汪洋
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 供职机构：北卡罗来纳大学更多>>
- 发文基金：安徽大学博士科研启动基金安徽省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 一个RNA剪接调控元件分类方法的研究
- 2012年
- 序列分类方法被广泛应用于各种生物信息学问题,例如转录调控元件识别和蛋白结构预测。本研究设计了一个新的基于序列特征的分类方法,并将其用于RNA剪接调控元件的研究。该方法从已知剪接元件中抽取序列特征,构建一个打分算法,由此预测未知元件RNA剪接调控功能。作为应用实例,采用已知外显子剪接增强子和沉默子(ESE和ESS)八联体作为实验数据,对本方法和若干已知常用方法的预测结果进行比较,3类计算验证实验中的平均预测精度为93%,表现出良好预测精度,且其透明的预测结构可帮助进行生物解释。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
- 马猛汪洋汝颖王泽锋
- 关键词：数据挖掘选择性剪接
- 应用序列特征分析基因剪接信号被引量：2
- 2012年
- 在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表示其信号强度。基于该打分算法所构建的分类器可用于预测识别新的剪接信号。应用该打分算法研究剪接位点和剪接调控元件在基因组中的分布,发现这两类信号具有互补特性。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
- 马猛汪洋
- 关键词：基因剪接剪接位点
- 利用计算方法识别定义内含子保留的基因组特征被引量：1
- 2012年
- 超过90%的人基因都存在选择性剪接。正确识别不同的选择性剪接模式对深刻理解基因剪接调控机制具有重要意义。内含子保留是一种较为常见的基因剪接模式。从基因组序列本身出发,利用计算方法识别定义内含子保留的各种基因组特征,抽取统计意义上显著差异的特征,利用三种分类方法(SVM,NN,NB)对这些基因组特征进行了分类预测验证实验,保留内含子的平均预测精度达到70%,整体平均精度达到90%,取得了良好效果。研究方法也可应用于其他基因剪接模式的研究。
- 马猛汪洋
- 关键词：基因剪接
