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一种新的定量16S rRNA基因扩增子测序方法被引量：4: 2020年; 近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始浓度、PCR循环数、扩增引物等。为解决以上问题,本研究采用随机标签和内参法相结合的方法,开发了一套定量16S扩增子测序方法,将常规的16S rRNA编码基因测序结果中的相对丰度转化为绝对定量的拷贝数,有效提高了肠道菌群结构检测的精准性,降低了实验操作对结果的影响,也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性,有利于未来技术的进一步研发和改进。; 韩娜彭贤慧彭贤慧强裕俊张婷婷张雯; 关键词：RRNA 扩增子内参

基于454高通量测序平台血液、呼吸道、消化道临床样本的快速检测被引量：3: 2016年; 目的探讨454高通量测序平台应用于临床样本快速检测的可能性。方法应用454高通量测序平台测定血液、呼吸道和消化道临床样本中微生物菌群的16S r DNA基因的V3-V4高变异区段序列,采用BLAST方法与RDP数据库进行比对,基于比对结果,获得不同种属的病原菌的所匹配的read数。结果 8份临床模拟样本中,7份检测出目标菌属,检出率为87.5%。在血液、肺泡灌洗液和咽拭子这类正常状态下的无菌体液,检测结果较为明确,检出的细菌较为集中,显示了检测结果的可靠性。而对本身含有较多种类细菌的粪便样本,其目标菌比例明显降低。结论实现了80 h内得到血液、呼吸道和消化道临床样本中含有病原菌情况的检测报告,并探讨了高通量测序技术在今后临床实际应用时进一步提高检测速度和灵敏度的方法。; 韩娜强裕俊张婷婷苗娇娇张雯; 关键词：病原菌

传染病控制中基因组大数据管理的初步构建被引量：1: 2018年; 目的探讨基因组大数据管理架构,提升传染病控制中基因组大数据管理水平。方法收集和参考传染病控制领域基因组大数据的重要科技文献以及政策性资料,采用Delphi法咨询相关专家总结归纳管理要素,建设信息化的管理平台。结果初步构建数据管理方案、试剂耗材及相关服务采购管理信息平台和微生物基因组数据库等协同管理体系,采购管理平台由管理部门、业务部门和测序服务公司组成,并与基因组数据库关联,进行数据的审核、验收和分析,做到数据及时更新和共享,比传统的审核流程快8~9 d。制定平台的基本框架和功能分区,改变其粗放式管理传统做法,提高了科研工作效率。结论基因组大数据管理体系有利于加强平台管理的信息化、规范化及专业化建设,为课题的结题和审计提供统计数据,提升服务保障功能。; 阳波王海涛张婷婷张雯曹立娜李文平罗成旺; 关键词：传染病基因组大数据

纳米孔测序技术在DNA信息存储领域的应用: 2023年; 脱氧核糖核酸(DNA)存储是一种以人工合成的生物大分子DNA作为信息载体的新型存储技术,具有存储密度高、存储量大、存储时间长、损耗率低等优点,有望成为一种新的数据存储介质。随着DNA合成技术(数据写入)和DNA测序技术(数据读取)的快速发展,DNA存储已成为下一代存储技术的热点。然而目前通过二代测序技术实现DNA数据的读取仍然是一个操作复杂、耗时长且成本较高的过程。如何更深入融合和改进DNA合成技术和测序技术,将DNA信息的存储和读取进一步快速高效地实现,是目前需要解决的问题。本研究设计并实践了基于便携式的国产纳米孔测序平台开展DNA存储信息快速读取的可能性,实现了4 h内将存储于DNA片段中一首中文诗词进行重新测序和即时解码,验证了国产纳米孔测序技术从存储DNA信息的介质中即时读取信息的能力。; 韩娜黄蕾强裕俊彭贤慧张婷婷李秀文张雯; 关键词：纳米孔测序 DNA 信息存储信息读取

基于NGS方法评估不同保存条件对粪便样本中菌群含量的影响: 2021年; 目的评估粪便样本的不同保存条件对肠道微生态研究结果的影响。方法设计相关实验,比较7种不同的保存方法,基于高通量测序技术比对不同时间、不同贮存温度对粪便样本DNA质量、菌群多样性及病原菌检出等结果之间的差异。结果证实了对于粪便样本采集仍建议采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。同时比较多种保存方法后发现,采用不同样本保存方法受到影响的菌属集中在低丰度菌属(≤0.01%),对应较高丰度的病原菌检测结果的可靠性影响较小,样本中丰度超过千分之一的病原菌检测率超过95%。结论对于肠道微生态研究建议对粪便样本采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。对于由于其他原因未能妥善保存的粪便样本(如常温保存48 h),仍可对丰度超过千分之一的病原菌进行检测。以上结果对于肠道菌群研究中异地所采集的粪便样本运输和贮存具有一定的指导意义。; 强裕俊韩娜彭贤慧张婷婷李秀文张雯; 关键词：肠道菌群高通量测序粪便

四环素类耐药基因在不同国家人体、动物和环境微生态中的多样性被引量：8: 2019年; 目的了解四环素类耐药基因在不同国家人体、动物和环境微生态中的分布情况及其多样性。方法利用生物信息学方法,对2 036份不同来源的微生态样本宏基因组测序数据进行四环素耐药基因的鉴定,研究四环素耐药基因在不同来源、不同国别、不同人体部位的分布及耐药机制。结果2 036份样本中,四环素耐药基因检出率为44.70%(910份),其中人源样本检出率最高,达78.99%(880/1 114),其次是动物样本,检出率40.98%(25/61)。共检出28种四环素耐药基因,248份样本至少检出10种以上四环素耐药基因,在人源性样本中28种基因全部检出,动物源样本中检出6种基因。28种四环素类耐药基因中,包括10种编码核糖体保护蛋白基因,其中5种(tetQ、tet32、tet W、tetO、tet M)在50%以上的人源样本中检出,4种在动物源样本中检出率>16%。338份人源样本具有国别(中国、丹麦、西班牙、美国和日本)信息,耐药基因分析显示,tetO、tetQ和tet W 3种耐药基因在5个国家均有检出;来源于中国的样本均检出tet32、tet40、tetO、tetQ和tet W5种耐药基因,并匹配上24种四环素耐药基因型。在人体不同部位微生态四环素类耐药基因分布中,肠道中的耐药基因型分布最丰富,共有26种四环素耐药基因匹配到肠道样本中,其中tetQ、tet W、tetO、tet32、tet40 5种耐药基因型检出率>70%。结论在人体、动物微生态中存在着大量的、多样的四环素类耐药基因,公众健康和生态环境受到巨大威胁,需要引起高度重视。; 张婷婷苗娇娇强裕俊李秀文李秀文张雯彭贤慧; 关键词：宏基因组学四环素耐药性四环素耐药基因

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张婷婷

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