章峰
- 作品数：7 被引量：6H指数：2
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- 整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因被引量：2
- 2016年
- 【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F_2资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率<90%和孟德尔错误检出率>5%的个体。检出率<95%、次等位基因频率<5%、哈代-温伯格检验(HWE)P<5×10^(-6)、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II测序仪测序对502头F_2资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中Gen ABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P<5×10^(-4)时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具Gene MANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P<5×10^(-4)时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P<10^(-5)时得到304个eQTL,
- 徐盼张震章峰杨斌段艳宇
- 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因
- 一种影响猪肌肉C20:0饱和脂肪酸含量的关键标记位点及其应用
- 本发明涉及一种影响猪肉脂肪酸组分的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于猪16号染色体上的超长链脂肪酸延伸酶7基因的核苷酸序列上，所述SNP标记为SEQ ID NO:1上的第8462位的位点上由G到A的突变，或者为S...
- 张志燕黄路生章峰任军何玉娜杨斌
- 文献传递
- 一种SNP标记及其应用
- 本发明涉及一种影响猪肉脂肪酸组分的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于猪16号染色体上的超长链脂肪酸延伸酶7基因的核苷酸序列上，所述SNP标记为SEQ？ID？NO:1上的第8462位的位点上由G到A的突变，或者为S...
- 张志燕黄路生章峰任军何玉娜杨斌
- 文献传递
- 苏太猪ELOVL7基因的生物信息学分析被引量：3
- 2014年
- 不同于人、鼠等物种ELOVL7基因的高相似度,不同品种的猪ELOVL7基因相似度较低。为了探究该基因的特性,本研究运用生物信息学的方法对苏太猪ELOVL7基因及其氨基酸序列的同源性、理化性质、保守结构域、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构、功能预测以及磷酸化位点等进行预测分析。结果表明:在苏太猪中,ELOVL7全长2 324 bp,编码区为846 bp,共编码281个氨基酸。其结构稳定,分子量为33 387.4 Da,带正电荷,偏碱性。该基因所编码的蛋白质最可能位于细胞膜上,主要的功能是运输和结合,为跨膜、非分泌型疏水蛋白质,含有1个GNS1/SUR4家族的保守结构域,并有15个丝氨酸激酶、15个苏氨酸激酶和20个酪氨酸激酶潜在磷酸化位点。α螺旋是ELOVL7二级结构和三级结构中最主要的结构元件。另外ELOVL7与大部分物种的氨基酸序列相似性达90%以上,且亲缘关系较近。分析ELOVL7基因及其氨基酸序列的特征,能够为进一步挖掘该基因内的突变对长链脂肪酸表型的影响以及合成、代谢机理提供分子依据。
- 章峰李景黄路生张志燕
- 关键词：脂肪酸生物信息学
- 苏太猪血常规性状全基因组关联分析及其结果的图形化展示
- 第一部分:苏太猪血常规全基因组关联分析;为定位影响家猪血细胞以及其蛋白浓度等血液性状的数量性状位点（Quantitative trait loci, QTL），理解并解析血细胞生成与代谢的分子机理，我们测定了495头苏太...
- 章峰
- 关键词：GWAS血液性状
- 文献传递
- 肉牛剩余采食量及其组成性状的全基因组关联分析和基因组选择研究
- 第一部分:在肉牛生产中,饲料成本占总支出的55%-75%,是最大的单项支出,因此饲料效率是一项极其重要的经济性状。而脂肪酸成分对人类健康影响显著,因此也逐渐引起众多研究人员的重视。量化饲料效率与脂肪酸成分的相关性从而构建...
- 章峰
- 关键词：饲料效率脂肪酸成分全基因组关联分析肉牛
- 文献传递
- F2群体全基因组序列关联分析定位影响母猪初情期QTL位点
- 引言随着人工选育强度的增加,繁殖失败已逐渐成为了后备母猪被淘汰的重要因素之一,每年由于晚(不)发情淘汰的母猪比例高达10%。初情期更早的母猪从断奶后再发情比例更高,具有有更高的繁殖性能和更长的更替周期。准确测定初情期数据...
- 辛文水张志燕章峰严国荣黄路生
- 文献传递
