刘长宁
- 作品数：14 被引量：15H指数：2
- 供职机构：中国科学院西双版纳热带植物园更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金云南省高端科技人才引进计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 基于Snakemake构建非模式生物转录组分析框架
- 2019年
- 指出了在生命科学领域,非模式生物具有越来越重要的地位,对非模式生物的研究大幅拓宽了生命科学研究的广度,促进发现更多新的科学问题,弥补模式生物在研究中的不足之处。传统的转录组分析存在流程操作复杂、工作效率低、入门门槛高等问题。基于Snakemake的转录组分析框架,能够运用数据标签批量处理多个数据,无需使用者多次设置参数,大大提高了工作效率。利用Snakemake初步搭建转录组分析框架,在野生型和FUL基因型番茄样品的RNA-Seq转录本数据进行测试。本研究工作为非计算机背景的研究人员进行转录组分析提供了方便,对相关转录组数据分析研究具有一定参考意义。
- 李岸林刘长宁
- 马铃薯StDRO2基因的生物信息学分析被引量：1
- 2021年
- 【目的】根系构型对植物生长发育起到重要作用,DEEPER ROOTING1(DRO1)基因参与调控植物根生长角度。但是马铃薯DRO1同源基因的生物学信息还不清楚。【方法】本研究利用生物信息学软件分析了马铃薯中StDRO2蛋白的理化性质、亚细胞定位、保守结构域、系统发育树及蛋白质结构。【结果】发现马铃薯StDRO2基因编码亲水性不稳定蛋白,定位在细胞核,氨基酸序列具有IGT基因家族典型结构域。蛋白质二级结构预测显示StDRO2蛋白质均具有无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链结构。通过实时定量PCR分析,马铃薯幼苗叶片中StDRO2的表达量显著高于根和茎杆。生长素处理后,根中StDRO2基因的表达量显著降低,说明该基因的表达受到生长素的负调控。【结论】StDRO2属于IGT基因家族中的一员,可能参与调控马铃薯根系构型。马铃薯StDRO2基因的生物信息学及表达水平检测为今后分析马铃薯根系发育提供了理论基础。
- 李葵秀罗崇玉傅琪景李立池李有春罗浩姚宝林刘长宁张红骥于德才杜云龙
- 关键词：根系构型马铃薯生长素
- 一种长柱重楼的培育方法
- 本发明公开了一种长柱重楼的培育方法，所述方法包括步骤：1)选择海拨1200‑1800m、含腐殖质壤土或者肥活沙质壤土的坡地或缓坡地；2)在9月份后期将长柱重楼种子成熟后采收带青包和红包果壳的果实；除去所述果实的果壳，并用...
- 刘帮强刘长宁李恒
- 文献传递
- 紫花苜蓿基因编辑数据库(AlfalfaGEDB)的应用研究--以MsHB7和MsPALM1为例
- 2022年
- 紫花苜蓿为我国广泛种植的牧草作物之一,具有重要的经济价值和生态价值。紫花苜蓿基因编辑数据库(AlfalfaGEDB)是一个用于分析紫花苜蓿基因功能的数据库,为科研工作者提供了免费有效的数据查询和技术支持。本文以MsHB7和MsPALM1基因为例,对AlfalfaGEDB的功能进行展示,对AlfalfaGEDB的实用性和可靠性进行验证,为研究人员了解AlfalfaGEDB和选择合适的紫花苜蓿功能分析平台提供参考。
- 蒋晓可刘长宁
- 关键词：紫花苜蓿
- 橡胶树种子性状相关基因的预测与功能研究
- 2023年
- 研究橡胶树种子性状相关基因对橡胶籽在生物柴油开发利用方面具有重要意义。基于全基因组关联分析数据挖掘、基因组共线性分析和基因序列同源分析,在橡胶树reyan7-33-97品种中共预测到49个影响种子性状的基因,进一步获取这些基因在3种组织(根,茎和种子)中的表达图谱,并根据差异表达分析挖掘这些基因在不同组织发挥作用的异同。对橡胶树miRNA靶位点预测显示,这些种子性状相关候选基因可能受miRNA调控。通过构建橡胶树蛋白互作网络,发现有16个橡胶树种子性状候选基因存在间接蛋白相互作用从而影响种子性状。研究结果为进一步开发利用橡胶籽提供了一定的工作基础。
- 刘嘉智刘长宁
- 关键词：橡胶树种子性状全基因组关联分析同源分析
- 花发育相关基因分子进化与花发育调控网络拓扑中心性的相关性研究被引量：1
- 2021年
- 探索了花发育基因调控网络的3个拓扑中心性(连接度、中间性和接近度)与其中基因分子进化速率的相关性。结果发现,随着网络中心性的增加,基因的序列将更加趋向于保守,即基因的进化速率与中心性参数呈负相关。这一结果与拟南芥蛋白质相互作用网络中所观察到的模式一致,也许是因为多效性制约了进化。
- 张頔高晓阳张轩刘长宁
- 关键词：基因调控网络分子进化
- 蒺藜苜蓿SBP-box转录因子基因家族全基因组分析被引量：7
- 2017年
- 从全基因组水平研究蒺藜苜蓿SBP-box转录因子基因家族,系统地鉴定出22个SBP-box家族基因,根据基因结构分析、结构域的差异和系统发育分析将这些SBP-box基因分成5个亚家族.基因比较分析表明SBPbox基因家族扩张主要是通过部分复制及串联重复事件来实现的.基因表达模式分析表明蒺藜苜蓿SBP-box基因具有器官特异性并且参与干旱胁迫反应.这些结果为进一步研究蒺藜苜蓿SBP-box家族基因的功能与进化提供理论参考.
- 李月颖李菁刘长宁
- 关键词：进化分析基因表达模式蒺藜苜蓿
- 短密青霉NRRL 864异戊烯基转移酶PbPT的克隆表达及功能分析
- 2016年
- 在对丝状真菌短密青霉(penicillium brevicompactum NRRL 864)的全基因组进行分析时,发现该真菌可能表达一种异戊烯基转移酶PbPT。通过反转录RT-PCR(Reverse Transcription,RT-PCR)获得真菌cDNA,并以cDNA为模版,将编码PbPT的开放阅读框克隆到pET-28b构建表达载体pET28b-PbPT,将pET28b-PbPT转化Escherichia coli BL21(DE3)获得表达菌株,异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(Isopropyl-β-D-thiogalactoside,IPTG)诱导高效表达PbPT,利用Ni-NTA树脂亲和纯化重组PbPT活性蛋白,并对该蛋白进行了底物特异性分析、产物结构鉴定以及酶促动力学分析。分析结果表明,以二甲基丙烯基二磷酸(dimethylallyl pyrophosphate,DMAPP)为供体,PbPT特异性催化异戊烯基转移至Brevianamide F的α位C上,生成Deoxybrevianamide E。Brevianamide F是合成真菌生物碱类杀虫抗生素brevianamides的重要中间体,真菌吲哚类异戊烯基转移酶家族新成员PbPT的发现。该研究为进一步寻找和阐明真菌生物碱类杀虫抗生素brevianamides的生物合成基因簇和合成途径奠定了基础。
- 孙靖然刘长宁李荣贵张伟李盛英
- 关键词：异戊烯基转移酶丝状真菌功能分析
- 一种诱导增强CIK细胞的滇重楼多糖组合物及其应用
- 本发明涉及生物医药领域，尤其涉及一种中药诱导增强CIK细胞活性的方法，该方法包括向CIK细胞培养液加入重楼与麦冬提取物，所述重楼提取物为滇重楼多糖，所述麦冬提取物为麦冬多糖，该方法能激活CIK细胞增殖活性与杀瘤活性，提高...
- 刘长宁李菁胡翔黄招琴马菊莲
- 文献传递
- 重楼属植物在线分类鉴定系统的设计与实现被引量：1
- 2020年
- 文章以传统形态学分类方法为依托,基于随机森林算法,结合网站开发,设计并开发了重楼属植物在线分类鉴定系统。该系统操作简便,分类鉴定效果好,可用于重楼属植物16个种及5个变种的分类鉴定,能够在一定程度上为研究重楼的科研工作者和从事重楼属药用植物开发行业的工作人员提供帮助。
- 任强桑世叶刘长宁
- 关键词：重楼属网站开发
