山东理工大学生命科学学院山东省生物信息工程技术研究中心
- 作品数：10 被引量：43H指数：4
- 相关作者：任伟吕巍更多>>
- 相关机构：华中农业大学生命科学技术学院农业微生物学国家重点实验室华中农业大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：博士科研启动基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生化学工程生物学更多>>
- 生物小分子与蛋白质相互作用的信息挖掘
- 生命体内许多重要的生物过程依靠生物小分子和蛋白质等大分子的相互作用,同时该相互作用又是药物发挥药效和药物设计研究的基础。通过综合运用计算生物学、生物信息学、计算机辅助药物设计和量子化学计算等理论方法并结和生物物理学等实验...
- 纪洪芳
- 关键词：生物小分子蛋白质发病机理
- 生物信息学和化学信息学网络研究平台的构建被引量：4
- 2007年
- 生物信息学和化学信息学均需要利用计算机和网络作为其研究平台,从网络中获取数据,利用远程计算机完成计算分析任务;同时,生物信息学和化学信息学软件分布在Unix、Linux和Windows等不同的操作系统平台上。因此,对从事生物信息与化学信息学研究的工作者来说,拥有一个通用的跨系统的网络研究平台将会如虎添翼。本论文研究立足于山东省生物信息工程技术研究中心现有的网络硬件设备,通过网络架构的构建和软件设置建立了一个开放、方便、实用的网络研究平台。利用该平台,用户可以在指定网域内任意一台计算机上获取研究数据,提交计算、研究任务,也可以借助任意一台Windows或Linux PC工作站图形远程登录中心的UNIX／Linux／Windows服务器进行工作,实现校内的数据、计算、图形等资源的共享,节省了网络和计算资源,方便了研究工作的开展。
- 孔德信张红雨
- 关键词：生物信息学化学信息学
- 生物小分子与蛋白质相互作用的信息挖掘
- 生命体内许多重要的生物过程依靠生物小分子和蛋白质等大分子的相互作用,同时该相互作用又是药物发挥药效和药物设计研究的基础。通过综合运用计算生物学、生物信息学、计算机辅助药物设计和量子化学计算等理论方法并结和生物物理学等实验...
- 纪洪芳
- 关键词：生物小分子蛋白质发病机理
- 计算机存储化学结构的格式及其相互转化被引量：4
- 2007年
- 在计算机中存储化学结构是化学信息学首先要解决的问题,由于历史的原因,现在化学结构存储的文件格式多不胜数,给相关研究工作带来了诸多不便。本文首先综述分子结构在计算机中常见的编码方式,介绍化学结构存储的常用文件格式,讨论分子模拟工作中文件格式的选择。然后,总结常用分子模拟软件对这些分子结构文件格式的支持,介绍几种化学结构文件格式转化软件(babel,convert,consystant,vega等),并讨论不同文件类型之间的转换方法。最后,指出应从速制定化学结构文件格式的标准,因为它是化学软件标准的重要内容之一。
- 孔德信
- 关键词：化学信息学分子模拟BABEL
- 基于配体和受体的药物设计方法的对应性被引量：2
- 2009年
- 基于配体和基于受体的药物设计,通常在方法设计上存在共同的理论基础。本文通过对基于格点能量计算、特征、类似物、知识以及分子对接等方面的方法进行总结,探讨了基于配体和受体在药物设计中的对应关系,并对今后药物设计的发展提出建议。
- 任伟孔德信
- 化合物成药性的预测方法被引量：3
- 2012年
- 为了降低药物开发后期的失败率,指导侯筛化合物库的设计,药物化学家提出了许多基于化学信息学或计算化学的"成药性"理论指标,这些预测方法日益成熟,取得了广泛应用。本文综述了现有的化合物成药性预测方法的研究进展,包括类药性、类先导性、类天然产物、类代谢物以及生物相关性等,对比了各种成药性预测方法的特征,分析了各种预测方法的优点及其在组合化合物库的设计和优化中的作用,指出了这些方法的不足和局限性。最后,对化合物的成药性预测的应用前景和发展趋势进行了展望。
- 李晓孔德信
- 关键词：类药性
- 丙型肝炎病毒的非结构蛋白3抑制剂被引量：2
- 2007年
- 丙型肝炎严重威胁人类健康,非结构蛋白3(NS3)在丙型肝炎病毒(HCV)多聚蛋白水解过程中起重要作用,被公认为治疗丙型肝炎的有效药物靶标。该文介绍目前国内外有关NS3蛋白酶抑制剂(包括寡肽类抑制剂和非肽小分子抑制剂)的研究进展。
- 吕巍孔德信
- 关键词：抑制剂
- 分子相似性与MOLPRINT2D的本地化被引量：6
- 2008年
- 分子相似性是分子多样性、分子聚类分析的基础,在药物、材料设计等领域应用广泛。分子相似性有相似度和分子间距两种方式表示,它的计算以分子描述符的计算为前提,依据所采用的描述符是定量还是定性表示,其算法有所不同。本文首先简述了分子相似性的概念、计算方法及其分类,然后,将一款免费的分子相似性计算软件MOLPRINT 2D本地化。
- 吴萍孔德信
- 关键词：分子设计描述符
- 定量构效关系研究中分子描述符的相关性被引量：21
- 2009年
- 分子描述符的计算是定量构效关系(QSAR)研究的基础,也是化学计量学研究的重要内容,在药物化学、环境科学等领域应用广泛。目前可计算的各种分子描述符已超过4 000种,如何选择合适的分子描述符,成为QSAR研究中首先要做的事。本文首先综述了分子描述符的研究进展,然后随机选择10 000余个化合物,利用Cerius2、Sybyl、Dragon软件计算1 600多种分子描述符,最后,采用相关分析和聚类分析研究各描述符之间的关系,相关分析表明,各类分子描述符之间存在较强的线性关系,这种关系通过聚类分析可以直观体现。
- 任伟孔德信
- 关键词：定量构效关系聚类分析
- 4种常用化学作图软件功能之比较被引量：1
- 2008年
- 随着计算机技术的发展和普及,化学化工工作者应用化学专业软件也越来越普遍。ChemDraw、ChemSkech、ChemWin、I- SIS/Draw是目前最常用的4种化学作图软件。本文从化学作图、辅助化学专业分析、性质预测以及软件运行环境等方面,详细比较以上4种软件,为合理选用这些软件提供引导作用。
- 吕巍孔德信
- 关键词：计算机辅助化学教学
