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决明子营养价值分析及蛋白提取工艺研究被引量：6: 2014年; 以大决明子为原材料,基于氨基酸比值系数法,对决明子的营养价值进行了分析;并以碱性缓冲液为提取剂,进行决明子蛋白提取工艺研究,探讨了缓冲液浓度及pH值、料液比、浸泡时间对蛋白提取率的影响,最后用正交试验确定大决明子蛋白的最佳提取工艺。结果表明决明子的营养价值高于大豆和紫花苜蓿,与南瓜接近略低于鸡蛋;提取工艺条件最佳为50 mmol/L、pH值=8.0的KH2PO4-NaOH缓冲液,料液比1 g:50 mL,浸泡提取时间12h。此条件下决明子蛋白的提取率为93.3%。; 冯潜刘祖碧宋涛焦林涛陈胜华周嘉裕廖海; 关键词：决明子营养价值蛋白提取正交试验

川芎咖啡酸-3-O-甲基转移酶的同源建模与分子模拟对接被引量：4: 2015年; [目的]分析川芎咖啡酸-3-O甲基转移酶(Caffeic acid-3-Omethyltransferase,COMT)序列特征、蛋白结构和活性位点。[方法]以紫花苜蓿中COMT的晶体结构为模板,利用同源建模构建川芎(Ligusticum chuanxiong Hort)COMT的三维模型。[结果]经过动力学优化后,川芎COMT的三维模型与紫花苜蓿COMT的结构极为相似,主要由α-螺旋和β-折叠构成,其中α-螺旋占37.26%、β-折叠占10.41%、无规卷曲占52.33%。川芎COMT含有两个重要的结构域:咖啡酸结合域与S-腺苷甲硫氨酸结合域,主要通过氢键与范德华力结合,其中咖啡酸与川芎COMT分子中的Asp208和Gly210形成氢键,S-腺苷甲硫氨酸与川芎COMT分子中的Ser186、Thr213、Ala215、Thr216、Trp268及Asp272等残基形成氢键。[结论]该文得到川芎COMT的序列特征、蛋白结构和活性位点,为该类COMT的催化机理研究和分子工程改造奠定基础。; 宋涛冯斌李娟娟唐迪王万军廖海周嘉裕谭睿; 关键词：同源建模川芎

决明巴豆酰辅酶A羧化酶基因的克隆、序列分析以及组织差异表达: 2015年; 通过RACE克隆得到了决明MCCase的cDNA,利用生物信息学进行系统分析,并利用荧光定量PCR对决明MCCase进行了差异表达分析。结果表明:决明MCCase全长1 269bp,编码423个氨基酸的蛋白质,为偏酸性不稳定蛋白质,定位于线粒体或细胞质中。决明MCCase与拟南芥的MCCase同源性最高。MCCase上有一个保守的功能结构域,与乙酰CoA羧化酶显示出较高的相似性,并在该结构域内发现了4个高度保守的氨基酸基序,可能在催化过程中发挥关键作用。MCCase在不同组织中存在差异表达,在根与胚轴中显示出高表达,在其它组织中表达量低,这可能与光和糖类抑制MCCase的表达有关。; 刘祖碧李娟娟朱乾坤宋涛周嘉裕廖海; 关键词：决明基因克隆生物信息学基因表达

Kunitz蛋白酶抑制剂基因的密码子偏好性分析被引量：2: 2014年; 目的:分析豆科植物的Kunitz蛋白酶抑制剂(KTI)基因密码子偏好性,确定最适模式植物与外源表达系统。方法:运用Codon W等程序分析密码子偏好性,并用决明KTI基因验证分析结果的可信度。通过聚类分析,确定研究KTI基因功能的最适模式植物,比较决明KTI基因与酵母和大肠杆菌的基因组密码子偏好性,选择最优外源表达系统。结果:KTI基因对以A或U结尾的密码子偏好性强。豆科与茄科植物聚为一簇,表明烟草是研究KTI基因功能的最适模式植物。决明KTI基因和大肠杆菌、酵母基因组对比,有较大密码子使用频率差异的各有28、24个,表明酵母是最优外源表达系统。结论:确定研究KTI基因功能的最佳模式植物是烟草,酵母是最优外源表达系统,对基因改良与育种具有指导意义。; 李娟娟黄宇刘祖碧朱乾坤宋涛周嘉裕廖海; 关键词：密码子偏好性聚类分析

棉铃虫类胰蛋白酶的生物信息学分析被引量：1: 2013年; 对棉铃虫(Helicoverpa armigera L.)肠道内7种类胰蛋白酶的氨基酸序列进行了生物信息学分析。结果表明,棉铃虫7种类胰蛋白酶理化性质相近,含有丰富的Ala、Cys、Gly与Thr,均为可溶性蛋白酶,不稳定性较高。类胰蛋白酶分子中不存在跨膜结构域,含有特定的磷酸化位点,主要分布在细胞外基质与内质网中。棉铃虫类胰蛋白酶属于胰蛋白酶超家族成员,具有较高的氨基酸序列同源性,分子中含有保守的必需氨基酸残基,参与维持蛋白酶的空间结构及行使催化功能。分子进化研究表明类胰蛋白酶Ⅲ与类胰蛋白酶Ⅵ进化关系较近,而类胰蛋白酶Ⅰ和类胰蛋白酶Ⅱ在进化关系上更为接近。无规卷曲结构是类胰蛋白酶二级结构中的主要结构元件。; 龙婷雷洁萍宋涛和丽然周嘉裕廖海; 关键词：ARMIGERA 类胰蛋白酶生物信息学

唐松草小檗碱桥酶的序列分析与结构建模研究: 2013年; 目的:分析唐松草小檗碱桥酶(TfBBE)序列特征、结构和活性位点。方法:从NCBI蛋白质数据库获取TfBBE蛋白序列,通过生物信息学软件进行序列分析;通过分子建模和对接研究TfBBE的结构和活性位点。结果:TfBBE序列全长535个氨基酸;是偏酸性、亲水性的稳定蛋白;N末端含有18个氨基酸的信号肽;有两个功能域,分别为FAD结合域和番荔枝碱结合域。三维结构包括27个α螺旋、19个β折叠,其余为无规则卷曲。TfBBE通过FAD结合域的14个氨基酸、番荔枝碱结合域的8个氨基酸分别与FAD、番荔枝碱直接作用,从而催化番荔枝碱环化形成金黄紫堇碱。结论:获得了TfBBE的序列特征、结构和活性位点,对研究酶的催化活性以及基因改造增加小檗碱产量具有重要意义。; 刘祖碧朱乾坤李娟娟宋涛周嘉裕王万军廖海; 关键词：唐松草生物信息学

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宋涛