刘佩红
- 作品数：5 被引量：1H指数：1
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- 上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒F基因遗传进化及生物信息学分析
- 2024年
- 【目的】了解上海地区鸽Ⅰ型副黏病毒(PPMV-1)流行毒株F基因遗传变异情况,分析F蛋白生物信息学特征,为PPMV-1的防控提供技术支持。【方法】应用RT-PCR方法扩增分离株F基因,测序并进行遗传进化分析,并通过生物信息学在线软件对F蛋白结构功能进行预测分析。【结果】分离株F基因编码区全长为1662 bp,编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株序列结构特征。系统进化树分析结果显示,分离株属于新城疫病毒(NDV)ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,与疫苗株La Sota和Mukteswar处于不同进化分支,与国内分离株Pi/SH/CH/0617/2013和pigeon/Ningxia/2068/2016同属Ⅵ.2.1.1.2.2分支。生物信息学分析结果表明,F蛋白为亲水性蛋白,分子质量约为59.03 ku,理论等电点(PI)为7.87,半衰期为30 h,不稳定系数为35.06,脂肪系数为109.73。F蛋白主要分布在细胞质膜和内质网中,具有跨膜结构和信号肽,包含6个潜在的N-糖基化位点、13个半胱氨酸残基、103个O-糖基化位点,以及67个磷酸化位点。二级结构中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链、β-转角分别占46.11%、31.46%、18.08%及4.34%,三级结构预测结果与二级结构相一致。B细胞抗原位点预测结果显示,F蛋白含有11个抗原表位(氨基酸数目≥7)。【结论】本研究分离获得的PPMV-1分离株属于NDV ClassⅡ群Ⅵ.2.1.1.2.2亚型,其F蛋白具有较好的抗原表位,可作为PPMV-1疫苗研制和抗病毒治疗的靶蛋白。研究结果为有效防控PPMV-1感染提供了一定的参考依据,同时也为进一步研发新型疫苗奠定了基础。
- 刘健周锦萍沈莉萍桂亚萍葛菲菲王晓旭杨显超刘佩红王建
- 关键词：F基因遗传进化生物信息学
- 肉鸽肠道微生物菌群差异分析和抗生素耐药基因预测
- 2023年
- 本研究旨在利用宏基因组学深入分析上海某鸽场青年鸽(RP)和产鸽(LP)粪便样品的微生物菌群差异。结果显示,肉鸽肠道菌群的优势菌门为厚壁菌(Firmicutes)、变形菌(Proteobacteria)和放线菌(Actinobacteria)。RP组中双歧杆菌(Bifidobacterium)、棒状杆菌(Corynebacteriun)、嗜冷杆菌(Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)含量显著高于LP组,而LP组金黄色葡萄球菌属(Staphyloccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、库特氏菌属(Kurthia)和埃希氏菌属(Escherichia)含量显著高于RP组。LEfSe分析显示,LP和RP组的差异表达基因主要富集于5个KEGG通路。抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)鉴定显示,肉鸽体内存在198种ARGs,其中多重耐药类ARGs流行率40%以上,说明该场肉鸽抗生素耐药情况较严重。本研究为后续深入研究肠道菌群与健康养殖、抗生素耐药机制等提供了科学数据。
- 陶洁李本强李本强石迎程靖华刘惠莉
- 关键词：肉鸽宏基因组学肠道菌群
- 猪流行性腹泻、猪传染性胃肠炎和轮状病毒三联疫苗的中试示范
- 邹勇钱永清何锡忠刘佩红蒋凤英李春华周宗清赵本进孙泉云周锦萍王英苏万国张克春陈晓清
- 该项目通过三年的研究和推广，按照农业部442号文件要求完成了细胞和病毒种子库及标准的建立，定型生产工艺及质检标准和临床应用，完成预期考核指标，主要内容如下：1、建立了三种生产用细胞的标准：分别确定猪传染性胃肠炎病毒、猪流...
- 关键词：
- 关键词：三联灭活疫苗流行性腹泻
- 科技赋能 产业升级 共建全国农业科技现代化先行区被引量：1
- 2023年
- 科研院所与地方共建全国农业科技现代化先行县,是我国为探索科技支撑乡村全面振兴和农业农村现代化而产生的新机制新模式,是加快国家农业科技现代化最具决定性的一环。金山区人民政府与上海市农业科学院(简称“市农科院”)深入贯彻习近平总书记“农业现代化关键是农业科技现代化”“科技是第一生产力、人才是第一资源、创新是第一动力”等重要指示精神,高举“三个百里”发展旗帜,着力推进金山区都市现代农业绿色转型和高质量发展,共建产业科技化、人才专业化、生态绿色化的农业科技现代化先行区,探索县域农业科技现代化的有效路径。
- 杨娟刘佩红曹红亮赵志辉
- 关键词：都市现代农业先行区农业农村现代化
- 基于宏病毒组学技术挖掘猪腹泻粪便的病毒群落组成
- 2023年
- 为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序。结果显示,测序获得了1,676,726个RNAcontig和95,111个DNAcontig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%和3.10%。其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科。虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA(CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒。经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒。其中1株札幌病毒归属于GII/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近。16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGI亚型,其余12株归属于GGII亚型。23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类。本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主多样性,提示可能存在种间基因重组,病原潜在危害性需进一步挖掘和验证。研究数据将为临床猪腹泻病防控提供参考和借鉴。
- 陶洁李本强李本强石迎程靖华何桂霞徐伟杰刘佩红
- 关键词：仔猪腹泻病全基因组序列
