杜鹏程
- 作品数：23 被引量：79H指数：5
- 供职机构：北京地坛医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学自动化与计算机技术生物学更多>>
- 霍乱弧菌中VSP-Ⅰ岛的分布和变异特征研究
- 2015年
- 目的探讨霍乱第7次大流行基因岛1（VSP-Ⅰ）在霍乱弧菌中的分布和变异特征。方法从美国国立生物技术信息中心的Gen Bank数据库中下载所有霍乱弧菌基因组数据,以霍乱第7次大流行代表菌株N16961的VSP-Ⅰ作为参考序列,筛查所下载霍乱弧菌基因组中的VSP-Ⅰ。使用MUMmer软件进行单核苷酸多态性（SNP）分析,Orth MCL软件进行同源基因分析,BLAST软件进行序列结构变异分析和功能注释。结果 VSP-Ⅰ广泛存在于霍乱弧菌中,其中霍乱第7次大流行的105株菌株中均携带VSP-Ⅰ,且其序列高度保守;其中94株菌的VSP-Ⅰ完全一致,仅在11株菌中分别存在1～14个SNP位点。而2株非O1非O139群菌株携带VSP-Ⅰ,但和大流行菌株相比,存在插入缺失等序列变异。同时,VSP-Ⅰ有9个共有保守基因,VC0183虽在所有菌株中均存在,但在2株非O1非O139菌株中长度发生改变。此外,VSP-Ⅰ携带5个与该岛的转移和整合相关的基因（VC0181～VC0185）,VC0178编码马铃薯糖蛋白类似物,VC0180编码蛋白水解酶,二者可能与毒力相关。结论作为霍乱第7次大流行菌株中的特异性基因簇,VSP-Ⅰ已转移至非O1非O139群菌株中,并发生序列的变异。
- 杜鹏程阚飙王多春
- 关键词：霍乱弧菌
- 规律成簇的间隔短回文重复序列中间隔序列的噬菌体来源研究被引量：2
- 2015年
- 目的发现在现有的全基因组测序完成的原核生物中规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）系统中间隔序列分布规律以及间隔序列中噬菌体来源情况。方法整理现有CRISPR数据库中2762株细菌基因组中的CRISPR系统和其中的间隔序列数据,整理Gen Bank数据库中发表的1444个噬菌体基因组数据。利用BLASTN软件对间隔序列数据与噬菌体基因组进行相似性比较,计数资料比较使用χ2检验。结果在2762个细菌基因组中整理出1940个基因组存在确定或可能的CRISPR结构和90 096条间隔序列,多数基因组具有1～50条间隔序列（1414/1940,72.9%）,间隔序列数量〉250条的仅有58个基因组（58/1940,3.0%）。其中古细菌13株（13/150,8.6%）,真细菌45株（45/2612,1.7%）,差异有统计学意义（χ2=29.98,P〈0.01）。相似性比较结果共发现245个细菌基因组的1055条间隔序列,成功比对上363个噬菌体,比对成功率仅为0.12%。结论细菌基因组中的CRISPR系统中间隔序列数量存在较大差异,古细菌基因组中CRISPR系统存在更多的间隔序列。相似性比较中噬菌体来源的间隔序列所占比例低,提示与细菌和噬菌体基因组发现较少相关,进一步深入研究可以大幅度提高成功率。
- 侯雪新杜鹏程李振军
- 关键词：噬菌体原核生物
- 老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析被引量：5
- 2016年
- 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。
- 张媛媛徐雅萍杜鹏程强裕俊张雯陈晨于季红郭军
- 关键词：老年住院患者肺炎克雷伯菌
- 利用系统进化树对H7N9大数据预测传播模型的评估被引量：7
- 2014年
- 活禽贸易和H7N9禽流感病毒传播之间存在关联,应用大数据技术分析活禽交易网络数据,可进行疫情溯源并预测未来传播趋势。从流感研究数据库中获取了截止至2013年分离得到的H7N9毒株的血凝素基因核酸序列,构建系统进化树推断2013年上半年疫情中H7N9在各省及城市间的传播情况,并与大数据推断结果进行对比分析。结果表明,系统进化树推断结果更为准确,但大数据分析能够提供更多地区的信息且具有更好的时效性,同时推断的传播模型准确度较高,在H7N9疫情的应对中具有较高的应用价值。
- 杜鹏程于伟文陈禹保闫鹏程安云鹤陈晨
- 关键词：系统进化树大数据
- 肠杆菌科菌株基因组水平上的遗传差异(ANI)及其在菌种鉴定上的应用
- 2013年
- 本研究探讨了高通量测序方法在肠杆菌科菌种鉴定中直接应用的可能性,第一次提出并验证了基因组平均遗传相似度(ANI)指标在肠杆菌科鉴定中的有效性,为该技术的进一步发展提供了数据积累。
- 张雯杜鹏程王海印于伟文张媛媛陈晨
- 关键词：肠杆菌基因组菌种鉴定
- 艾滋病患者感染新型隐球菌的MLST分型及临床特点分析被引量：2
- 2020年
- 目的了解艾滋病患者感染新型隐球菌的基因分型情况。方法收集我院50例艾滋病合并新型隐球菌感染患者的分离菌株,采用PCR测序的方法对分离的新型隐球菌的7个管家基因(CAP59、GPD1、LAC1、PLB1、SOD1、URA5和IGS1)进行PCR扩增和测序,将序列上传至Fungal MLST Database得到序列类型(sequence type,ST),最后通过BioNumerics 4.0软件对ST分型结果进行最小生成树分析。结果50例艾滋病患者中,88.0%(44/50)的为男性,其中31~50岁之间患者占56.0%(28/50),60%患者有中枢神经系统感染,从50例患者的不同部位分离出53株新型隐球菌,其MLST分型分析结果显示,共分离出9种基因型,81.1%(43/53)的菌株为ST5型,ST31和ST296分别有2株,ST63、ST289、ST295、ST298、ST324和ST337分别有1株。结论艾滋病患者感染新型隐球菌以男性为主,北京地区MLST基因分型主要是ST5型,为新型隐球菌的研究提供分子流行病学依据。
- 徐新民张媛媛杜鹏程李敏王慧珠王雅杰
- 关键词：艾滋病新型隐球菌
- rpoD和gyrA基因对气单胞菌鉴定的比较分析被引量：11
- 2016年
- 目的使用rpo D和gyr A基因对气单胞菌进行种水平的鉴定,比较两者分类结果的差异,同时对本研究中187株气单胞菌进行较为准确的种水平的分类。方法对生化鉴定的187株气单胞菌进行rpo D和gyr A基因聚合酶链反应扩增并测序,将序列与种特异的参考序列一起构建系统发育树。结果 187株菌经rpo D基因鉴定为7个种,经gyr A基因鉴定为9个种,还有一个未定种。两者鉴定最多的3个种一致,即维氏气单胞菌温和生物变种、豚鼠气单胞菌和水族馆气单胞菌。gyr A基因鉴定增加的2个种是异嗜糖气单胞菌和简氏气单胞菌。rpo D和gyr A基因对气单胞菌鉴定一致的有174株(93%),但有13株菌(7%)两者鉴定不一致。结论 rpo D和gyr A基因能够对大部分气单胞菌进行准确一致的分类,对于两者鉴定不一致的菌株,应增加管家基因进行分析。
- 李欣悦李凤娟杜鹏程王瑞白王多春
- 关键词：气单胞菌GYRA基因
- 病原菌特异基因数据库系统的开发及应用
- 2013年
- 利用前期研究获得的病原菌各分类水平特有同源基因,构建了病原菌特异基因数据库,采用四层架构模型和单向依赖结构构建了在线展示及查询系统,为科研工作者提供了病原菌特异基因基础数据。可通过简洁直观的方式进行查询和展示,为分型位点筛选、检测芯片设计、核心基因组研究等工作提供相应位点选择依据,为病原菌相关研究工作提供了便捷工具,可加快相关病原菌检测和分型方法的建立。在目前新型病原菌不断出现、治疗愈加困难等越来越严峻的传染病预防控制形势下,具有重要应用价值和现实意义。
- 陈晨杜鹏程吴一雷王海印张雯闫鹏程张媛媛陈禹保于伟文
- 关键词：病原菌特异基因数据库
- 霍乱弧菌N16961超级整合子重复序列及基因盒分析
- 2010年
- 目的:确定O1群El Tor型霍乱弧菌N16961超级整合子(SI)中霍乱弧菌重复序列(VCR)的序列特点,以及VCR和基因盒的数量及位置。方法:用局部序列比对软件BLAST将VCR参考序列与霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体进行比对,用Artemis Comparison Tool查看比对结果获得比对区域的位置信息,并采用perl语言脚本获得霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体VCR相应区域的序列;用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VCR序列进行多序列比对,采用perl语言脚本处理比对结果获得一致性序列;用MEGA4.0软件查看多序列比对结果,并采用perl语言脚本计算各位置变异频率,据此分析霍乱弧菌N16961的Ⅱ号染色体上VCR和基因盒的特点。结果:在N16961的超级整合子中有158个VCR,其核苷酸长度为117～124 bp;其一致性序列有126个核苷酸,其中37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点;139个VCR与相邻的VCR之间至少有1个基因,19个VCR相互之间没有任何基因;N16961的SI中共存在146个基因盒,基因盒大小为390～5924 bp不等,每个基因盒中整合的基因数目为1～9个不等。结论:建立了SI中VCR和基因盒的分析流程,分析了SI中VCR的保守及变异位点,明确了霍乱弧菌N16961的SI中VCR和基因盒的信息,为霍乱弧菌和其他细菌中SI的研究提供了分析基础。
- 高艳逄波杜鹏程王海印阚飙
- 关键词：霍乱弧菌基因盒
- 28株隐球菌ITS基因序列测定及其系统进化分析
- 2011年
- 目的测定28株鸽粪中分离的隐球菌的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列,并根据ITS序列构建28株隐球菌和6株新生隐球菌的系统进化树。方法应用neighbor-joining(NJ)和m aximumparsimony(MP)方法构建系统进化树,研究隐球菌属不同菌种间的亲缘和进化分化关系。结果两种聚类方法得到的进化树模型基本一致,所有菌株聚类为3个主要分支:6株分离到的新生隐球菌和6株参考菌株为一支;大部分DHP和XSQ菌株聚为一支,除HP6外,所有的HP菌株和XSQ46-1及XSQ59-3,聚类为平行的第3个分支。从分化远近看,新生隐球菌分支、DHP和XSQ分支的分化年代没有显著差异。结论隐球菌属中,所有的新生隐球菌聚类为一支,其余的隐球菌菌种均分散在不同分支中,没有明显的种属聚集性,即呈现了隐球菌属不均一的特性。
- 吴媛杜鹏程卢金星
- 关键词：隐球菌转录间隔区系统进化分析
