周姗
- 作品数：7 被引量：13H指数：3
- 供职机构：东北林业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金黑龙江省博士后基金更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生生物学更多>>
- 水曲柳FmMYB转录因子生物信息学及表达模式分析被引量：1
- 2020年
- MYB蛋白广泛存在于植物中,参与植物生长发育等多种代谢途径。前期研究获得2个FmMYB转录因子cDNA全长序列(FmMYB2和FmMYB20),已上传至NCBI并获得登录号(KT261341和KT261342)。为揭示FmMYB转录因子功能,对这两个MYB转录因子的结构特征、生化特性进行分析,利用实时荧光定量PCR,对FmMYB2和FmMYB20的时空表达模式以及施加应力后的转录水平进行分析。结果表明:FmMYB转录因子的时空表达模式有所差异,FmMYB2基因在7月相对表达量最高,约为最低值5月的60倍;然而在8月,FmMYB20基因的相对表达量最高,约为最低值5月的5倍;同时在叶、木质部、皮3个部位中,FmMYB2和FmMYB20基因在木质部中表达量最高。FmMYB2与FmMYB20基因均对应拉处理有响应,FmMYB20与木质素合成相关基因4CL表达模式相似。研究结果初步说明FmMYB2和FmMYB20可能参与木质素的合成。
- 马铭浩张晗肖英刘华领周姗詹亚光曾凡锁
- 关键词：水曲柳MYB应拉木生物信息学分析
- 白桦BpNOS基因的生物信息及表达模式分析被引量：4
- 2015年
- 目的克隆白桦Betula platyphylla一氧化氮合酶(nitric oxide synthase,NOS),探讨其生物信息及表达模式,并考察非生物胁迫对其NOS基因表达的影响。方法通过RACE技术克隆了白桦NOS基因,命名为Bp NOS。初步对该基因进行了生物信息学分析、分子进化分析、非生物胁迫处理以及信号诱导。结果该基因全长1 806 bp,含有完整的开放读码框,编码601个氨基酸(Genebank登录号:KJ197336)。Bp NOS基因为不稳定疏水性蛋白,可能存在信号肽,具有跨膜能力,α-螺旋、延伸链、无规则卷曲分布于整个蛋白。分子进化分析结果表明,Bp NOS基因与葡萄等物种的遗传距离较近,说明有着较近的亲缘关系;与大豆、苜蓿的遗传距离较远,说明其亲缘关系较远。Bp NOS基因的表达具有节律性,在15:00时达到最大值,为0:00时的12倍。盐、低温、重金属镉胁迫均能抑制Bp NOS基因的表达,但响应模式不同;水杨酸(SA)和外源一氧化氮可以促进Bp NOS基因的表达。结论非生物胁迫能够在一定时间范围内抑制NOS活性,SA和外源一氧化氮可以通过NOS途径调控内源一氧化氮的合成,为进一步研究白桦一氧化氮的代谢调控奠定了基础。
- 周姗孙丰坤姜涛詹亚光曾凡锁
- 关键词：白桦一氧化氮合成酶非生物胁迫
- 白桦BpLHY、BpTOC1与BpGI节律基因生物信息学及表达分析
- 2016年
- [目的]探究白桦生物钟基因运行机制及在生长发育、胁迫应答中的作用。[方法]运用生物信息学方法对白桦BpLHY、BpTOC1、BpGI节律基因进行分析,预测其编码蛋白的结构功能。利用RT-PCR方法检测白桦BpLHY、BpTOC1、BpGI基因昼夜表达模式,在非生物胁迫重金属Cd、低温(4℃)、与盐(Na Cl)及信号诱导SA(水杨酸)、SNP(硝普钠)下的表达情况。[结果]白桦BpLHY、BpTOC1、BpGI节律基因编码的均为疏水性非分泌型,具有跨膜能力的mixed蛋白。白桦BpTOC1、BpLHY基因表达量均呈现白天低夜晚高的昼夜变化模式,而BpGI表达量则表现出白天高夜晚低的模式。在重金属Cd、低温(4℃)、与盐(Na Cl)非生物胁迫下,BpLHY、BpTOC1与BpGI均上调表达。SA、SNP诱导白桦BpLHY与BpTOC1表达下调,而诱导BpGI表达上调。[结论]白桦BpLHY、BpTOC1、BpGI节律基因昼夜表达模式及非生物胁迫、信号诱导下的表达特征为进一步研究白桦生物钟基因作用机制及其在植物生长发育和胁迫应答中的作用奠定了基础。
- 孙丰坤周姗李蕾蕾詹亚光曾凡锁
- 关键词：白桦节律基因生物信息学非生物胁迫
- 白桦BpHMGR基因的结构及表达模式分析
- 2016年
- 目的研究白桦Betula platyphylla 3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(3-hydroxy-3-methyl-glutaryl-Co A reductase,Bp HMGR)全长基因结构特征及编码蛋白性质,揭示其节律表达模式以及对外源NO信号分子的响应机制。方法通过RACE技术克隆白桦Bp HMGR基因,应用生物信息学软件对Bp HMGR及其编码蛋白进行详细分析,利用实时荧光定量PCR定量分析Bp HMGR基因在昼夜节律变化中的表达模式。根据Bp HMGR氨基酸序列构建系统进化树,分析昼夜节律以及外源NO对白桦叶片中Bp HMGR转录水平的影响。结果 Bp HMGR基因全长1 764 bp,包含完整开放阅读框,已上传至NCBI,并获得登录号KJ452334,其编码蛋白由587 aa组成。白桦Bp HMGR基因与大豆(XP_003519474.1)、葡萄(XP_002275827.1)、苜蓿(XP_003617066.1)亲缘关系较近。结论 Bp HMGR随昼夜周期变化呈现出节律表达特性,在夜晚21:00时达到峰值。初步揭示了外源NO能诱导白桦细胞内三萜代谢途径的关键酶Bp HMGR基因上调表达,进而促进三萜产物齐墩果酸的合成。
- 李思达梁楠松周姗詹亚光曾凡锁
- 关键词：白桦生物节律一氧化氮生物信息学分析
- 水曲柳FmGT8家族基因生物信息及表达模式分析
- 2016年
- 为研究水曲柳糖基转移酶8家族(glycosyltransferases,FmGT8)基因结构特征及编码蛋白性质,揭示其时空表达模式以及对应拉处理的响应机制,在获得4个水曲柳FmGT8基因的基础上,应用生物信息学软件对Fm GT8及其编码蛋白进行详细的分析;选择5—9月的水曲柳叶子、木质部以及外皮样本,利用实时荧光定量PCR分析FmGT8基因的表达模式;对水曲柳分别进行1、3、7 d的应拉处理,分析Fm GT8基因转录表达对应拉处理的响应模式。结果显示:获得了3个FmGT8全长基因(FmGT8-1,FmGT8-2,FmGT8-3)和1个Fm GT8基因片段(Fm GT8-4),已上传至NCBI并获得登录号分别为KP307672、KP307673、KP307674、KP307675。FmGT8-1、FmGT8-2、FmGT8-3在木质部中表达量最高,Fm GT8-4在外皮中的表达量最高;FmGT8-1、FmGT8-2、FmGT8-3均在6月的相对表达量达到最高,Fm GT8-4在9月表达量最高。4个基因在应拉处理材料中的表达模式各不相同,但均对应拉处理有响应。FmGT8-1、FmGT8-2、FmGT8-4在应拉受力面的表达量最高,FmGT8-3在应压受力面表达量最高,说明FmGT8具有时空特异性。研究结果表明FmGT8家族基因可能参与了细胞壁与木质素的合成。
- 周姗詹亚光董恒刘婧婧曾凡锁
- 关键词：水曲柳应拉木生物信息学
- 小黑杨bHLH转录因子基因和启动子的克隆与分析被引量：11
- 2013年
- 为了研究木本植物中同源bHLH(basic helix-loop-helix)转录因子的功能,以小黑杨为研究对象,参照毛果杨序列设计引物进行PCR。获得了2条bHLH转录因子基因以及其上游部分启动子序列,将获得的基因命名为PxbHLH01和PxbHLH02,并对这2个基因进行了详细的生物信息学分析。多序列比对结果表明,与拟南芥编码bHLH转录因子UPBEAT1有较高同源性。系统进化树表明与毛果杨和拟南芥等同源基因亲缘关系较近。启动子顺式调控元件分析结果表明,其启动子区包含有氧应答及其它胁迫相关元件,其功能可能与植物活性氧代谢以及胁迫耐受相关。
- 梁楠松周姗李蕾蕾詹亚光曾凡锁李博
- 关键词：BHLH转录因子生物信息学分析小黑杨
- 白桦BpHO基因非生物胁迫及信号诱导的表达模式分析被引量：3
- 2015年
- 血红素加氧酶(heme oxygenase,HO)是一种普遍存在的敏感的和高活性的血红素分解代谢过程中的限速酶。本文揭示了白桦Bp HO在非生物胁迫及信号诱导调控的表达特征,为该基因在白桦中代谢调控功能的研究奠定基础。通过前期研究获得了白桦HO基因,命名为Bp HO,应用生物信息学软件分析了白桦Bp HO基因的分子结构特征,利用重金属镉(Cd)、盐(Na Cl)以及4℃低温进行非生物胁迫处理,利用硝普钠(SNP)和水杨酸(SA)进行信号诱导,分析Bp HO的表达特征。生物信息学分析表明该基因全长855 bp,含有完整的开放读码框,编码284个氨基酸(Genebank登录号:KJ197335)。Bp HO为不稳定类疏水性蛋白,不存在信号肽,也不具有跨膜能力,α-螺旋、延伸链、无规则卷曲分布于整个蛋白。分子进化分析结果表明,白桦Bp HO基因与葡萄的遗传距离较近,说明二者亲缘关系较近;与大豆、菜豆、豌豆的遗传距离较远,说明其亲缘关系较远。非生物胁迫结果表明,Bp HO基因的表达水平随非生物胁迫处理时间的不同而上下波动,但在处理6 h后Bp HO基因对4种非生物胁迫处理都上调表达,说明Bp HO基因对非生物胁迫具有响应。信号诱导结果表明,外源NO调节了Bp HO基因的转录表达,调控血红素加氧酶的合成。SA也参与了Bp HO基因的信号调控。盐、低温、重金属镉胁迫均能促进Bp HO的表达,但响应模式不同。
- 周姗李思达董恒詹亚光曾凡锁
- 关键词：白桦生物信息学分析非生物胁迫
