孙毅 作品数:13 被引量:65 H指数:5 供职机构: 厦门大学生命科学学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 厦门市科技计划项目 福建省自然科学基金 更多>> 相关领域: 生物学 环境科学与工程 自动化与计算机技术 农业科学 更多>>
鸮形目两种鸟类线粒体基因组比较研究 本论文主要测定了鸮形目两种鸟类的线粒体基因组全序列,从比较基因组学的角度对鸮形目鸟类的线粒体基因组结构进行了研究分析,并对鸟类线粒体调控区的结构特征,起源进化和生理意义等进行了比较和探讨。
利用Long-PCR... 孙毅关键词:鸮形目 线粒体基因组 调控区 文献传递 大气污染样品类别的分布式计算机判别方法 2007年 研究在VisualBasic中通过MATLAB引擎调用MATLAB工具箱函数以及VisualBasic和SQL Server数据库通过ADO进行远程连接的方法,对VisualBasic和Matlab进行混合编程,从而完成了环境模拟中判别分析模型软件的开发应用,并利用该模型解决了某大型化工厂大气样品的污染判别分类问题.所研究开发出的软件与单纯使用Matlab中的ToolBox中的Classify函数相比,可以利用其中的远程调用数据库的功能省去复杂的数据录入工作,还能通过SQL Server数据库增强对实验数据的管理,操作起来简单易行,这种模式对于各类环境模型的软件开发应用具有理论意义与应用价值. 张恒庆 孙毅关键词:MATLAB VISUALBASIC SQL 雀科9种鸟类11个线粒体tRNA基因序列及二级结构比较研究 被引量:8 2004年 利用PCR方法对雀科9种鸟类11个线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇,即IQM(tRNAIle-tRNAGln-tRNAMet),WANCY(tRNATrp-tRNAAla-tRNAAsn-tRNACys-tRNATyr)和HSL(tRNAHis-tRNASer(AGY)-tRNALeu(CUN))进行扩增和序列测定,这些tRNA基因序列中可变核苷酸位点占15%,其中59%出现在环区,且存在插入核苷酸;茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变,G-U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要.利用11个线粒体tRNA基因全序列,以鹌鹑为外群构建了雀科9种鸟类的系统发育树,结果表明:黄雀与其它物种关系较远;亚科中灰头与雀亚科关系最近,而小与三道眉草比较特化,这与根据二级结构特征得出的结论相吻合.利用茎区序列构建的NJ树在亚科物种的分类地位上存在分歧,可能是由于核苷酸数目较少,信息量小,在解决近缘物种间的分类地位时受到限制.结合线粒体tRNA基因二级结构特征比较和系统发育分析,初步认为线粒体tRNA基因二级结构特征对于推断雀科属间的分类地位具有较高的置信度. 王翔 孙毅 王黎 于业飞 李庆伟关键词:线粒体基因 系统发育 雀科 基因序列 用VB,Matlab,SQI Server实现大气污染监测数据的判别分析 空气质量已成为评价一个城市优劣的重要标志之一,大气是影响空气质量的主要因素之一。目前,我国大部分城市已建成以市站为中心、连接区站以及企业站的监测网,在该监测网中,大量的大气污染数据存储于服务器端的数据库中,这样就方便了庞... 孙毅关键词:大气污染 空气质量 文献传递 山荷叶的组织培养及无性系建立的研究 被引量:2 2007年 研究了山荷叶叶柄愈伤组织的诱导、分化、试管苗生根、移栽所需要的条件,并建立起山荷叶的无性系.结果表明:MS+La(NO3)3.6H2O 1.2mg/L+BA 0.5mg/L+NAA 1.5mg/L是山荷叶叶柄愈伤组织诱导的理想培养基;MS+La(NO3)3.6H2O 1.2mg/L+BA 0.5mg/L+IAA 0.2mg/L是山荷叶愈伤组织分化的理想培养基;1/3MS+IAA 0.5mg/L是生根培养的理想培养基;以炉灰渣为试管苗的移栽扦插基质,移栽成活率为91%;试管苗在原产地生长正常. 张恒庆 孙毅关键词:愈伤组织 无性系 文昌鱼胚胎的程序化冷冻保存 被引量:2 2007年 文昌鱼在进化和发育生物学中有重要科学研究价值,然而由于文昌鱼实验室繁殖受产卵季节等因素的限制,以其胚胎为材料的研究工作受到局限,胚胎冷冻保存是解决这一问题的有效途径之一。本文首次对文昌鱼(Branchiostoma japonicum)胚胎的程序化冷冻保存进行了研究,通过筛选合适的程序化抗冻液、适宜的胚胎发育阶段,以及比较不同平衡处理时间、植冰温度、保存温度和洗脱时间对文昌鱼胚胎冷冻保存的影响。结果表明:几种抗冻液中,A2的效果较好,对胚胎的毒性小;原肠中期胚胎较其它时期对抗冻液的耐受力更强,适宜进行冷冻保存;胚胎在抗冻液中的最佳平衡处理时间为40-50min;冷冻降温时,适宜的植冰温度为-7.0℃--10.0℃;植冰后进行程序化冷冻,目前能稳定得到存活胚胎的最低保存温度为-15℃;此外,不同的洗脱时间对胚胎的存活率无显著影响。根据优化后的条件,对文昌鱼胚胎进行程序化冷冻保存(-196℃)实验,获得1粒存活的胚胎,并孵化出膜,发育至两鳃裂时期,幼鱼共存活了8d,但形态畸形。结果提示文昌鱼胚胎冷冻保存的可行性,但需要进一步优化包括抗冻液在内的各种条件,以提高存活率。 孙毅 张秋金 王义权关键词:文昌鱼 胚胎 冷冻保存 文昌鱼的实验室繁育及子二代获得 被引量:11 2006年 文昌鱼特殊的进化地位、简单的器官系统和终生透明的躯体等特征,使其很有希望成为一个新型实验室模式动物。要实现文昌鱼的模式动物化,实验室内全人工条件下繁殖是关键的第一步。为此,我们于2003年9月和2004年4月两次采集产于厦门海域的2种文昌鱼,开展实验室内养殖研究。经过3年多的持续实验室养殖,继2005年夏季于实验室内繁殖出子一代文昌鱼后,又在2006年夏季成功获得了这两种文昌鱼的子二代,初步实现文昌鱼在实验室内的全人工养殖。对子代文昌鱼养殖的初步观察发现,不同水温对生长发育速度有一定影响,提示有可能通过水温控制实现文昌鱼一年多次产卵的目的。目前这两种文昌鱼子二代幼体已完成变态,进入亚成体生长发育阶段,其体长分别已达14.6mm(日本文昌鱼Branchiostomajaponicum)和6.5mm(白氏文昌鱼B.belcheri)。 王义权 张秋金 吕小梅 钟婧 孙毅关键词:文昌鱼 模式动物 子二代 鸮形目两种鸟类线粒体基因组全序列测定与比较研究 被引量:22 2004年 利用Long-PCR和PrimerWalking结合克隆测序法对短耳鸮和长耳鸮线粒体基因组进行了全序列测定.结果表明:短耳鸮mtDNA序列全长为18858bp,长耳鸮mtDNA全长为18493bp,其中短耳鸮mtDNA是目前已知最长的鸟类线粒体基因组.两种鹗类的基因组结构和基因排列顺序与家鸡相同,无假控制区,在ND3基因174位点都存在一个额外插入的胞苷酸(C).控制区序列异常增大是造成这两种鸟类mtDNA增大的主要原因,短耳鸮控制区长度为3288bp,长耳鸮为2926bp,这是目前已知的脊椎动物线粒体基因组中仅次于盲鳗的最大的控制区.在其控制区3'端存在大量的串联重复序列,分析发现这两种鸮类的重复序列和Mt5调控元件有较高的序列相似性,且能形成多重的茎环二级结构,这表明该重复序列可能具有一定的生理功能,影响线粒体基因组的复制或转录表达,从而使相应物种具有更大的选择优势,以适应环境和生存竞争. 孙毅 马飞 肖冰 郑俊杰 袁晓东 汤敏谦 王黎 于业飞 李庆伟关键词:线粒体基因组 鸟类 串联重复序列 调控元件 转录表达 Chromosome Preparation and Preliminary Observation of Two Amphioxus Species in Xiamen 被引量:5 2009年 Amphioxus has an important evolutionary position as a result of their phylogenetic position relative to vertebrates. Understanding their chromosomes would provide key points in the study of evolutionary biology and comparative genomics. The difficulty in preparing amphioxus chromosomes currently provides a significant hurdle in this research. In the current study, we describe an improved method for metaphase preparation from amphioxus embryos and methodology for preparing metaphase spreads from regenerative somatic cells. Chromosomes of two amphioxus species from Xiamen waters in China are also observed. The diploid chromosome number was found to be 40 in Branchiostoma belcheri, while B. japonicum has 36, confirming the two are distinct species from cytotaxonomic viewpoint. 张秋金 李光 孙毅 王义权关键词:CHROMOSOME 文昌鱼胚胎的冷冻保存 本文对文昌鱼(Branchiostoms japorticum)胚胎的冷冻保存进行了初步研究.抗冻液的筛选结果显示玻璃化冷冻液不适用于文昌鱼胚胎的冷冻保存,而程序化抗冻液A1是比较好的一种抗冻液.研究不同发育阶段胚胎对抗... 孙毅 张秋金 王义权关键词:文昌鱼 冷冻保存 保存温度 胚胎存活 文献传递