路亚阔 作品数:10 被引量:3 H指数:1 供职机构: 重庆理工大学 更多>> 发文基金: 重庆市自然科学基金 国家自然科学基金 重庆市科委基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 化学工程 更多>>
基于序列信息的阳离子抗菌肽设计 被引量:1 2012年 本文从氨基酸的结构特征出发,构建了氨基酸结构表征体系,即P-scale(principal component score vector of hydrophobic,electronic,steric,and hydrogen bond physicochemical properties)来源于20种天然氨基酸的113种物理化学性质,通过对其中50个疏水性质,23个电性性质,35个立体性质和5个氢键性质分别进行主成分特征提取而产生。并将P-scale描述子应用于101个阳离子抗菌肽QSAR研究。结果表明,基于遗传算法-偏最小二乘法的QSAR模型具有很好的预测能力,发现抗菌肽序列信息与抗菌效价有很强相关性,其中,阳离子抗菌肽第3残基电性性质,第6、7和12残基立体性质以及第11和12残基的疏水性与抗菌效价呈正相关关系,而第6、10和12残基电性性质则与抗菌效价呈显著的负相关。基于良好QSAR模型,我们设计出高活性抗菌肽序列,为设计分子的合成与活性实验提供借鉴。 舒茂 路亚阔 张云茹 杨力 林治华关键词:阳离子抗菌肽 定量构效关系 遗传算法 偏最小二乘 基于牛乳铁蛋白的抗菌肽设计与初步效应研究 针对当前抗菌药物耐药性的与日增强,特别是抗生素的滥用日趋严重,人类亟需开发出一类高效、低毒、无残留的新型抗菌药物。而抗菌肽具有抗菌谱广、稳定性好、副作用小、无耐药性等优点,有望克服当前抗菌药物的耐药性强、副作用大等系列难... 路亚阔关键词:牛乳铁蛋白 细胞毒性 定量构效关系 文献传递 基于氨基酸性质的EB病毒抗原MHC-Ⅰ类分子限制性表位的定量构效关系建模 被引量:2 2013年 目的建立EB病毒(EBV)抗原表位的理论计算模型并用于其定量预测,为肿瘤免疫的多肽疫苗设计提供理论基础。方法从表位数据库中收集33条EBV抗原表位,使用逐步回归(STR)方法筛选2个对平衡解离常数(KD)贡献较大的结构参数用于表位的结构表征,最后用多元线性回归(MLR)方法建立结构参数与KD的定量构效关系(QSAR)模型。结果该模型具有较好的稳定性(R2=0.637,Q2=0.581)与预测能力(R2test=0.501)。结论此方法可确定表位中各个氨基酸的物理性质对于平衡解离常数的贡献,为表位设计与改造提供直接线索;STR和MLR相结合建模方法具有物化意义明确、易于解释及操作简便易行等优点。 韩英子 王远强 胡勇 纪永军 路亚阔 蓝君 罗鸿 林治华关键词:EB病毒 表位 构效关系 一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R‑FPA‑R‑FPA‑EtBn;SEQ ID NO.2:R‑BTF‑R‑BTF‑EtBn;SEQ ID NO.3:R... 舒茂 林治华 路亚阔 于蕊 孟令鑫文献传递 一种抗菌蛋白质或多肽活性关系表征的方法 本发明公开了一种抗菌蛋白质或多肽活性关系表征的方法,从表征分子的85个结构参量和拓扑指数出发,经主成分分析(PCA)得到一种包含166个氨基酸体系的特征描述子:氨基酸拓扑结构信息矢量(VSTPV).将其应用于101个阳离... 舒茂 林治华 张云茹 路亚阔文献传递 一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R-FPA-R-FPA-EtBn;SEQ ID NO.2:R-BTF-R-BTF-EtBn;SEQ ID NO.3:R... 林治华 舒茂 路亚阔 于蕊 孟令鑫文献传递 一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R-FPA-R-FPA-EtBn;SEQ ID NO.2:R-BTF-R-BTF-EtBn;SEQ ID NO.3:R... 林治华 舒茂 路亚阔 于蕊 孟令鑫一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R-FPA-R-FPA-EtBn;SEQ ID NO.2:R-BTF-R-BTF-EtBn;SEQ ID NO.3:R... 林治华 舒茂 路亚阔 于蕊 孟令鑫文献传递 一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R-FPA-R-FPA-EtBn;SEQ ID NO.2:R-BTF-R-BTF-EtBn;SEQ ID NO.3:R... 舒茂 林治华 路亚阔 于蕊 孟令鑫一种非蛋白氨基酸抗菌肽及其应用 本发明公开了一种非蛋白氨基酸抗菌肽,所述抗菌肽具有下列序列表中任意一个的序列:SEQ ID NO.1:R‑FPA‑R‑FPA‑EtBn;SEQ ID NO.2:R‑BTF‑R‑BTF‑EtBn;SEQ ID NO.3:R... 林治华 舒茂 路亚阔 于蕊 孟令鑫文献传递