肖希希
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
- 供职机构：贵州大学动物科学学院高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：贵州省重大科技专项计划项目贵州省科技厅重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 牛SOCS5基因5′调控区多态性研究被引量：1
- 2013年
- 【目的】筛选SOCS5基因启动子区多态位点(SNP),并研究其对启动子功能元件的影响。【方法】选择贵州地方优良品种务川黑牛和中国荷斯坦奶牛两种生长性能差异明显的品种构建DNA池,直接测序后用DNASTAR软件进行序列拼接和校正,BLAST分析SOCS5基因多态性,然后用生物信息学软件预测序列核心启动子区和CpG岛,分析SNP位点对转录因子结合位点影响。【结果】牛SOCS5基因5'调控区和第1外显子区存在3个SNP位点,分别为:C-577T、T-43C和C+61T,其中C+61T与SNP数据库中的rs110977810信息相符,C-577T和T-43C为新发现SNP位点。生物信息学软件预测得到SOCS5基因核心启动子区和CpG岛,SNP位点导致附近大量转录因子结合位点消失和新位点产生;SNP位点对转录因子结合位点有显著影响,但对核心启动子范围和起始位点无明显影响,不在甲基化水平上影响SOCS5基因表达水平。【结论】牛SOCS5基因5'调控区存在3个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点。
- 杨永强谢海强刘彬孙岩岩赵顺林肖希希龚俞焦仁刚张依裕刘若余
- 关键词：SNP位点CPG岛中国荷斯坦奶牛
- 不同牛种STAT5B基因启动子多态性分析
- 2012年
- 目的:试验旨在筛选STAT5B基因启动子区SNP及研究其对启动子功能元件的影响,为地方牛种选种选育提供一定理论依据。方法:选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,直接测序筛选SNP位点。结果:STAT5B基因5'调控区及第1外显子存在3个SNPs位点,分别为:T-181C、C-31G、T+119C。生物信息学软件预测得到STAT5B基因核心启动子区和转录因子结合位点,SNP位点导致5个转录因子结合位点消失,而产生8个新的转录因子结合位点。软件未发现可能的CpG岛范围,但STAT5B基因RNA二级结构和最小自由能在突变后显著改变。结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,STAT5B启动子区存在功能性SNP位点。
- 赵顺林杨永强龚俞焦仁刚惠嫣婷谢海强肖希希肖超能刘若余
- 关键词：STAT5B启动子
