王晨
- 作品数：5 被引量：19H指数：2
- 供职机构：四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室更多>>
- 发文基金：四川省科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生化学工程更多>>
- 德国小蠊全基因组中微卫星分布规律被引量：13
- 2015年
- 【目的】分析德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星的数量和分布规律,并对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【方法】使用微卫星搜索软件查找德国小蠊基因组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,编写Python脚本对微卫星进行定位,并通过Blast2Go和KASS程序对外显子中含有微卫星的基因进行功能注释。【结果】共找到1~6碱基重复类型的微卫星序列604 386个,总长度15 301 255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb)的0.75%,分布频率为1/3.37 kb,微卫星序列的长度主要在12~60个碱基长度范围内。不同类型的微卫星中,三碱基(226 876)重复类型微卫星数量最多,占微卫星总数的37.54%;四碱基(150 355)重复类型次之,占微卫星总数的24.88%;其余依次是单碱基(141 167)、二碱基(60 877)、五碱基(21 570)和六碱基(3 541)重复类型,分别占微卫星总数的23.36%,10.07%,3.57%和0.59%。出现最多的重复拷贝类别有:ATT,AAT,A,T,AAAT,ATTT和AT,共411 789个微卫星,占微卫星总数的68.13%,这7种类别的微卫星数量均大于30 000个。共有2 372个微卫星在外显子上,它们分别位于1 481个基因上。GO功能注释结果表明,其中434条归类于细胞组分(cellular component),402条归类于分子功能(molecular function),660条归类于生物学过程(biological process)。KEGG通路分析结果表明,与新陈代谢相关的基因最多(380个),其次是与机体系统相关的(276个),与遗传信息进程相关的基因最少(92个)。【结论】本研究为进一步系统深入分析德国小蠊微卫星功能及微卫星分子标记筛选打下了基础。
- 王晨杜联明李鹏杨茗羽李午佼沈咏梅张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊微卫星生物信息学功能注释基因组外显子
- 德国小蠊基因组微卫星统计分析
- 本文对德国小蠊Blattella germanica全基因组中微卫星数量及分布规律进行了分析,找到1~6碱基重复类型的微卫星序列共604 386个,总长度15 301 255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb)的...
- 王晨杜联明张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊微卫星注释通路分析
- 文献传递
- 林麝全基因组微卫星分布规律研究被引量：10
- 2017年
- 林麝Moschus berezovskii是中国重要的资源动物,也是国家Ⅰ级重点保护野生动物。本研究使用生物信息学方法,分析林麝全基因组中完美型微卫星的分布特征。在林麝2.53 Gb的基因组序列中,共搜索到665 524个完美型微卫星,总长度为11 517 784 bp,占基因组序列总长度的0.42%,总丰度为244个/Mb。林麝基因组中,单碱基微卫星序列数量最多,为221 058个,约占总微卫星数的33.22%,丰度为81.05个/Mb,然后依次为二碱基、五碱基、三碱基、四碱基、六碱基重复类型微卫星。林麝基因组中数目最多的10种微卫星类别依次为:A、AACTG、AGC、AC、AT、AG、AAAT、AAC、AAT和AAAC,占所有基因组微卫星的93.2%,表现出明显的A、T偏好。林麝基因组微卫星序列分布研究表明,其在外显子(2 530个)上的分布数量远低于内含子(200 906个)和基因间隔区(454 596个),与前人关于微卫星在非编码区的分布多于编码区的结论一致。本研究为深入研究林麝基因组特征及筛选更多优良微卫星标记提供了基础数据。
- 卢婷王晨杜超刘姝沈咏梅张修月岳碧松
- 关键词：林麝全基因组微卫星
- 德国小蠊(Blattella germanica)基因组微卫星统计分析
- 本文对德国小蠊(Blattella germanica)全基因组中微卫星数量及分布规律进行了分析,找到1-6碱基重复类型的微卫星序列共604,386个,总长度15,301,255 bp,约占全基因组序列(约2.04 Gb...
- 王晨杜联明张修月岳碧松
- 关键词：德国小蠊微卫星
- 德国小蠊(Blattellagermanica)基因组微卫星统计分析
- 王晨杜联明张修月岳碧松
