潘玉卿
- 作品数：8 被引量：20H指数：3
- 供职机构：昆明医科大学更多>>
- 发文基金：云南省教育厅科学研究基金云南省应用基础研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 人早幼粒细胞cDNA文库中与GINS2发生相互作用靶蛋白的筛选和鉴定
- 2021年
- 目的:采用酵母双杂交系统筛选与人GINS2编码蛋白发生相互作用的靶蛋白,阐明其在急性早幼粒细胞白血病(APL)中的致病信号及相关机制。方法:采用热激法将诱饵质粒pGBKT7-GINS2与人早幼粒细胞cDNA文库质粒共同转化至酵母AH109感受态细胞中,筛选与GINS2编码蛋白相互作用的文库蛋白。利用多重报告基因检测和DNA测序对编码互作蛋白的阳性克隆进行生物信息学分析。结果:成功从文库中筛选到15个初始阳性克隆,其中10个能激活腺苷酸琥珀酸合成酶2(ADE2)和组氨醇氨基盐转移酶3(HIS3)报告基因,13个能激活β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因。对10个能在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade培养基中生长的阳性克隆行DNA测序和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析后,除8和9号测序失败,其余8个阳性克隆分属8种不同的蛋白编码基因,分别是RNA结合基序蛋白39(RBM39)、泛素样修饰因子激活酶1(UBA1)、金属硫蛋白2(MT2A)、线粒体钙离子摄入蛋白1(MICU1)、N-乙基马来酰亚胺敏感性融合蛋白辅因子(NSFL1C)、脂肪酰基辅酶a还原酶1(FAR1)、双特异性磷酸酶1(DUSP1)和细胞表面抗原14(CD14)。结论:成功筛选到与GINS2发生相互作用的8个功能蛋白,推测目的蛋白可能在细胞损伤、转录调控和增殖代谢等方面发挥重要作用。
- 张曦潘玉卿余鑫郑亚婷郭成斌徐娜王良晓何亮杨丽
- 关键词：白血病酵母双杂交
- Logistic回归模型鉴别缺铁性贫血和地中海贫血的研究
- 2023年
- 目的:建立Logistic回归模型,用于鉴别缺铁性贫血和地中海贫血,并评价和验证模型的有效性。方法:收集2021~2022年昆明医科大学第一附属医院确诊缺铁性贫血和地中海贫血各121例患者资料,随机每组抽取100个病例样本数据为实验组,剩余21个样本数据为验证组。经单因素分析,确定具有统计学差异的变量,并将其纳入多因素分析,可得性别、Hb、MCHC和RDW⁃SD 4个变量为独立影响因素,并用这4个变量建立Logistic回归模型,以受试者操作特征(ROC)曲线下面积、灵敏度、特异度三个指标评估模型鉴别诊断效果。结果:单因素变量分析显示,RBC、Hb、HCT、MCV、MCH和MCHC值,缺铁性贫血组均低于地中海贫血组,RDW⁃SD值缺铁性贫血组高于地中海贫血组,组间差异具有统计学意义(P<0.05)。将性别、Hb、MCH、MCHC和RDW⁃SD带入二元Logistic回归分析,结果显示,RDW⁃SD值越高患缺铁性贫血的风险越高,Hb和MCHC下降越明显患缺铁性贫血的风险越高(P<0.05)。Logistic回归模型为:Logit(P)=-19.288-1.685X1+0.035X2+0.066X3-0.076X4。实验组的Logistic模型ROC曲线下面积为0.947,灵敏度为90%,特异度为91%;验证组的灵敏度和特异度分别为100%和72.4%。结论:基于Logistic回归的数学模型在缺铁性贫血和地中海贫血的鉴别诊断中有一定临床应用价值。
- 李轶勋郭翀郭翀程沈菊潘玉卿
- 关键词：缺铁性贫血地中海贫血LOGISTIC回归模型
- 抗因子Ⅹa活性及APTT测定在深静脉血栓低分子肝素治疗患者中的应用评估被引量：13
- 2017年
- 目的通过测定深静脉血栓(DVT)患者活化部分凝血活酶时间(APTT)和抗因子Ⅹa活性,分析两天指标在检测低分子肝素(LMWH)治疗深静脉血栓患者效果中的意义。方法选择规律使用LMWH的深静脉血栓患者56例,分别检测患者用药前后的APTT和抗因子Ⅹa活性,同时对二者进行应用分析。结果APTT在LMWH使用前为(41.1±8.1)s,使用后为(45.5±7.3)s;抗因子Ⅹa在LMWH使用前为(0.03±0.02)IU/mL,使用后为(0.52±0.07)IU/mL;APTT与抗因子Ⅹa使用后都较使用前升高,且差异有统计学意义(t=-12.199、46.494,P<0.05)。APTT监测与抗因子Ⅹa监测的结果相比较,落在目标剂量范围内(APTT为1.5~2.5倍参考值上限,为64.5~107.5s;抗因子Ⅹa为0.5~1.0IU/mL)的患者,以抗因子Ⅹa法所测得结果比例更高。结论 DVT患者使用LMWH抗凝时,通过检测抗因子Ⅹa活性调整用药剂量比APTT检测更有利于临床对患者使用LMWH效果的监测。临床上经验性使用LMWH后抗因子Ⅹa活性基本在安全范围内,提示临床的经验性用药具有较好的安全性。
- 潘玉卿陈正辉冯曜宇郭翀
- 关键词：低分子肝素深静脉血栓活化部分凝血活酶时间
- 人早幼粒细胞cDNA文库的构建及其鉴定被引量：1
- 2019年
- 目的:构建人早幼粒细胞HL60的cDNA文库,阐明文库内相关基因在急性早幼粒细胞白血病(APL)发生发展中的相关机制。方法:采用Trizol法提取HL60细胞总RNA,离心柱法分离纯化样本中的mRNA,逆转录PCR法合成cDNA第一链,酶促法直接合成cDNA第二链,胶回收目的长度的cDNA片段后将其与pPR3-N载体连接,通过同源重组方法在酵母Y187菌株中构建人早幼粒细胞cDNA文库。将培养的菌液涂布于LB平板进行库容量鉴定,PCR法鉴定插入片段大小及分布。结果:提取到的HL60细胞RNA条带清晰无降解且弥散度低,以纯化后的细胞mRNA为模板成功合成cDNA,经胶回收cDNA片段后顺利将其与pPR3-N载体连接。将重组载体转化至酵母菌株Y187,通过同源重组方法在菌株中成功构建人早幼粒细胞cDNA文库。在原始电转化菌稀释100倍后取10μL涂板,共长约250个克隆子,库容量为2.5×10^6CFU·mL^-1,转化后原始菌液共计5mL,总库容量为1.25×10^7CFU。文库的插入片段电泳检测,平均插入片段大于1200bp,阳性率为100%。结论:成功构建人早幼粒细胞的cDNA文库,为白血病的发病机制及治疗机制的研究奠定了基础。
- 张曦潘玉卿李静芳杨伟高艳章魏颖石琼夏全松杨丽
- 关键词：白血病酵母双杂交CDNA文库
- 基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析
- 2020年
- 目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,通过生物技术信息基因云(GCBI)在线数据库分析前5位的核心基因。结果:本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调。GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点。KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子(Jak-STAT)信号通路中富集。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2(FPR2)、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1(PIK3R1)、E1A结合蛋白p300(EP300)、热休克蛋白90α家族(HSP90AA1)和NRAS原癌基因(NRAS)等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展。iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子。结论:筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点。
- 张曦翟丽孙运艳杨伟高艳章雷鸣潘玉卿
- 关键词：生物信息学急性髓系白血病差异基因基因芯片
- 人GINS2基因酵母双杂交诱饵质粒的构建及自激活检测被引量：1
- 2020年
- 目的构建人GINS2基因酵母双杂交诱饵质粒,并进行自激活检测。方法根据GenBank中登录的GINS2基因编码区序列(NM016095)设计引物,以pCDNA3.1-GINS2质粒为模板进行PCR扩增,将PCR产物克隆至诱饵载体pGBKT7上,构建诱饵质粒pGBKT7-GINS2。将鉴定正确的诱饵质粒及对照质粒共同转化至酵母细胞AH109中培养,Western blot法检测诱饵蛋白GINS2的表达,随机挑取6个菌落,进行His3、Ade2及LacZ报告基因的自激活效应检测。结果经双酶切及测序鉴定证明诱饵质粒pGBKT7-GINS2构建正确。诱饵蛋白GINS2相对分子质量为21000,可在AH109酵母细胞中稳定表达。诱饵质粒转化的酵母细胞在SD/-Trp/-Leu缺陷平板生长,在SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade缺陷平板上不生长,表明报告基因His、Ade2未被激活,报告基因LacZ检测结果与阴性对照相同,表明诱饵蛋白GINS2不存在自激活。结论成功构建了人GINS2基因酵母双杂交诱饵质粒,其表达蛋白对酵母AH109细胞无毒性,也无自激活现象,可用于后续蛋白筛选试验。
- 张曦杨丽李静芳高艳章石琼潘玉卿
- 关键词：酵母双杂交系统
- 基于高通量芯片对急性髓系白血病竞争内源性RNA网络的构建和分析被引量：3
- 2021年
- 目的:构建急性髓系白血病(AML)相关的竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探讨AML发生发展的分子机制。方法:采用NCBI的基因表达数据库(GEO)下载AML的表达矩阵(GSE96535),通过R语言的edgeR函数对差异表达的mRNA和长链非编码RNA(lncRNA)进行筛选。采用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测差异表达的lncRNA与miRNA以及差异表达的mRNA与miRNA之间的调控关系。采用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA的ceRNA调控网络,采用基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)对差异基因进行富集分析,采用CytoHubba插件筛选核心基因,即Hub基因。采用GEPIA数据库比较AML患者和正常对照者中前10个Hub基因的表达,绘制Hub基因的生存曲线。结果:与正常对照者比较,AML患者中有1105个mRNA和387个lncRNA存在差异表达。构建的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络由45个lncRNAs、31个miRNA和89个mRNA组成。GO分析,差异基因所调节的功能主要有膜微结构域调节、谷氨酸受体结合和上皮细胞增殖调节等。KEGG分析,19条通路被富集,其中包括转录调控、蛋白聚糖调控和Ras信号通路等。通过CytoHubba共筛选出GATA结合蛋白3(GATA3)、WT1转录因子(WT1)和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)等前10个连接度最高的Hub基因。采用GEPIA数据库验证GATA3、WT1、PPARG、MYB原癌基因(MYB)、性别决定相关的高迁移率基因群4(SOX4)和E2F7存在差异表达。E2F7低表达组患者生存率高于E2F7高表达组(P=0.028)。结论:筛选出的lncRNA、miRNA和mRNA所构成的ceRNA网络可能促进了AML的发生发展。
- 潘玉卿孙运艳李轶勋王丽英斯南卓玛陈睿张曦杜艳
- 关键词：生物信息学急性髓系白血病基因芯片
- 术前PLR、NLR与喉鳞状细胞癌预后的相关性分析被引量：3
- 2020年
- 目的观察喉鳞状细胞癌患者术前中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、血小板与淋巴细胞比值(PLR)对其预后的影响及相关性分析。方法回顾性分析2008年12月至2015年10月云南省肿瘤医院头颈外科收治的经手术治疗的151例喉鳞状细胞癌患者的临床资料。收集患者术前最近一次全血细胞计数的参数并计算NLR、PLR值及其最佳临界值。将上述相关参数引入Cox比例回归模型,分析影响喉鳞状细胞癌预后的危险因素及与总生存时间的关系,并分析喉鳞状细胞癌患者中NLR、PLR与白细胞介素6(IL-6)的相关性。结果对于喉鳞状细胞癌患者术后生存,单因素及多因素的Cox回归分析显示,白细胞计数、血小板计数、中性粒细胞计数可作为其危险因素(HR=1.13,95%CI:1.04~1.24;HR=1.003,95%CI:1.000~1.007;HR=1.24,95%CI:1.14~1.35;均P<0.05),淋巴细胞可作为其保护性因素(HR=0.51,95%CI:0.36~0.73,P<0.001)。NLR及PLR高低是喉鳞状细胞癌预后的独立影响因子[HR=3.01,95%CI:1.69~5.36;HR=1.98,95%CI:1.07~3.65;均P<0.05]。IL-6水平与高NLR、PLR的相关系数分别为0.67、0.34。结论术前NLR、PLR可作为影响喉鳞状细胞癌患者术后生存的独立因素,对喉鳞状细胞癌的预后评估具有重要意义。
- 张曦赵留芳李静芳魏颖杨伟夏全松潘玉卿
- 关键词：喉鳞状细胞癌中性粒细胞淋巴细胞
