黄正亮
- 作品数：1 被引量：5H指数：1
- 供职机构：南方医科大学基础医学院基因工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析被引量：5
- 2016年
- 目的利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路。方法利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO(gene expression omnibus,GEO)数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用Pic Tar、DIANA-micro T-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析(gene ontology analysis)和生物通路富集分析(pathway enrichment analysis)。结果 miR-32在不同物种间高度保守。与癌旁正常组织相比,hsamiR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常(均有P<0.05)。包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程(均有P<0.05),涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路(均有P<0.05)。结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关。
- 彭璨璨马文丽夏巍黄正亮郑文岭
- 关键词：基因计算生物学
