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基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析被引量：5: 2016年; 目的利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路。方法利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用Pic Tar、DIANA-micro T-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis)。结果 miR-32在不同物种间高度保守。与癌旁正常组织相比,hsamiR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常(均有P<0.05)。包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程(均有P<0.05),涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路(均有P<0.05)。结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关。; 彭璨璨马文丽夏巍黄正亮郑文岭; 关键词：基因计算生物学

梅毒螺旋体寡核苷酸芯片探针的设计及筛选: 2010年; 【目的】设计梅毒螺旋体寡核苷酸探针,筛选出适合芯片检测的高敏感性和特异性寡核苷酸探针。【方法】根据梅毒螺旋体特异基因设计寡核苷酸探针,人工合成探针后制备寡核苷酸芯片。提取梅毒螺旋体的DNA,采用通用引物联合标记法进行标记,标记样品与芯片杂交,用芯片扫描仪检测杂交结果。【结果】设计出23条50 mer梅毒螺旋体寡核苷酸探针。标记样品与芯片杂交部分探针有较强的杂交信号,并筛选出符合要求的9条梅毒螺旋体寡核苷酸探针。【结论】以上方法能设计和筛选出敏感性和特异性较高的梅毒螺旋体寡核苷酸探针,可用于制备梅毒螺旋体寡核苷酸芯片。; 沈年汉杨琼夏巍李凌马文丽; 关键词：梅毒螺旋体寡核苷酸探针芯片

重组质粒pDsRed1-C1-PinX1的建立及其在乳腺癌MCF-7细胞中的表达被引量：1: 2013年; 目的构建PinX1真核表达载体,观察PinX1基因对乳腺癌MCF-7细胞生长和增殖的影响。方法重组质粒转染MCF-7细胞并筛选稳定表达系;用Real-timePCR检测PinX1基因mRNA的表达;MTT法检测转染前后细胞生长变化;平板克隆形成试验检测PinX1对MCF-7集落形成能力的影响。结果构建了真核表达载体PDsRed1-C1-PinX1的稳定表达系;转染后乳腺癌MCF-7细胞生长明显减缓,集落形成能力降低。结论 PinX1基因可抑制乳腺癌MCF-7细胞的生长和增殖。; 梁桑华石嵘周晖夏巍周珏宇郑文岭马文丽; 关键词：乳腺癌增殖

一种用于生物芯片标记效率的研究方法: 2009年; 目的利用自杂交的方法对芯片杂交样品的标记效率进行检测和实验质控。方法提取人红白血病K562细胞RNA后,将核酸样品等分成两等份,分别应用通用引物标记Cy3和Cy5荧光物质,然后和制备的K562芯片进行杂交,通过比较杂交后探针上Cy3和Cy5的荧光信号强度,对样品的标记效率和杂交流程进行实验分析和质控。结果杂交后的芯片探针显示为等量的Cy3和Cy5重叠后的黄色荧光,由于样品是等量的同一种核酸物质,从而证明了样品标记的效率一致性较好。结论通过自身杂交方法来比较相同样品两种荧光标记物的信号强度,对芯片本身的质量进行检测,分析标记物的标记效率,可以应用于生物芯片实验的质量控制。; 王治伟马文丽夏巍杨琼郑文岭; 关键词：生物芯片杂交

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计: 2010年; 目的设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针。方法使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer4.2对其进行寡核苷酸探针设计。结果设计出12条60mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备。结论将BLAST系统和Array designer4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针。; 夏巍马文丽肖维威郑文岭; 关键词：寡核苷酸探针 BLAST 基因芯片 ARRAY DESIGNER

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夏巍