张子丁
- 作品数：11 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中国农业大学生物学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术环境科学与工程更多>>
- 中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻被引量：5
- 2015年
- 翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用,并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作,利用各种生物信息学方法开展翻译后修饰预测,能够提供准确、简便和快速的研究方案,并产生有价值的信息为进一步实验研究提供参考。文章主要综述了中国生物信息学者在翻译后修饰生物信息学领域所取得的研究进展,包括修饰底物与位点预测的计算方法学设计与完善、在线或本地化工具的设计与维护、修饰相关数据库及数据资源的构建及基于修饰蛋白质组学数据的生物信息学分析。通过比较国内外的同类研究,发现优势和不足,并对未来的研究作出前瞻。
- 刘泽先蔡煜东郭雪江李骜李婷婷邱建丁任间施绍萍宋江宁王明会谢鹭薛宇张子丁赵兴明
- 关键词：翻译后修饰共价修饰磷酸化
- 基于机器学习的人与病毒蛋白互作的预测研究
- 系统解析人与病毒间的蛋白相互作用是破译病毒感染致病机制的关键切入点.目前基于机器学习的人与病毒蛋白互作预测方法已相继被开发，并用于加快人类与病毒蛋白相互作用图谱的鉴定.本次报告将主要汇报我们课题组近期在人与病毒蛋白互作预...
- 张子丁
- 关键词：蛋白相互作用数据库
- 基因芯片、计算机与作物研究新进展
- 2011年
- 2010年9月5～11日，由浙江大学主办，中国农业大学承办的2010基因芯片、计算机和作物国际暑期研习班及学术会议（2010 International Summer School on Chips, Computers and Crops）在北京中国农业大学隆重召开。
- 陈铭张子丁
- 关键词：基因芯片计算机作物
- Network-Based Comparative Analysis of Arabidopsis Immune Responses to Golovinomyces orontii and Botrytis cinerea Infections
- A comprehensive exploration of common and specific plant responses to biotrophs and necrotrophs is necessary f...
- 江珍红董小宝张子丁
- 关键词：CO-EXPRESSION
- Deciphering the Arabidopsis Floral Transition Process by Integrating a Protein-Protein Interaction Network and Gene Expression Data
- In a plant,the progression from vegetative growth to reproductive growth is called the floral transition.Over ...
- 贺飞周源董小宝张子丁
- 文献传递
- 小鼠蛋白质泛素化位点的预测及分析
- 2017年
- 采用机器学习中的支持向量机方法开发了小鼠泛素化位点预测新工具UbiqSite。采用6种编码方式表征泛素化位点周围序列模式,5折交叉检验和独立测试方法用于评价预测模型的表现。通过比较,支持向量机对CKSAAP编码的特征构建出的模型具有较好性能。独立测试结果显示,UbiqSite的Sn、Sp、Ac、MCC、AUC和AUC01值分别为0.682、0.795、0.739、0.480、0.758和0.019。此结果明显优于其他现有的预测模型。鉴于小鼠泛素化位点的预测精度较高,已具有实用价值,进一步构建了1个可供用户免费使用的网络服务器,网址为:http://systbio.cau.edu.cn/ubiqsite/index.php。
- 赵佳楠陈嘉婧杨世平张子丁
- 关键词：生物信息学蛋白质翻译后修饰
- Structural Propensities of Human Ubiquitination Sites
- Background: The existence and function of most proteins in the human proteome are regulated by the ubiquitinat...
- 周源刘思雪陈震张子丁
- 关键词：UBIQUITINATIONPROTEINFUNCTIONALSITEPROTEIN
- BEAN 2.0: An integrated web server for accurate prediction of type Ⅲ secreted effectors
- Background: Gram-negative pathogenic bacteria inject type-Ⅲ effectors into host cells to sabotage their immune...
- 董小宝卢晓甜张子丁
- 关键词：EFFECTORWEBSERVER
- Integrative Network Analyses Reveal Shared and Distinct Organization of Regulatory Networks in Plant Immune Response
- Background: Similar to animals, plants highly rely on the immune system as a defense against pathogens.It is w...
- 董小宝江珍红张子丁
- 关键词：IMMUNITYIMMUNITYNETWORKSUBNETWORKNETWORK
- AraPPISite: a database of fine-grained protein-protein interaction site annotations for Arabidopsis thaliana
- Knowledge about protein interaction sites provides detailed information of protein-protein interactions (PPIs)...
- 李宏杨世平周源张子丁
- 关键词：DATABASE
