罗海涛
- 作品数：6 被引量：11H指数：3
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 一种区分蛋白编码基因和非编码基因的方法及系统
- 本发明提供一种区分蛋白编码基因和非编码基因的方法及系统，其能够在序列水平上区分蛋白编码基因和非编码基因的特征，该特征不依赖于物种已知的数据，不需要保守性信息，并且对长非编码RNA有很好的判断效果，除了在准确性上具有强大的...
- 赵屹孙亮罗海涛
- 文献传递
- 一种区分蛋白编码基因和非编码基因的方法及系统
- 本发明提供一种区分蛋白编码基因和非编码基因的方法及系统，其能够在序列水平上区分蛋白编码基因和非编码基因的特征，该特征不依赖于物种已知的数据，不需要保守性信息，并且对长非编码RNA有很好的判断效果，除了在准确性上具有强大的...
- 赵屹孙亮罗海涛
- 文献传递
- 蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组被引量：4
- 2013年
- 随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.
- 张昆王乐珩迟浩卜德超袁作飞刘超樊盛博陈海丰曾文锋罗海涛孙瑞祥贺思敏谢鹭赵屹
- 关键词：基因组注释蛋白质组学质谱技术
- 哺乳动物长链非编码RNA的进化注释被引量：1
- 2016年
- 哺乳动物的基因组中能转录出成千上万的长链非编码RNA（lnc RNA）,这些新发现的RNA分子已经被证实参与了各种各样复杂的生物过程.目前大多数哺乳动物的lnc RNA的参考注释并不完全,这限制了对lnc RNA的进化以及接下来的功能研究.本研究组利用9个物种6种组织的转录组测序数据,成功地构建出一个完备的哺乳动物lnc RNA的参考注释集合（约4142~42558条lnc RNA）.基于这些lnc RNA,做了一系列的进化研究,发现30%~99%的lnc RNA在基因组上是保守的,这些保守的lnc RNA中仅有20%~27%也能在转录层面保守,这与编码基因的保守性形成鲜明对比：保守的编码基因约有48%~80%能在转录层面保守.随后,基于lnc RNA的表达量数据成功地构建出其在9个物种中的系统发生树,通过对系统发生树的对比分析发现,lnc RNA的进化速率明显比编码基因快,且在不同的组织间有很大差别.将此项研究中得到的lnc RNA的集合以及其保守和进化的数据收集到Phylo NONCODE数据库中（http：//www.bioinfo.org/phylo Noncode）,这将成为研究非编码RNA进化及功能的非常有用的资源.
- 卜德超罗海涛焦飞方双桑谭程夫刘志勇赵屹
- 关键词：长链非编码RNA保守性进化
- 长非编码RNA生物特征研究与分析被引量：3
- 2013年
- 长非编码RNA因其独特的生物特征和复杂的生物功能引起国内外广泛关注.本文对长非编码RNA的生物特征进行研究和分析,涉及长非编码RNA的鉴定、数据特征和功能特异性.首先从生物技术及计算预测两个层面对长非编码RNA的鉴定方法进行详细阐述,并列出当前主要的长非编码RNA数据库.其次,分析长非编码RNA的生物特征:核酸序列开放阅读框的长度、密码子偏好性、密码子替换频率、序列保守性等,以及长非编码RNA二级结构中长茎发夹结构的特异性出现,并论述了长非编码RNA的功能特异性,包括表达的时空特异性,复杂的代谢调控机制,与复杂疾病的关系.最后指出并探讨长非编码RNA未来需进一步研究的问题和主要研究方向.
- 郭杏莉高琳刘永轩党合萱王羽杨晓飞罗海涛
- 关键词：开放阅读框密码子偏好性
- 基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA被引量：3
- 2013年
- 真核生物的mRNA包括2种形式的转录本,根据它们3′端是否存在poly(A)尾巴,可以分为带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)+mRNA)和不带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)mRNA).Poly(A)+mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码,但是对poly(A)mRNA的功能却知之甚少.而已有的研究表明,poly(A)mRNA和双态(bimorphic)的mRNA(即包含poly(A)+mRNA又包含poly(A)mRNA)也是基因转录的一个重要部分.本研究通过建立一个综合性的数据分析流程,首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA,然后比较这些poly(A)+及poly(A)mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异,从而确定这些RNA转录物的潜在功能.通过生物信息学的分析表明,在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly(A)+和poly(A)mRNA.对差异表达的基因进行功能富集,结果表明,这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能,而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的.此外,还有一类差异表达的poly(A)mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能.因此,本研究表明,poly(A)mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.
- 赵国光焦飞廖奇罗海涛李慧孙亮卜德超余鲲涛赵屹陈润生
- 关键词：功能注释高通量测序
