杨明磊
- 作品数：5 被引量：57H指数：4
- 供职机构：中国农业科学院烟草研究所更多>>
- 发文基金：公益性行业科研专项国家烟草专卖局基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 番茄C2H2型锌指蛋白的鉴定及生物信息学分析被引量：12
- 2018年
- 植物C2H2型锌指蛋白转录因子广泛参与植物的生长发育及对逆境应答反应等生命过程。为了更好地理解番茄中C2H2型锌指蛋白转录因子的种类和数量,利用番茄基因组数据库,鉴定出92条番茄C2H2型锌指蛋白。蛋白质理化分析结果表明,不同亚家族成员的氨基酸长度差异较大,且多为碱性氨基酸;进化树分析结果表明,所有C2H2家族成员被分为5个亚家族,每个亚家族成员数量差异较大;结构域分析显示每个成员都含有C2H2结构域,同一亚家族间结构域的数量、种类、分布具有一致性;染色体定位结果显示,有91个成员定位在12条染色体上;组织表达分析结果表明,C2H2转录因子基因家族成员在各个组织中都有表达,表达量具有差异性。本研究将为番茄C2H2型锌指蛋白的生物学功能分析提供参考。
- 胡军华王大伟杨明磊王新朱海朱佩刘贯山
- 关键词：C2H2型锌指蛋白番茄生物信息学进化树结构域染色体定位
- 普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析被引量：27
- 2016年
- WRKY 基因家族编码产物是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子（Transcription factors, TFs），在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前，已在多种植物中鉴定了 WRKY 基因家族，但在普通烟草（Nicotiana tabacum L.）中 WRKY 家族的系统鉴定与分析还未见报道。本研究利用 WRKY 保守域全蛋白序列 PF03106检索普通烟草蛋白序列，获得 WRKY 家族候选序列共164个。利用多种生物信息学软件对该家族成员进行了系统进化树、保守结构域、亚细胞定位预测、染色体定位和组织表达等分析。分组鉴定和进化树分析结果显示，可将164个候选 NtWRKY 蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。其中，Ⅱ亚家族又可细分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d 和Ⅱ-e 共5个亚组。WRKY 结构域分析结果显示，多数基因由2~5个外显子组成，各成员间的核心结构域高度保守，含有 WRKY 盒和锌指结构。亚细胞定位预测结果显示，大部分 NtWRKY 成员都定位在细胞核中，参与核基因的转录调控；而第Ⅲ亚家族的大部分成员（74%）定位于细胞质基质中，可能参与细胞质基因的转录调控。染色体定位结果显示，共有154个 NtWRKY 基因能够定位于24条染色体中，且呈不均匀分布，6号染色体上分布最多，含16个候选基因，10号染色体上分布最少，只有1个候选基因。组织表达分析结果显示，大部分 NtWRKY 基因在烟草根、茎、叶中都有表达，但不同基因间的表达模式存在差异，这暗示了烟草 NtWRKY 家族的不同成员在功能上可能具有多样性。研究还发现基因 NtWRKY26、NtWRKY30、NtWRKY32的表达模式受黑胫病原菌（Phytophthora parasitica var. nicotianae）诱导，可能与烟草-黑胫病菌互作机制相关。本研究不仅为研究普通烟草 WRKY 转录因子在调控生长发育过程中的作用奠定了相关理论基础，也为进一步分析普通烟草 WRKY 基因
- 向小华吴新儒晁江涛杨明磊杨帆陈果刘贯山王元英
- 关键词：普通烟草WRKY基因家族转录因子生物信息学基因表达
- 普通烟草DREB转录因子的序列鉴定与表达分析被引量：4
- 2017年
- DREB转录因子含有一个保守的AP2/ERF结构域,在植物抗逆过程中起关键作用。利用生物信息学分析手段,以拟南芥DREB家族成员序列为参照,在普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组公共数据库中鉴定出了68个DREB转录因子。对烟草DREB转录因子家族进行了理化性质、系统进化、保守结构域和表达分析。结果表明,普通烟草基因组编码68个DREB转录因子家族成员,氨基酸数目差异较大;系统发育分析表明,拟南芥和烟草的DREB转录因子共125个成员形成6个进化分支,其中烟草比拟南芥缺少A6分支;结构域分析表明,同一分支内的DREB转录因子的保守结构域以及motif具有高度的一致性;组织表达分析表明,大多数DREB家族基因在烟草中表达量较低,在衰老、干旱和病害胁迫下基因表达量较多。此研究将为烟草DREB转录因子的深入分析奠定了生物信息学基础。
- 胡军华王大伟杨明磊王新吴新儒吴华刘贯山
- 关键词：DREB转录因子普通烟草生物信息学
- 烟草C2H2锌指蛋白转录因子家族成员的鉴定与表达分析被引量：16
- 2016年
- C2H2锌指蛋白转录因子家族在真核生物中具有重要的生物学功能,广泛参与植物叶的发生、花器官的调控、侧枝的形成及逆境胁迫等生命过程。植物C2H2锌指蛋白不仅结合DNA和RNA,而且与蛋白质之间相互作用。本研究利用普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组数据库,运用Blastp比对,结合Pfam和SMART分析,鉴定了118条普通烟草C2H2锌指蛋白家族成员;对烟草C2H2锌指蛋白家族进行了进化树分析、结构域分析、物理化学性质分析、染色体定位、基因结构分析、三维结构分析及组织表达分析等。结果表明:不同成员的氨基酸长度差异较大;系统进化及结构域分析显示,所有C2H2家族成员可以被分为5个亚家族,同一亚家族成员之间在结构域和理化性质上呈现较高一致性;每个成员都含有C2H2结构域,在数量上存在较大差异;将所有基因家族成员定位在22条染色体上;组织表达分析表明,每个C2H2亚家族都有成员在不同组织中表达,在叶及根中有些基因的表达量较高。
- 杨明磊晁江涛王大伟胡军华吴华龚达平刘贯山
- 关键词：烟草基因家族
- 普通烟草MATE基因家族分析及功能预测被引量：6
- 2015年
- 植物多药和有毒化合物排出家族(MATE,multidrug and toxic compound extrusion)是一类可转运毒素、金属离子、次级代谢产物的次级转运蛋白家族。该家族主要在植物的解毒机制中发挥作用,部分成员也参与植物的形态建成过程。MATE家族在烟草基因组中的数量、特征及功能目前尚未开展系统分析。本研究利用生物信息学方法对普通烟草(Nicotiana tabacum)基因组中的MATE基因进行了预测分析,共预测到131个基因,分为4个亚家族。亚家族3在进化树中形成较为独立的分枝,其跨膜区数量、亚细胞定位、保守结构域方面与其他亚家族不同。转录组数据显示,相当一部分MATE家族基因在所有组织中低量表达。GO功能注释结果表明该家族成员主要作为一种转运体,在应激响应、生物调控等过程中发挥作用。本研究为烟草及其他植物中MATE家族的鉴定和功能研究提供了数据基础。
- 张艳艳王倩李晓旭孙亭亭龚达平杨明磊刘贯山
- 关键词：普通烟草生物信息学分析
