陈淑芹
- 作品数：4 被引量：0H指数：0
- 供职机构：上海交通大学附属第六人民医院更多>>
- 发文基金：上海市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 成纤维细胞生长因子19转录活性及上游结合元件分析
- 2017年
- 目的构建FGF19基因启动子区荧光素酶报告基因质粒,并研究分析其启动子区的转录活性和结合元件。方法设计特异性引物PCR扩增基因组DNA,得到长为3323bp的FGF19基因启动子区片段,将此PCR产物插入荧光素酶报告基因载体p GL3-Basic Vector,获得全长为3323bp的FGF19基因启动子区荧光素酶报告基因质粒。在此基础上设计特异性引物,构建5'端系列缺失荧光素酶报告基因质粒。通过瞬时转染实验检测所构建质粒的相对荧光素酶活性,分析不同启动子区片段对FGF19基因转录活性的影响,并用软件预测影响启动子转录活性的关键转录因子。结果构建了7个FGF19基因启动子区荧光素酶报告基因质粒,经双酶切和测序验证均正确。瞬时转染及荧光素酶报告基因分析实验发现启动子区-2351^-2316是调控FGF19启动子转录活性的重要序列,且在线软件预测该序列存在潜在的转录因子位点。结论 FGF19基因启动子区-2351^-2316是调控其启动子转录活性的关键位置。
- 徐宜兰陈淑芹张菁白宁宁方启晨
- 关键词：转录调控启动子质粒构建
- 皮肤桥蛋白在肥胖小鼠脂肪中的表达
- 2018年
- 目的:观察细胞外基质成员皮肤桥蛋白(dermatopontin,DPT)基因的组织表达谱,以及在饮食诱导肥胖小鼠脂肪中的表达变化;探讨罗格列酮对3T3-L1脂肪细胞DPT基因表达的调控。方法:运用实时定量PCR和蛋白质印迹法检测6周龄小鼠主要组织的DPT mRNA和蛋白表达,以及正常和高脂饮食小鼠脂肪中的DPT表达;检测DPT在小鼠脂肪组织血管基质细胞和脂肪细胞中的表达差异。将3T3-L1细胞诱导分化为脂肪细胞,并以0.25、0.5、1、2μmol/L罗格列酮处理24 h,或以2μmol/L罗格列酮处理4、12、24、48 h,检测分化过程中及罗格列酮处理后DPT的表达。结果:DPT在小鼠脂肪中高度表达,高脂饮食16周后明显增加;DPT主要来源于脂肪细胞,且在3T3-L1细胞分化过程中的表达逐渐增加;不同剂量罗格列酮处理脂肪细胞24 h可降低DPT的表达量;2μmol/L罗格列酮处理脂肪细胞24、48 h后,DPT表达量明显降低。结论:肥胖状态下,脂肪组织中DPT的表达明显增加,罗格列酮对3T3-L1脂肪细胞DPT的表达具有调控作用,提示DPT可能参与肥胖的发生。
- 白宁宁严寒琚丽萍陈淑芹张菁胡瑞玮杨颖方启晨
- 关键词：肥胖脂肪组织罗格列酮
- Wfs1基因敲除小鼠肝脏芯片数据的生物信息学分析
- 2019年
- 目的:通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法:从美国国立生物技术信息中心GEO数据库下载基因表达谱芯片数据(GSE55143),利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果:筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。结论:本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。
- 胡瑞玮陈淑芹白宁宁张菁高新雨严寒方启晨
- 关键词：生物信息学差异表达基因
- 人二硫键氧化还原酶类似蛋白基因启动子克隆和上游抑制元件分析
- 2016年
- 目的克隆Dsb A-L基因启动子,并对其活性进行初步分析。方法以人基因组DNA为模板,利用PCR技术扩增Dsb A-L基因5'端2115bp片段(从翻译起始点ATG上游-2128^-14区域)。将PCR产物插入荧光素酶报告基因载体p GL3-basic。随后,构建5'端系列缺失的报告基因质粒。将构建的一系列质粒转染3T3-L1和HEK 293细胞,检测荧光素酶活性。利用在线软件MAPPER预测转录调控关键序列潜在的转录因子结合位点。通过Real-time PCR比较这些转录因子在肥胖和正常人脂肪组织中的表达。结果成功构建人Dsb A-L启动子报告基因质粒。系列缺失分析表明-2128^-1302区域是影响转录活性的关键序列。MAPPER软件预测此区域可能与一些转录因子结合。比较这些转录因子在肥胖患者和正常人脂肪组织中的表达情况,发现其中NF-κB和FOXO1在肥胖患者中表达显著增加,进一步推测NF-κB和FOXO1可能是人Dsb A-L基因启动子上游的调控抑制因子。结论成功构建人Dsb A-L基因启动子系列缺失质粒,初步分析了其上游可能存在的关键调控元件,为进一步的转录调控研究奠定了基础。
- 陈淑芹徐宜兰白宁宁张菁方启晨贾伟平
- 关键词：转录调控启动子
