白凤兰
- 作品数：19 被引量：22H指数：3
- 供职机构：大连交通大学理学院更多>>
- 发文基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目国家自然科学基金辽宁省教育厅计划项目更多>>
- 相关领域：生物学理学农业科学文化科学更多>>
- 基于傅里叶功率谱的H1N1病毒血凝素蛋白质序列的比较分析
- 2018年
- 基于经典的HP模型,将不同特征下的H1N1病毒血凝素蛋白质序列转换为数字序列并且用离散傅里叶变换求出相应序列的功率谱。根据这些功率谱建立数学矩函数,并将数字序列转换为多维的矩向量,得到蛋白质序列对应的特征向量。再利用特征向量之间的中间距离对蛋白质序列进行聚类比较分析,得到了较好的结果。这一方法将不同长度的蛋白质序列通过功率谱和力矩将其转化为相同维数的向量,使我们更加容易比较分析生物序列。
- 王华白凤兰刘立伟
- 关键词：蛋白质序列傅里叶变换功率谱聚类
- 一种基于Shepard方法的EMD算法研究被引量：1
- 2010年
- 采用Shepard方法生成包络线,得到了一种新的EMD算法.引入了Shepard方法及性质,从数学角度解释了选择该算法的原因,最后针对噪声信号给出了仿真结果,表明了该算法的有效性.
- 张继红李焱淼白凤兰
- 关键词：经验模态分解
- RNA二级结构的数学表示及其应用
- 2010年
- 根据RNA二级结构的基本序列在3-D空间中定义了使核苷酸集与点集之间一一对应的映射,进而利用这个映射在3-D空间中得到了RNA二级结构的新的3-D有向图形表示,然后基于3-D有向图形表示把RNA二级结构转化为特征向量序列和L/L矩阵,提取特征向量序列的夹角余弦和的平均值和L/L矩阵的不变量(特征值),并作为特征向量来刻画RNA二级结构,最后利用特征向量之间的距离来描述序列或结构的不变性来分析了AIMV-3等九种病毒的RNA二级结构的相似性,得到了比较好的结果.
- 白凤兰徐丽
- 关键词：RNA二级结构向量夹角特征值
- 基于序列特征组合与核非线性回归预测蛋白质折叠速率
- 2017年
- 选取可压缩性、LZ复杂度等特征值,将它们和20种氨基酸属性C_a,K^0,P_β,R_a,ΔASA,PI,H_t,M_μ,Esm进行组合,表征蛋白质序列.建立多元核非线性回归模型,用核非线性回归模型计算了83个蛋白质的折叠速率预测值.由Jack-knife检验方法得知在不同的结构中不同组合特征值与相应折叠速率有较好的相关性.实验结果表明:多元核非线性回归模型其预测精度及可行性高于线性回归模型,计算复杂度低和方便易操作等优点,具有良好的应用前景.
- 王雅男白凤兰刘立伟王华
- 关键词：蛋白质序列相关系数
- 全β类蛋白编码序列的LZ复杂度对蛋白质折叠速率的影响
- 2016年
- 蛋白质折叠速率预测问题是计算生物学和生物信息学中的核心问题之一.科研工作者相继提出了许多参数和方法来探索折叠速率的决定因素.但蛋白质编码序列复杂度信息对蛋白质折叠速率的影响未被提及.提取编码序列LZ复杂度信息,融合多特征信息,建立线性回归模型进行折叠速率预测.该方法能在不需要结构信息的情况下,直接从蛋白质的编码序列出发对全β类蛋白质进行折叠速率进行预测.在卡方检验方法的验证下,发现折叠速率的预测值与实验值有很好的相关性,相关系数能达到0.9712.这一精度明显优于其他基于序列的方法,充分说明序列LZ复杂度是一个有效特征信息,蛋白质编码序列LZ复杂度信息确实影响蛋白质折叠速率及其结构.
- 白凤兰王华王雅男单婷
- 关键词：蛋白质折叠相关系数
- 蛋白质序列的混合特征值对折叠速率的影响被引量：1
- 2014年
- 鉴于蛋白质折叠速率预测对研究其蛋白质功能的重要性,许多的科研工作者都开始对影响蛋白质折叠速率的因素进行研究。各种预测参数和方法被提出。利用蛋白质编码序列的不同特征参数,不同的二级结构及不同的折叠类的蛋白质对折叠速率的不同影响,我们选取蛋白质编码序列的新的特征值,即选取蛋白质序列的LZ复杂度,等电点等特征值。然后把这些特征值与20种氨基酸的属性αc、Cα、K0、Pβ、Ra、ΔASA、PI、ΔGhD、Nm、LZ、Mu、El融合,建立多元线性回归模型,并利用回归模型计算了13个全α类蛋白质、18个全β类蛋白质、13个混合类蛋白质和39个未分类蛋白质的ln(kf)与预测值之间的相关系数分别达到0.89、0.93、0.98、0.86。在Jack-knife方法的验证下发现在不同的结构中混合特征值与相应折叠速率有很好的相关性。结果表明,在蛋白质折叠过程中,蛋白质序列的LZ复杂度、等电点等特征值可能影响蛋白质的折叠速率及其结构。
- 李欣颖白凤兰
- 关键词：蛋白质序列特征值相关系数
- 用DTW算法构建细胞色素c的进化树被引量：1
- 2011年
- 构建生物的细胞色素c的进化树对蛋白质一级结构的种属差异的研究十分重要。本文通过一维映射,将蛋白质一级序列转化为时间序列,采用DTW算法来计算2个时间序列之间的DTW距离,用以量度序列之间的相似度,给出比较蛋白质序列相似性的度量新算法,用以分析不同物种的细胞色素c蛋白一级序列的相似性,构建序列进化树,得到较好的结果。本方法较其它方法简单快速,为研究生物序列进化关系提供新的手段。
- 白凤兰李英刘立伟
- 关键词：细胞色素C时间序列进化树
- 拓扑指数在生物序列相似性比较中的应用被引量：3
- 2006年
- 在生物序列的二维图形表示的基础上,利用Balaban指数和信息分布指数比较生物序列的相似性,我们以包括人类等9种不同物种的DNA序列和yar029w等6种蛋白质为例来说明该方法的使用．
- 白凤兰廖波王天明
- 关键词：DNA序列拓扑指数
- 模糊矩阵理论在蛋白质二级结构分类中的应用
- 2012年
- 提出一种基于蛋白质二级结构特征序列的三维结构相似性比较方法.以八字母结构字母表中字母组成的联体在整个特征序列中出现的频率为特征源,构造联体频率矩阵,利用离散数学中的模糊矩阵理论对其进行分析处理,最终可以求得一个模糊等价矩阵,并利用此矩阵对待比较的蛋白质进行分类.该方法并不是基于人们熟悉的一维氨基酸序列,而是基于蛋白质二级结构特征序列,该序列由一系列具有局部空间折叠形式的二级结构片段组成.
- 白凤兰高华龙李英
- 关键词：蛋白质二级结构模糊矩阵
- 基于扩展Burrows-Wheeler算法重构禽流感病毒的进化树
- 2014年
- 基于核苷酸的物理化学性质,利用扩展Burrows-Wheeler算法和Burrows-Wheeler相似性分布,对80种H5NI病毒的DNA序列的HA片段进行相似性比较,同时构建序列进化树,得到较好的结果.通过分析禽流感病毒之间的相似度关系,可为研究禽流感区域蔓延的特点提供一定的理论依据.
- 夏阳白凤兰刘立伟
- 关键词：禽流感病毒进化树
