赵丹
- 作品数：6 被引量：49H指数：5
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- 青岛地区2012—2014年甲型H1N1流感病毒基因特征被引量：10
- 2016年
- 目的了解2012—2014年山东省青岛地区人群甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒流行株基因特征及变异趋势。方法收集2012年4月—2014年3月青岛地区流感样病例咽试子2 100份,分离鉴定136株,随机抽取51株,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、基质蛋白(MP)3个基因片段全长,并进行序列测定,对各基因片段进行系统发育分析及基因和氨基酸位点变异分析。结果 HA、NA进化树分析发现,2012—2014年青岛地区流行的甲型H1N1流感病毒分为3个分支;HA蛋白的氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点,受体结合位点以及其他位点上发生一定程度的变异,涉及15个氨基酸位点变化;NA蛋白的氨基酸位点分析显示,与疫苗株比较有10处氨基酸位点发生了明显变异;M2蛋白分析显示所有毒株均对金刚烷胺类药物耐药。结论 2012—2014年青岛地区流行的甲型H1N1流感病毒在抗原和受体结合位点均发生基因变异及抗药毒株的出现对流感防控提出更大的挑战。
- 赵丹苏志磊于萍柴青宫金伶史晓燕汪照国
- 关键词：HA基因NA基因基因特征
- 2009-2015年青岛市手足口病病原中柯萨奇病毒A4型VP1区基因特征分析被引量：10
- 2017年
- 目的阐明2009-2015年引起青岛市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原之一柯萨奇病毒A4型(CV-A4)VP1编码区的基因特征。方法用荧光RT-PCR法对青岛市2009-2015年HFMD患者的咽拭子标本进行总肠道病毒(EV)、柯萨奇病毒A16(CV-A16)型和肠道病毒71(EVA71)型检测,以半巢式反转录PCR扩增非EV-A71,非CV-A16型肠道病毒VP1区部分基因序列,结合序列分析鉴定CV-A4血清型。对全部CV-A4阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定。用MEGA 5.0软件进行遗传进化及分子特征分析。结果青岛市2009-2015年7 967份HFMD患者的咽拭子标本中共分离到CV-A4 39株,分别占各年度肠道病毒总构成比的0.18%(1/541)、0.21%(2/944)、0.29%(2/681)、1.37%(4/292)、2.25%(12/534)、0.75%(7/928)和1.86%(11/591)。遗传进化分析显示,94.87%(37/39)的青岛地区CV-A4分离株位于C2b亚型,5.13%(2/39)位于C1亚型;青岛C2b亚型病毒株VP1区核苷酸一致性为90.7%~100.0%,氨基酸一致性为96.9%~100.0%。结论 CVA4不是引起HFMD的优势病原,C2b亚型毒株是青岛市CV-A4的优势流行株,同时伴有C1亚型毒株的流行。
- 史晓燕汪照国宫金伶柴青赵丹苏志磊张凤高汝钦
- 关键词：手足口病遗传进化分析
- 2010-2012年青岛地区手足口病病原谱及柯萨奇 A10型的分子流行病学研究被引量：13
- 2014年
- 目的：阐明2010-2012年青岛地区手足口病（ HFMD）病原谱及相关柯萨奇病毒A10（ CVA10）型基因特征。方法用荧光RT-PCR法对HFMD患者咽拭子标本进行总肠道病毒（ EV）、柯萨奇病毒A16（CVA16）型和肠道病毒71（EV71）型检测，然后用半巢式反转录PCR进行肠道病毒VP1基因部分序列扩增，再结合序列分析鉴定血清型；对CVA10阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增及基因序列测定，用MEGA5．0软件进行系统发育分析及分子特征分析。结果2010-2012年间，共检测1919个手足口病门诊轻症病例和1336个住院重症病例；门诊轻症病例中，2010年和2012年以CVA16为主，各占轻症病例总阳性数的53％和73％，而2011年以EV71为主，占轻症病例总阳性数的78％；住院重症病例中，EV71为2010年和2011年主要病原，各占重症病例总阳性数的70％和86％；其他型别（非CVA16、非EV71）肠道病毒在2012年住院重症病例中成为主要病原，占重症病例总阳性数的44％；2010-2012年分别检出其他型别肠道病毒19株、16株和22株，其中CVA10检出率最高；23株CVA10的VP1全长基因序列进化分析表明这23株CVA10病毒全部属于C基因型，它们VP1基因氨基酸序列同源性为97．3％～100．0％，与其他地区同期参考株相比无显著差异。结论2010-2012年间，CVA16和EV71是引起青岛地区手足口病流行的主要病原，同时伴有多种其他型别肠道病毒流行，其中C基因型CVA10分离率较高，它们相互间同源性较高，与其他地区同期参考株相似。
- 柴青宫金伶赵丹史晓燕于萍汪照国
- 关键词：手足口病系统进化分析
- 2013 年青岛地区手足口病病原谱及三种主要肠道病毒青岛分离株的基因特征分析被引量：10
- 2015年
- 目的 阐明2013年青岛地区手足口病（HFMD）病原谱及肠道病毒71（EV71）型、柯萨奇病毒A16（CVA16）型和柯萨奇病毒A6（CVA6）型青岛分离株的基因特征. 方法 用荧光RT-PCR法检测2013年青岛地区HFMD患者咽拭子标本中的总肠道病毒（ EV）、EV71、CVA16和CVA6,对阳性分离株进行VP1基因全长序列扩增、基因序列测定及系统进化分析. 结果 2013年共检测841个手足口病轻症病例和107 个重症病例,肠道病毒阳性率64 .3%,主要病原构成为EV71 （ 44 .8%）、CVA6（28.2%）和CVA16（9.5%）. CVA6超过CVA16成为手足口病的第二大致病原,占3岁以下儿童肠道病毒构成的42 .7%,占重症病例分离病原的22 .2%,在手足口病病原构成中所占比例随年龄增长呈下降趋势（ P〈0 .001 ）. VP1全长的系统发生分析显示,2013年EV71属于C4基因亚型中的C4a,CVA16属于B1亚型的B1a和B1b,与其他地区同期参考株无明显差别;CVA6的VP1序列分为A^F 6个基因组,青岛地区CVA6分离株分处A和D基因组,2013年CVA6青岛分离株83 .9%位于A基因组,16 .1%位于D基因组;2012年CVA6青岛分离株66 .7%位于A基因组,33 .3%位于D基因组;2008—2011年CVA6青岛分离株全部位于D基因组. 结论 EV71、CVA6和CVA16是2013年青岛地区手足口病的主要病原;CVA6所占病原构成随年龄增长呈下降趋势;EV71 流行亚型为C4a, CVA16流行亚型为B1a和B1b;CVA6优势毒株在2008—2013年间显示出由D基因组向A基因组的改变.
- 史晓燕柴青宫金伶庄桂丽赵丹张秀莲汪照国
- 关键词：手足口病肠道病毒系统进化分析
- 2011-2014年青岛地区甲型H3N2流感病毒基因进化分析被引量：3
- 2015年
- 目的 了解2011-2014年青岛地区人群甲型H3N2流感病毒流行株基因进化及抗原变异趋势.方法 选取2011-2014年间青岛地区流行的甲型H3N2流感病毒64株,提取病毒RNA,应用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增HA、NA、MP 3个基因片段,并进行序列测定,对各基因片段进行系统发育分析及基因和氨基酸位点变异分析.结果 HA进化树分析表明,甲型H3N2流感病毒基本上分为三大分支,并且每个分支与当年的疫苗株都不在同一分支上;HA1蛋白抗原决定簇共有8个位点发生了变化;NA蛋白酶活性中心及周围相关位点氨基酸组成保守,未检测到耐奥司他韦和扎那米韦的变异位点.M2蛋白均发生S31N突变.结论 2011-2014年青岛地区流行的H3N2流感病毒在持续不断地发生基因变异而产生抗原漂移;毒株全部为烷胺类药物耐药株,但对神经氨酸酶抑制剂敏感.
- 赵丹柴青于萍马娜宫金伶史晓燕汪照国
- 关键词：HA基因NA基因
- 青岛市2015年成人散发腹泻病例诺如病毒感染分子流行病学特征被引量：7
- 2017年
- 目的 了解青岛市2015年成人散发腹泻病例中诺如病毒（Norovirus, NoV）感染的分子流行病学特征.方法 收集2015年5月至12月间青岛市成人散发腹泻病例粪便标本409份,Real-time RT-PCR进行NoV检测,应用RT-PCR扩增NoV ORF1和ORF2部分基因片段,并进行序列测定和系统进化分析.结果 NoV检测阳性率为18.1%（74/409）,其中GⅠ 10份,GⅡ 64份.53份GⅡ被成功测序,分成4个基因型,分别是GⅡ.Pe-GⅡ.4（26/53）、GⅡ.P17-GⅡ.17（19/53）、GⅡ.P12-GⅡ.3（7/53）和GⅡ.P16-GⅡ.13（1/53）.GⅡ.Pe-GⅡ.4全部为GⅡ.4-Sydney-2012变异株.2015年5月至8月,GⅡ.4 只占 5.3%（1/19）,GⅡ.17是最主要的流行株（68.4%,13/19）.而2015年9月至12月,GⅡ.17减少至10.9%（6/55）,GⅡ.4成为最主要的流行株,增加至45.5%（25/55）.结论 NoV是成人病毒性腹泻的重要病原体.GⅡ.4-Sydney-2012和新变异株GⅡ.P17-GⅡ.17是2015年青岛市成人散发腹泻病例中NoV的主要流行株.
- 赵丹苏志磊张凤史晓燕汪照国
- 关键词：诺如病毒基因型分子流行病学
