马奔
- 作品数：10 被引量：40H指数：5
- 供职机构：暨南大学生命科学技术学院水生生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程更多>>
- 中国胶州湾赤潮异弯藻rDNA ITS区序列分析被引量：2
- 2013年
- 测定了采自中国胶州湾赤潮异弯藻X2藻株18S rDNA ITS区基因序列,结合GenBank中下载的37条同源序列,分析序列特征并构建分子系统树。发现534 bp序列中有可变位点16个、简约信息位点1个,可变位点和简约信息位点分别占全序列的3.0%和0.19%,序列间相似性为97%,A+T含量(47.8%)略小于C+G含量(52.2%)。在分子系统树上,全部序列聚类在一起,遗传距离在0.0000~0.0242之间,说明全部赤潮异弯藻遗传多样性极低。赤潮异弯藻的生长和繁殖受到外界环境因子的较大制约,而人为因素如船只压舱水等则是其传播的主要途径。
- 黎瑞宝章群马奔邓春兴
- 关键词：赤潮RDNAITS
- 赤潮棕囊藻(Phaeocystis globosa)rDNA ITS区序列变异与二级结构分析被引量：5
- 2010年
- 测定了南海球形棕囊藻香港株P1、P2和湛江株ZhJ1的rDNAITS区序列（含5.8srDNA）,结合GenBank的13条同源序列,比对长度为904bp,变异位点271个,简约信息位点221个,平均（A＋T）（34.5%）〈（G＋C）（65.4%）.藻株P1、P2和ZhJ1序列存在变异位点20个,序列间相似性为97.9%～98.5%.ITS序列在种间和种内的解析度高于18srDNA和28srDNA基因;构建的NJ树、MP树、贝叶斯推断系统树的结构是一致的,不同种类的棕囊藻单独聚类,不同地理来源的球形棕囊藻混杂分布但相同地理来源的藻株多聚类在一起.RNA二级结构显示,不同藻种间5.8srDNA区结构基本一致,表现出属的特异性;ITS1、2区结构表现较大的种间差异,表明ITS区RNA二级结构可为棕囊藻分类鉴定提供有用的分子结构信息.
- 刘海林章群江启明马奔
- 关键词：球形棕囊藻中国近海
- 中国近海角木叶鲽(Pleuronichthys cornutus)种群遗传多样性研究被引量：6
- 2012年
- 测定了中国沿海角木叶鲽4个群体57个体的线粒体控制区序列,在长度为549 bp的线粒体控制区序列中,检测到3个插入/缺失位点,24个变异位点(包括11个简约信息位点),共出现了37个单倍型,其中9个为共享单倍型。角木叶鲽整体的单倍型多样度(Hd)和核苷酸多态度(P)i结果分别为0.979±0.008和0.00655±0.0037,呈现出高单倍型多样度和低核苷酸多态度分布模式。中性检验结果显示,角木叶鲽种群的Fu's Fs为显著负值,核苷酸不配对分析呈现单峰分布,表明角木叶鲽在历史上经历过种群扩张事件。群体内个体间的平均遗传距离为0.0065,群体间遗传分化指数都为负值(-0.0067^-0.0460)但不显著(P>0.1),AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内个体间(102.15%),均表明我国近海角木叶鲽种群无明显的分化,可以作为一个渔业管理单位加以保护和利用。
- 朱叶章群李贵生刘海林马奔黄小彧司从利
- 关键词：线粒体控制区
- 广东省主要水库和广州市景观湖泊微囊藻ITS区序列分析
- 微囊藻（Microcystis）能产生使人和动物肝脏受损微囊藻毒素（Microcystin），长期饮用含有微囊藻毒素的水能导致肝癌，毒素能经生物富集通过各种途径威胁人类健康；另外微囊藻大量繁殖形成水华还会引起严重的生态环...
- 马奔
- 关键词：微囊藻RDNAITS
- 文献传递
- 基于细胞色素b基因序列分析的华南居氏银鱼遗传多样性研究被引量：7
- 2012年
- 测定了广东虎门、广西合浦和广西钦州3个群体45 ind居氏银鱼(Salanx cuvieri)线粒体DNA细胞色素b基因1 017 bp序列片段,发现42个多态位点,28个单倍型。平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.967和0.006,呈现出高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。合浦和钦州群体间遗传分化指数Fst值为-0.029,表明广西的2个群体间没有遗传分化。虎门群体与合浦和钦州群体间的Fst值分别为0.201和0.218,出现中度遗传分化,推测琼州海峡可能阻碍了广东与广西群体间的遗传交流。邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态。AMOVA分析表明,居氏银鱼群体内遗传差异(86.54%)大于群体间(13.46%)遗传差异,遗传变异主要集中在群体内部。虎门群体中性检测的Tajima’sD为显著负值(-1.847,P=0.018),不对称分布分析呈单峰模式,表明可能在晚更新世(3.2～8.0万年前)经历过种群的快速扩张。建议广东群体和广西群体各作为一个管理保护单位分别加以保护。
- 司从利章群黄小彧马奔乐小亮
- 关键词：细胞色素B
- 基于12S rRNA部分序列分析的中国8种笛鲷科鱼类系统发育初探被引量：6
- 2011年
- 测定了中国近海8种笛鲷鱼类线粒体12S rRNA基因部分序列,结合GenBank中下载的2种笛鲷鱼类序列,以鲈形目(Perciformes)中的单列齿鲷(Monotaxis grandoculis)、黄带裸颊鲷(Lethrinus obsoletus)、尖嘴蓝子鱼(Siganus unimaculatus)、褐蓝子鱼(Siganus fuscescens)和金眼鲷目(Peryciformes)中的点鳍棘鳍鱼(Sargocentron rubrum)、大鳞锯鳞鱼(Myripristis berndti)、红金眼鲷(Beryx splendens)以及鲤形目(Cypriniformes)中的印度斑马鱼(Danio rerio)为外类群,构建最大似然树和贝叶斯推断树,发现在895bp的同源序列中,共有170个变异位点,其中简约信息位点126个,转换/颠换值为2.39;最大似然树和贝叶斯推断树显示梅鲷鱼类(Caesioninae)镶嵌在笛鲷科(Lutjanidae)鱼类中,支持将梅鲷科并入笛鲷科的观点,但是梅鲷属在笛鲷科中的系统位置需要进一步研究;马拉巴笛鲷(Lutjanus malabaricus)与千年笛鲷(Lutjanus sebae)聚为一支,支持根据形态学特征的分类处理;但形态相似的约氏笛鲷(Lutjanus johni)和紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)的遗传差异较大,表明形态特征的相似与亲缘关系的远近并无直接联系。
- 唐优良章群余帆洋周佳怡司丛利黄小彧马奔
- 关键词：MTDNA系统发育
- 南海球形棕囊藻质体16S rDNA序列分析被引量：1
- 2011年
- 测定了采自香港2株球形棕囊藻和湛江1株等鞭金藻质体16SrDNA基因序列，结合GenBank中下载的32条同源序列，分析序列特征并构建分子系统树。发现600bp序列中有可变位点42个，简约信息位点33个，可变位点和简约信息位点分别为全序列的7．0％和5．5％。A＋T的含量（52．5％）略大于C＋G含量（47．5％），与已报道的棕囊藻属叶绿体和线粒体基因相似；在分子系统树上，同属藻种聚类在一起，属间遗传距离分别为0．0255-0．0503。棕囊藻属属内遗传距离0-0．0050，不同藻种相混杂，并未独立成支；质体16srDNA部分序列虽不能区分棕囊藻属内不同藻种，但能鉴定出GenBank中27个环境样品为棕囊藻属藻株，从而能确定其地理分布和相对丰度，对棕囊藻赤潮的预测预报具有重要意义。质体16srDNA在其他赤潮藻类物种鉴定方面的应用需要进一步研究。
- 马奔章群司从利黄小彧
- 关键词：赤潮棕囊藻RDNA
- 中华倒刺鲃线粒体细胞色素b基因的遗传多样性分析被引量：4
- 2011年
- 测定了长江支流贵定与干流合江和宜都3个群体57尾中华倒刺鲃细胞色素b基因5＇端971 bp序列以分析其遗传多样性和种群结构。结果发现21个变异位点和13个简约信息位点,检测到14种单倍型,平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.7820和0.0025,表现出较低的遗传多样性。合江群体核苷酸多样性最高（0.0036）,宜都其次,贵定最低。在NJ系统树上没有出现明显的谱系结构和地理聚群,AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间（61.16%）。宜都和合江群体间的Fst和Nm值分别为0.0974和4.6329,但贵定群体与合江和宜都群体间的Fst值分别为0.4549、0.4875,Nm值分别为0.5991、0.5256,表明长江干流2个地理群体间遗传分化程度低,可视为一个大的随机交配群体;而支流群体没有遗传变异,且与长江干流群体间出现高度分化,可能是由贵定特殊地理条件使基因交流受阻所致。中性检测表明,宜都群体在约为7.6万-3.0万年前的更新世晚期发生过种群的快速扩张。
- 黄小彧章群马奔司从利
- 关键词：中华倒刺鲃细胞色素B
- 基于线粒体细胞色素b基因序列分析的泉水鱼遗传多样性研究被引量：10
- 2012年
- 测定了长江水系贵定和乐山2个群体30尾泉水鱼细胞色素b基因1 026 bp序列,发现13个变异位点,检测出7种单倍型,Hd和Pi分别为0.772和0.0041,其中贵定和乐山群体的Hd分别为0.695和0.362,Pi分别为0.0030和0.0004,呈现出单倍型多样性较低和核苷酸多样性极低的特点;两个群体间的Fst和Nm值分别为0.7417和0.17,AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体间(74.17%),表明群体间出现高度的遗传分化;在邻接树上出现两个按地理来源聚群谱系,呈现出明显的地理结构;估算群体间分歧时间大约在16万年前,为更新世时期。中性检测表明两个群体在过去没有发生种群的快速扩张。建议将贵定和乐山群体作为不同的管理保护单位加以保护。
- 司从利章群马奔黄小彧黎瑞宝乐小亮
- 关键词：细胞色素B
- 基于细胞色素b基因的白肌银鱼遗传多样性被引量：2
- 2012年
- 测定了珠江水系的广西桂平、广东英德和钦江水系的广西钦州3个群体共计34尾白肌银鱼细胞色素b的5′端1 023 bp序列,发现43个变异位点和28个简约信息位点,共19种单倍型;平均单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(P_i)分别为0.888和0.009 90,表现出较高的遗传多样性。同一水系的桂平、英德群体间分化程度很低,F_(st)和N_m值分别为0.053 69和8.81,而珠江水系2个群体与钦江群体间的F(st)值分别为0.380 46、0.395 88,N_m值分别为0.81、0.76,不同水系间的群体呈高度分化。在邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态;估算分歧时间大约在4 000年前,为全新世时期;中性检测表明3个群体在过去没有发生种群的快速扩张;AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(89.8%);表明珠江水系的白肌银鱼可以视为一个大的随机交配的群体,而钦江水系群体则由于琼州海峡阻隔而与珠江群体出现明显遗传分化。建议将珠江和钦江群体应作为不同的管理保护单位(MUs)加以保护。
- 黄小彧章群司从利马奔
- 关键词：细胞色素B地理群体
