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李秀文: 作品数：14 被引量：56H指数：6; 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>; 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学更多>>

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一种新的定量16S rRNA基因扩增子测序方法被引量：4: 2020年; 近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始浓度、PCR循环数、扩增引物等。为解决以上问题,本研究采用随机标签和内参法相结合的方法,开发了一套定量16S扩增子测序方法,将常规的16S rRNA编码基因测序结果中的相对丰度转化为绝对定量的拷贝数,有效提高了肠道菌群结构检测的精准性,降低了实验操作对结果的影响,也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性,有利于未来技术的进一步研发和改进。; 韩娜彭贤慧彭贤慧强裕俊张婷婷张雯; 关键词：RRNA 扩增子内参

多位点序列分型应用于致病性黄疸出血群钩端螺旋体分析被引量：6: 2015年; 目的初步探讨MLST(multilocus sequence typing)分型技术在致病性钩端螺旋体中的应用。方法对我国3个省份的39株致病性钩端螺旋体黄疸出血群菌株提取DNA,采用7个位点进行PCR扩增、序列测定,应用eBURST和BioNumerics(Version5.10)软件进行分析。结果 39株菌株呈现5个ST型别,ST1为中国三省份中主要的基因型,占53.85%(21/39)。eBURST分析显示:39株菌株分为2个Clonal complexes和1个singleton,其中Group1占66.67%(26/39),Group2占20.51%(8/39),一个singleton占12.82%(5/39);BioNumerics软件聚类分析显示:39株菌株分为3个Group,与eBURST分析中的分群结构一致。MLST基因型别具有明显的地域性特征。结论 MLST方法可初步应用于致病性钩端螺旋体分子流行病学、种群结构、亲缘进化关系等研究。; 张翠彩徐建民李秀文曹志强蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体基因分型 MLST

致病性钩端螺旋体TaqMan Real-timePCR检测技术的建立及其应用被引量：5: 2011年; 目的建立致病性钩端螺旋体（钩体）TaqManReal-timePCR检测技术。方法以钩体16SrRNA基因的部分片段rrs基因作为靶基因，设计引物、TaqMan探针，PCR产物克隆到pMDl9-T载体，制作标准曲线，建立定量分析质控标准。利用中国15群15型致病性钩体参考菌株、16群21型非致病性钩体参考菌株、50株不同血清群致病性分离株及伯氏疏螺旋体、嗜肺军团菌、肺炎链球菌、脑膜炎奈瑟菌等27株其他常见致病菌检验引物、探针的灵敏性、特异性。将Real-timePCR、普通PCR同时应用于倍比稀释致病性钩体染色体DNA及25份现场鼠肾标本的检测。结果建立、优化致病性钩体Real-time PCR技术，致病性钩体扩增荧光信号阳性，非致病性钩体及其他非钩体菌均无扩增。对于倍比稀释的质粒标准品，Real-timePCR和普通PCR的最低检测下限分别是10copy／μl和10。copy／μl。对于倍比稀释的钩体染色体DNA，两者的最低检测下限分别为：100fg／μl和1ng／μl。25份现场鼠肾标本检测显示，两种方法的检测结果一致。结论以rrs为靶基因建立的Real-timePCR技术，具有较高的灵敏度和特异度，可用于致病性钩体的病原学检测。; 张翠彩李秀文聂一新杨会棉蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体 TAQMAN REAL-TIME PCR

贵州省3株钩端螺旋体分离株PFGE分型与基因种鉴定被引量：7: 2011年; 目的应用脉冲场电泳(PFGE)分型技术和16S rRNA基因测序分析技术分别对贵州省3株动物宿主钩端螺旋体分离菌株进行分子分型和基因种鉴定,了解贵州省钩端螺旋体的分子流行病学特征。方法应用DNA限制性内切酶NotI对钩端螺旋体染色体DNA酶切后,用PFGE将DNA片段分离,采用BionumericsV4.0将3株钩体菌株PFGE图谱与中国15群15型参考菌株进行聚类分析;同时,应用PCR扩增几乎全长的钩体16S rRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,并与GenBank数据库已注册的核酸序列进行同源性比对、确定基因种、分析亲缘进化关系。结果来自贵州省的3株动物宿主分离钩体菌株PFGE带型命名为LepNot I 002和LepNot I 003,经聚类分析,3株菌株与黄疸出血群黄疸出血型赖株的相似性大于95%。16S rRNA基因测序和分析表明,3株贵州分离钩体菌株之间的同源性为100%,与致病性钩体问号钩端螺旋体种(L.interrogans)不同血清型参考菌株的同源性达100%。结论 3株贵州动物分离钩体菌株经PFGE分型鉴定与黄疸出血群赖型赖株的相似性大于95%,经16S rRNA基因测序分析鉴定为L.interrogans种,上述两种方法对贵州省钩体分离菌株的鉴定结果一致,有助于贵州省钩端螺旋体病的主动监测、暴发调查和传染源追踪。; 李世军张翠彩李秀文唐光鹏田克成刘英蔡星和于春聂一新蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体 PFGE RRNA 同源性

黄疸出血群钩端螺旋体MLVA分型研究被引量：8: 2009年; 目的初步探讨MLVA（multiple—locus variable—number tandem-repeat analysis）技术在黄疸出血群钩端螺旋体基因分型中的应用。方法选取7个VNTR位点，对我国致病性钩端螺旋体黄疸出血群菌株提取基因组DNA，采用PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳技术检测，应用BioNumerics（Vetsion4．0）软件进行聚类分析。结果共对117株钩端螺旋体的7个VNTR位点进行了检测，聚类分析分为3个群（A群、B群、C群）28种基因型，其中A群占11．97％（14／117）、B群占0．85％（1／117）、C群占87．18％（102／117）；多态性指数介于0．0831与0．8005之间；MLVA基因型存在明显的地域性。结论MLVA分型技术可初步对钩端螺旋体进行遗传学分类鉴定，应用该技术，将在钩体病分子流行病学研究中发挥重要的作用。; 张翠彩聂一新李秀文崔志刚郭宗琪顾黎莉徐建民吴子贵蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体基因分型 MLVA

多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究被引量：1: 2010年; 钩端螺旋体（钩体）病是一种自然疫源性疾病。近年来以可变数目串联重复序列（variable number of tand emrepeats，VYTR）为基础的分型方法，逐渐被应用于分子流行病学研究中。本研究选取我同致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株，初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）在钩体病分子流行病学研究中的应用价值。; 张翠彩李秀文聂一新崔志刚蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体基因分型

斑点杂交技术用于蛙钩端螺旋体病的流行病学调查研究: 2009年; 目的用Dot blotting杂交技术检测蛙类钩端螺旋体(钩体),为动物钩体的流行病学监测和调查提供一种比较理想的方法。方法根据钩体赖株DNA合成1对flaB引物,用PCR技术对钩体菌株、疫区现场蛙肾材料等进行flaB基因扩增,用地高辛(DIG)标记flaB基因探针,用斑点杂交技术进行检测。结果结果表明用DIG标记的flaB探针可以检测到5fg及以下的DNA扩增产物。疫区70份蛙肾标本,斑点杂交检测阳性19份,阳性率为27.14%。而钩体细菌分离阳性者只有8份,阳性率11.43%,PCR扩增阳性者14份,阳性率20.00%。结论Dot blotting杂交是一种灵敏、特异、快速的钩体检测方法,可用于两栖类钩体的流行病学监测和调查。; 王兆芬蒋秀高李秀文; 关键词：钩端螺旋体流行病学

钩端螺旋体病MAT检测方法的标准化及结果准确性国际评测被引量：8: 2006年; 目的对经典的钩端螺旋体病MAT(显微镜凝集试验)方法进行标准化,以提高其检测结果的可靠性、便于今后不同实验室之间MAT检测结果的对比分析。方法参照世界卫生组织/国际钩端螺旋体病协会(WHO/ILS)新近推荐的MAT操作步骤,对我国MAT实验中的各个环节,包括培养基制备、菌体浓度、抗原制备、血清灭活方法、抗原抗体作用时间与温度,以及结果判定标准等进行标准化。结果用标准化MAT方法检测WHO/ILS寄送的考核盲样(编号A、B、C、D、E),每份样本重复检测三次,获得的实验结果完全一致。检测结果报送WHO/ILS后,反馈结果表明:5份样本检测的血清群结果完全准确,抗体滴度与标准结果吻合。结论钩端螺旋体病MAT实验经标准化后,检测结果稳定可靠,在国际性评测中能准确地鉴定出钩端螺旋体血清抗体的血清群及滴度。标准化方法的应用可提高我国钩体病血清学监测水平。; 张宇翔聂一新李秀文张艳代凤兰蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体病 MAT

环介导等温扩增技术检测钩端螺旋体的研究被引量：3: 2015年; 目的利用环介导等温扩增技术,建立检测钩端螺旋体的方法。方法选取钩体LipL32基因,设计了LAMP引物。对27株钩体、25株非钩体样本予以检测,然后进行灵敏度和模拟样本的研究。结果扩增27株钩体结果为阳性,扩增25株非钩体结果为阴性。灵敏度为200拷贝/μL,模拟样本检测下限为200条钩体/μL(煮沸法)和20条钩体/μL(试剂盒提取法)。结论 LAMP实验操作简单,对设备要求不高,可以作为钩体的快速检测方法。; 曹志强张翠彩李秀文蒋秀高; 关键词：环介导等温扩增核酸扩增

贵州省2011年黑线姬鼠钩端螺旋体分离株16S rRNA基因序列分析及基因种鉴定(英文)被引量：3: 2012年; 目的了解贵州省钩端螺旋体病(简称钩体)病原学特征,分析2011年贵州省钩体病疫区黑线姬鼠钩体分离株16SRNA基因序列并对其进行基因种鉴定,为贵州省钩体病的有效预防和控制提供科学依据。方法应用PCR扩增几乎全长的钩体16SrRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,从NCBI数据库下载钩体17个基因种代表菌株及伊尼利螺旋体和短小螺旋体16SrRNA基因序列,采用生物信息软件比较分离株和各基因种代表株间的核苷酸序列,分析其亲缘进化关系,确定分离株基因种。结果通过PCR扩增和基因测序技术获得4株钩体分离株16SrRNA基因核苷酸序列(1492bp),4株钩体分离株的核苷酸同源性为100%,与17个钩体基因种中的问号钩体(L.interrogans)基因种黄疸出血群代表菌株的同源性最高(99.9%),系统进化树分析显示,钩体分离株与17个基因种代表菌株及伊尼利螺旋体和短小螺旋体形成致病性、非致病性、未知致病性和其它分支,贵州4株分离株分属于致病性基因种分支,其中与致病性钩体8个基因种中的问号钩体基因种亲缘关系最近。结论贵州省2011年钩体病疫区黑线姬鼠钩体分离株均属致病性钩体的L.interrogans基因种,该基因种菌株可能为当地流行菌株,该结果将为贵州省钩体病的预防和控制提供科学依据。; 李世军王定明张翠彩李秀文田克诚刘英唐光鹏蒋秀高; 关键词：钩端螺旋体 RRNA 黑线姬鼠

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