互作用。蛋白质是最接近生物表型的遗传...
- 关键词：
- 关键词：蛋白质
- TCR组库及其在肿瘤免疫中的应用前景与挑战被引量：4
- 2021年
- TCR组库是指机体在特定时间内免疫循环中T细胞克隆的总和,其多样性程度与机体健康密切相关。借助免疫组库测序技术(immune repertoire sequencing, IR-seq),靶向扩增TCR抗原互补决定区(complementarity determining region, CDR) 1-3可有效获取特定时期内疾病患者TCR组库完整的多样性信息。基于此,TCR组库分析可为肿瘤免疫研究提供新型生物标记物,用于监测免疫状态和评估患者预后;同时,TCR组库也可为TCR-T过继免疫疗法的检测与追踪提供有效途径。另外,基于靶向抗原的TCR CDR3序列特征,通过机器学习算法开发"TCR-抗原"识别预测的生物信息学工具,将有利于促进肿瘤免疫研究和治疗应用方面的发展。该文综述了当前TCR组库的检测技术与分析方法,及其在肿瘤免疫中的应用前景与挑战。
- 赵静静简星星王广志澹小秀谢鹭
- 关键词：T细胞受体互补决定区
- 基于集成学习的肿瘤药物敏感性预测研究被引量：2
- 2021年
- 肿瘤药物敏感性预测对个性化精准用药具有重要意义。本文基于GDSC数据库通过Boosting集成学习构建了面向RNA-seq基因表达和癌症药物敏感性数据的预测模型。先将183种药物集分别做归一化处理和基因特征降维,接着用AdaBoost集成SVM的方法建模,并采用十折交叉验证。实验结果表明构建的预测模型具有较高的预测精度,13种药物的AUC大于0.95,108种大于0.9,174种大于0.8。对比验证实验中,AdaBoost+SVM相比单学习器模型在整体药物集的综合评价指标中约提高4%,与其他集成模型相比提高2%。同时本文探讨了药物特异性,通过特征选择和富集分析对药物作用通路进行验证,从生物学角度提供了模型可解释性,证明其应用于临床用药指导的价值。
- 黄鹏杰林勇张梦欢吕琳刘振浩裴潇倜许林锋谢鹭
- 关键词：肿瘤ADABOOST
- 肾脏疾病精准医学研究关键技术和平台的发展被引量：1
- 2018年
- 精准医学定义之初就决定了它是大数据与生物信息学交叉的新型医疗概念。其本质是利用高通量产出的组学大数据和生物信息学技术对分子标志物进行精准鉴定，并在不同疾病或疾病的不同状态下进行准确验证和应用，以提升对病人的精准诊断分型和准确治疗匹配。可以说精准医学研究的关键技术主要包括了三个层面：一是组学检测技术；二是生物信息学分析技术；三是将大数据信息合理运用于临床决策的平台技术。
- 谢鹭李威
- 关键词：肾脏疾病生物信息学技术数据信息分子标志物诊断分型
