杨雪
- 作品数：4 被引量：32H指数：3
- 供职机构：昆明理工大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省科技计划项目云南省应用基础研究基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生更多>>
- 基于不同通用引物比较分析肠道微生物群落变化被引量：1
- 2020年
- 肠道微生物对于人体健康的重要作用已经得到广泛证实,目前,对肠道微生物的研究大多采用基于扩增细菌16S rRNA基因V3-V4区的高通量测序分析,对古菌的关注较少。本研究选择了一对可以同时扩增细菌和古菌16S rRNA基因的引物,通过比较人为干扰肠道微生物前后的群落变化,说明这对引物适宜分析人类肠道细菌和古菌群落变化并具有一定优越性。采集志愿者粪便样品,同时用仅能扩增细菌引物(B引物)和细菌古菌通用引物(AB引物)进行扩增和高通量测序;使用几个常用的rRNA数据库判断引物对细菌的覆盖度和对古菌的扩增能力。结果表明,AB引物在可以展示B引物扩增出的细菌群落的基础上,可以得到肠道中常见的产甲烷古菌的序列,同时也展示出人为干扰肠道微生物前后的群落结构变化。AB引物可以仅通过一次扩增和测序同时分析肠道中的细菌和古菌群落,更加全面展示肠道微生物群落结构,适用于肠道微生物相关研究。
- 杨雪吴边柳陈坚柳陈坚曾学琴李晓然
- 关键词：通用引物肠道微生物细菌古菌
- 高通量测序法检测奶牛乳房炎关联微生物群落结构及多样性被引量：19
- 2019年
- 为对引起奶牛乳房炎的病原菌进行溯源,对乳房炎奶牛和正常奶牛的乳头擦拭子和牛奶中细菌的16SrRNA基因的V4-V5高变区进行扩增和高通量测序,使用生物统计学方法分析微生物多样性。结果显示,乳房炎奶牛乳头和牛奶中微生物组成呈现明显差异:在门的水平上,乳头丰度最高的是厚壁菌门(Firmicutes),牛奶则是变形菌门(Proteobacteria),乳头样品均含有拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌,而牛奶中几乎没有,梭杆菌门(Fusobacteria)细菌仅存在于乳头中;在属的水平上,梭杆菌属(Fusobacterium)仅在乳头上检测到,牛奶中丰度最高的为假单胞菌属(Pseudomonas)细菌,其仅存在于2个乳头样品中,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌在两类样品中都有,但乳头的含量高于牛奶。奶牛患乳房炎后乳头和牛奶的微生物群落与正常奶牛也有差异:梭杆菌门(Fusobacteria)仅在乳房炎奶牛乳头中检测到,正常奶牛没有,乳房炎奶牛乳头金黄色酿脓葡萄球菌属(Staphylococcus)丰度高于正常奶牛,肠球菌属(Enterococcus)仅在乳房炎奶牛牛奶中检测到,正常奶牛没有。奶牛乳头与牛奶中的微生物群落差异极大,奶牛患乳房炎后乳房外和乳房内微生物组成都会发生变化,外源病原菌和内源病原菌都可能引起乳房炎。
- 曾学琴柳陈坚杨雪李晓然
- 关键词：奶牛乳房炎乳头微生物多样性
- 基于高通量测序分析结肠息肉患者肠道细菌群落结构被引量：4
- 2018年
- 结直肠癌是胃肠道中最常见的恶性肿瘤,而结肠息肉尤其是腺瘤性息肉是结肠癌前病变的指征之一.作者采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术,对收集自云南省第一人民医院结肠息肉患者粪便样品的细菌群落结构进行分析研究.不同患者粪便样品微生物群落存在较大差异,其中拟杆菌门、厚壁菌门以及变形菌门在7个样品中所占序列比例较高;在科的水平上,拟杆菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科以及肠杆菌科为主;在属的水平上,所占序列比例较高的菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、Clostridium Xl Va、Lachnospiracea科未分类属以及粪杆菌属(Faecalibacterium).部分结肠息肉患者肠道细菌组成与健康人群存在较大差异,分析结肠息肉患者肠道微生物群落组成,有利于发现早期癌症病变指征,为建立无创早期肿瘤诊断方法提供依据.
- 尚云柳陈坚刘祥祥吴边杨雪李晓然
- 关键词：结肠息肉RRNA基因高通量测序细菌群落结构
- 细菌性阴道炎患者阴道不同部位细菌群落多样性分析被引量：8
- 2017年
- 细菌性阴道病（Bacterial Vaginosis,BV）是女性阴道内正常菌群失调所致的一种混合感染,以往的研究主要是基于显微镜观察和微生物的分离培养.阴道微生物群落结构为维持阴道菌群的生态平衡发挥关键作用,本研究可以为细菌性阴道炎的早期预防及治疗提供有力的信息.采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术,对来源于云南省第一人民医院的9位BV患者阴道侧穹隆及后穹窿棉拭子样品中的细菌群落多样性进行分析研究.比较所有患者阴道侧穹隆及后穹窿细菌群落结构,侧穹隆与后穹窿样品细菌群落组成有较大差异,后穹窿样品多样性高于侧穹隆,但Lactobacillus与Cellulosimicrobium均为两者的优势属.在属的水平上分别分析各位BV患者阴道侧穹隆及后穹窿样品时,大部分患者的优势属是Lactobacillus,而在患者2及6侧穹隆与后穹窿中的最优势属分别是Cellulosimicrobium与Prevotella,其次为Lactobacillus;在患者5侧穹隆中的最优势属是Bacillus,而Lactobacillus的序列比只有1%;在7位患者后穹窿样品中,最优势的属是Acinetobacter,其次为Brevundimonas与Lactobacillus.对各位BV患者阴道侧穹隆与后穹窿的细菌群落结构进行聚类分析显示,同一患者不同部位细菌群落结构较为相近.9位BV患者阴道侧穹隆与后穹窿样品均具有较高的细菌多样性,由于生活环境及健康状况的不同,不同患者阴道侧穹隆与后穹窿微生物群落结构差异较大,且细菌多样性复杂;同一患者不同部位微生物群落结构较为相近.普雷沃氏菌属、芽孢杆菌属以及不动杆菌属在患者阴道中的大量存在,暗示BV患者阴道微生物确实处于极度不健康状态.
- 刘祥祥邵静宜杨雪杨恩罗义勇柳陈坚李晓然
- 关键词：细菌性阴道炎RRNA基因微生物群落多样性
