陈晨
- 作品数：12 被引量：24H指数：4
- 供职机构：北京地坛医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 用于检测黄热病毒的RT-LAMP试剂盒及其专用引物
- 本发明公开了一种用于检测黄热病毒的RT‑LAMP试剂盒及其专用引物和应用，属于生物技术检测领域。提供的RT‑LAMP引物能够实现对黄热病毒的特异性检测，提供的RT‑LAMP试剂盒的检测操作简单、特异性强、灵敏度高，可以快...
- 袁静刘翟陈晨马莉萍崔晶花李少丽曾辉蒋栋
- 文献传递
- 一种表达荧光素酶的VRE及其用途
- 本发明涉及一种基因修饰的自发荧光的耐万古霉素肠球菌(Vancomycin‑Resistant Enterococcus,VRE)及其应用。本发明利用质粒构建和电转化技术，构建了能够在肠球菌中表达的含有荧光素酶基因簇(lu...
- 滑明溪王宇光陈晨段昂袁临天曾辉李昂
- 文献传递
- 表达荧光素酶的产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌及其用途
- 本发明利用质粒构建和电转化技术，构建了含有荧光素酶簇(luciferase gene cassette,lux)的产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌，最终获得了可稳定表达荧光素酶的产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌(KPC‑KP‑LUX)。...
- 滑明溪陈晨曾辉李昂
- 文献传递
- 黄连解毒汤调控肠道菌群抗apoE^(-/-)小鼠非酒精性脂肪性肝病和动脉粥样硬化的研究被引量：6
- 2021年
- 目的:观察黄连解毒汤对高脂饮食导致的apoE基因敲除(apoE^(-/-))小鼠血脂水平、肠道菌群、单胺氧化酶(monoamine oxidase,MAO)活力及其脂肪肝和血管动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)斑块形成的影响。方法:8周龄雌性apoE^(-/-)小鼠给予高脂饮食,治疗组同时给予黄连解毒汤或阿托伐他汀干预,4周后常规检测血脂水平,检测血浆和肝脏的MAO活力;取小鼠结肠内容物,16S rRNA相对应的DNA序列(16S rDNA)检测肠道菌群,干预18周后病理检测主动脉血管动脉粥样硬化(AS)斑块和脂肪肝形成情况。结果:高脂饮食导致apoE^(-/-)小鼠血浆总胆固醇(cholesterol,TC)和低密度脂蛋白(low density lipoprotein,LDL)水平升高(P<0.001),差异有统计学意义;血浆和肝脏检测MAO活性增高(P<0.05),差异有统计学意义;结肠菌群α多样性增加,变形菌门增加,拟杆菌门减少。黄连解毒汤干预4周,血脂水平无明显改变,血浆和肝脏MAO活力降低(P<0.05),差异有统计学意义;结肠菌群α多样性降低,厚壁菌门和变形菌门减少,拟杆菌门和疣微球菌门增加;干预18周高脂导致apoE^(-/-)小鼠肝脏脂肪肝病变和主动脉血管AS斑块形成,黄连解毒汤明显干预改善脂肪肝和主动脉血管AS斑块病变程度。结论:黄连解毒汤可能通过调节肠道菌群失衡,降低MAO活性,从而抑制高脂饮食导致apoE^(-/-)小鼠非酒精性脂肪性肝病(non-alcholic fatty liver disease,NAFLD)和AS斑块的形成。
- 姜楠薛欣张媛媛陈晨陈晨马雅銮
- 关键词：黄连解毒汤肠道菌群单胺氧化酶非酒精性脂肪性肝病动脉粥样硬化
- 基于全基因组序列的耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌的耐药与毒力研究被引量：6
- 2020年
- 目的明确耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(CRAB)临床主要流行株CC92克隆复合群(CC92)基因组中耐药基因和毒力基因的分布,并探讨CRAB耐药和毒力的分子特征。方法本研究共纳入2019年1~7月自首都医科大学附属北京地坛医院检验科分离的33株CRAB分离株,行细菌全基因组测序研究。利用CLC Genomics Workbench v10.0软件对全基因组测序数据进行序列的质量修整后,开展序列拼接、组装与注释,并进行耐药基因与毒力基因研究,分析CC92克隆复合群CRAB基因组中携带的耐药基因和毒力基因的分布。结果基因组测序数据分析表明,33株CRAB菌株中30株为CC92型克隆复合群(包括ST195、ST208、ST369和ST540),2株为ST229型,1株为国际上未报道新序列型别。以上CRAB中包括大量的耐药基因,包括大环内酯类、四环素和链霉素耐药基因在内的8~18个耐药基因,以及包括编码与侵袭和黏附等毒力功能相关的12种毒力基因。同时,本研究发现CC92克隆复合群,除携带碳青霉烯类耐药基因以外,还携带了其他非CC92克隆群不具备的耐药基因(如blaOXA-66和blaTEM-1D)和毒力基因(如bauA和bap基因)。此外,在CC92克隆复合群中可能存在大环内脂类耐药基因[msr(E)和mph(E)]、氨基糖苷类的耐药基因(armA)、链霉素耐药基因(strA、strB)与四环素耐药基因[tet(B)]的重组。结论CC92克隆复合群的CRAB基因组存在大量耐药基因和毒力基因,且存在耐药基因重组现象,迫切需要对CRAB进一步开展全基因组水平监测,为临床病原诊断和治疗提供必要的依据。
- 刘鑫喆滑明溪王慧珠杜鹏程徐新民熊号峰李昂陈晨
- 关键词：耐药毒力
- 一种表达荧光素酶的高产酒克雷伯菌及其用途
- 本发明利用质粒构建和电转化技术，构建了含有荧光素酶基因簇(luciferase gene cassette,lux)的高产酒克雷伯菌，经自发荧光鉴定及菌株的传代稳定性试验与培养特性的观察,最终获得了可稳定表达荧光素酶的高...
- 滑明溪陈晨曾辉李昂袁静
- 文献传递
- 面向云平台的二代测序数据近似去重方法研究被引量：4
- 2017年
- 新一代测序因其数据量大、数据处理过程复杂、对计算资源要求高等特点,需要通过云计算进行处理。然而,云计算的处理方式要求先将测序数据上传到云平台中。但由于测序过程的随机性,使得同一样本的两次测序、两个相似样本分别测序后所产生的文件在二进制层面会有较大差别。目前已有的去重方法无法有效识别出这样的"重复"测序文件和测序结果中的"重复"内容。重复上传和存储这些重复数据,不仅消耗网络带宽,而且浪费存储空间。针对现存的重复数据删除方法仅仅基于文件的二进制特征,并未有效利用测序结果数据相似性特点的问题,提出一种面向云平台的海量高通量测序数据近似去重方法NPD(Near Probability Deduplication)。该方法对Fast Q中的序列和质量信息,使用Sim Hash计算分块指纹,采用客户端与云平台双布谷过滤器(Cukoo Filter)对指纹值进行快速存在性检测,最后由云平台使用近似算法对指纹值近似去重。实验结果表明,NPD方法在保证高效的同时,大幅提升了去重率,进而减少了网络流量,缩短了数据上传时间,能够支撑海量数据处理,具有良好的实用价值。
- 赵晓永陈晨
- 关键词：高通量测序重复数据删除
- 艾滋病合并肺部感染患者痰液、血液和肺泡灌洗液中病原菌的检出率被引量：6
- 2019年
- 目的了解艾滋病合并肺部感染患者血液、痰液和肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)标本中病原菌的检出率。方法2018年2月至2018年9月于首都医科大学附属北京地坛医院住院的艾滋病合并肺部感染患者73例,收集患者血液、痰液和BALF标本。血液标本培养后检测厌氧菌、需氧菌、真菌和分枝杆菌,抗原凝集法检测隐球菌。痰液标本行抗酸染色检测结核分枝杆菌,痰培养检测细菌和真菌,显微镜下观察有无菌丝或孢子。BALF标本培养检测细菌和真菌,抗酸染色和PCR检测结核分枝杆菌,六胺银染色检测肺孢子菌,显微镜下观察有无菌丝或孢子。比较3种标本中病原菌的检出率。统计学分析采用χ^2检验。结果73例艾滋病合并肺部感染患者的血液、痰液和BALF标本中分别检出病原菌8份(11.0%)、23份(31.5%)和48份(65.8%),差异有统计学意义(F=48.513,P<0.01)。BALF标本病原菌检出率高于血液和痰液(χ^2分别为43.349和17.136,均P<0.01),痰液标本病原菌检出率高于血液(χ^2=9.215,P<0.05)。血液、痰液和BALF标本中检出率最高的病原菌分别是马尔尼菲篮状菌3份(4.1%)、甲型链球菌12份(16.4%)和甲型链球菌26份(35.6%)。结论艾滋病合并肺部感染患者BALF标本中病原菌检出率最高,其次为痰液,血液最低。
- 田雅王宇王雅杰陈晨陈振王慧珠张福杰
- 关键词：获得性免疫缺陷综合征病原诊断
- 急性期恶性疟患者外周血PD-1^(+)TIGIT^(+)T细胞功能
- 2021年
- 目的研究急性期恶性疟患者外周血T淋巴细胞共抑制分子PD-1和TIGIT的表达模式及功能。方法收集2019年4月至2019年10月首都医科大学附属北京地坛医院感染二科14例非洲输入型急性期恶性疟患者发病后4~12 d和28例健康对照者外周血单个核细胞。流式细胞术检测患者外周血CD4^(+)T和CD8^(+)T淋巴细胞PD-1^(+)TIGIT^(-)、PD-1^(+)TIGIT^(-)、PD-1-TIGIT+和PD-1^(+)TIGIT^(+)四个亚群比例,比较各细胞亚群凋亡(Annexin V+)、增殖(Ki67+)、分泌细胞因子(IFN-γ^(+)、IL-2^(+)和TNF-α^(+))和杀伤(Granzyme B+和Perforin+)能力差异,正态分布资料采用one-way ANOVA检验进行方差分析,Holm-Sidak’s进行多重比较;偏态分布资料则采用Kruskal-Wallis检验进行分析,Bonferroni法进行多重比较。统计患者临床资料并分析急性期恶性疟患者T细胞各亚群比例和CD8^(+)T细胞杀伤能力与临床指标的相关性,正态分布资料采用Pearson相关性分析,非正态分布资料采用Spearman相关性分析。结果与健康对照组相比,急性期恶性疟患者CD4^(+)T和CD8^(+)T细胞中PD-1^(+)和PD-1^(+)TIGIT^(+)细胞比例均显著增高(CD4:t=4.85、P<0.001,t=4.77、P=0.0002;CD8:t=3.90、P=0.001、t=3.29、P=0.0021);CD4^(+)T细胞TIGIT+亚群增加(t=4.12、P=0.0002)。CD4^(+)T细胞和CD8^(+)T细胞PD-1^(+)TIGIT^(-)和PD-1^(+)TIGIT^(+)细胞亚群Annexin V+表达比例均显著高于PD-1^(+)TIGIT^(-)细胞亚群(F=4.67、P=0.0125,F=3.19、P=0.0460),但CD4^(+)T细胞PD-1^(+)TIGIT^(-)和PD-1^(+)TIGIT^(+)细胞亚群Ki67+和IFN-γ^(+)表达比例均显著高于PD-1^(+)TIGIT^(-)细胞亚群(H=17.80、P=0.0005,F=11.22、P=0.0002),CD8^(+)T细胞PD-1^(+)TIGIT^(-)和PD-1^(+)TIGIT^(+)细胞亚群IFN-γ^(+)、IL-2^(+)和Granzyme B+表达比例均显著高于PD-1^(+)TIGIT^(-)细胞亚群(F=7.95、P=0.047,H=8.29、P=0.0404,F=12.18、P<0.001)。急性期恶性疟患者CD4^(+)和CD8^(+)T细胞各亚群比例与患者临床参数相关性分析发现CD4^(+)T细胞PD-1^(+)TIGIT^(+)表达比
- 黄雅倩王蓓蓓宋蕊徐晓雪赵雪王芯栎陈晨
- 关键词：恶性疟急性期T淋巴细胞
- 一种表达荧光素酶的产酸克雷伯菌及其用途
- 本发明利用质粒构建和电转化技术，构建了含有荧光素酶基因簇（luciferase gene cassette,lux）的产酸克雷伯菌，经自发荧光鉴定及菌株的传代稳定性试验与培养特性的观察,最终获得了可稳定表达荧光素酶的产酸...
- 滑明溪陈晨曾辉李昂
- 文献传递
