刘立伟
- 作品数：13 被引量：13H指数：1
- 供职机构：大连交通大学理学院更多>>
- 发文基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目辽宁省教育厅科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生文化科学更多>>
- 一种新的RNA二级结构三维图形表示及其应用被引量：1
- 2017年
- 本研究提出了一种新的RNA二级结构的图形表示方法,这种方法不同于以往的表示方式。根据所提出的RNA二级结构的图形表示,将对9种病毒的RNA二级结构进行图形表示,构建系统进化树,进行序列间相似性的比较和分析。根据最终结果,可以很清晰地发现,AVII与LRMV两种病毒是最为相似的,另外,较大的距离值出现在了APMV与ALMV;PDV与AVII中,这说明这几种RNA二级结构明显不相似。这一研究结果与前人相似性分析的结果是十分相似的,同时,所采取的方法更加简单易于区分观察且得到的结果又是十分可靠的,因此,这些更加证明了该方法是有效的。
- 刘立伟刘铁晖
- 关键词：RNA二级结构系统进化树
- 用DTW算法构建细胞色素c的进化树被引量：1
- 2011年
- 构建生物的细胞色素c的进化树对蛋白质一级结构的种属差异的研究十分重要。本文通过一维映射,将蛋白质一级序列转化为时间序列,采用DTW算法来计算2个时间序列之间的DTW距离,用以量度序列之间的相似度,给出比较蛋白质序列相似性的度量新算法,用以分析不同物种的细胞色素c蛋白一级序列的相似性,构建序列进化树,得到较好的结果。本方法较其它方法简单快速,为研究生物序列进化关系提供新的手段。
- 白凤兰李英刘立伟
- 关键词：细胞色素C时间序列进化树
- 基于扩展Burrows-Wheeler算法重构禽流感病毒的进化树
- 2014年
- 基于核苷酸的物理化学性质,利用扩展Burrows-Wheeler算法和Burrows-Wheeler相似性分布,对80种H5NI病毒的DNA序列的HA片段进行相似性比较,同时构建序列进化树,得到较好的结果.通过分析禽流感病毒之间的相似度关系,可为研究禽流感区域蔓延的特点提供一定的理论依据.
- 夏阳白凤兰刘立伟
- 关键词：禽流感病毒进化树
- 基于加权相对熵的二阶马尔可夫模型的进化树重构被引量：1
- 2013年
- 利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理,对DNA序列进行比较.DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列,将其视为一个马尔可夫链,取状态空间Ι={A,T,C,G},使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列,得到DNA序列的特征值,进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量,得到能够对DNA序列进行比较的新方法,并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类,通过加权相对熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰,准确度更高.
- 白凤兰徐珺刘立伟夏阳
- 关键词：进化树
- “信息论基础”实验课程方案的设计被引量：1
- 2021年
- “信息论基础”是信息与计算科学专业的必修课,5G通信理论的核心就是信息论的信道编码理论。信息论是一门与最优化方法、概率统计和随机过程等密切相关的学科,既有很强的理论性,数学证明复杂,又有很强的应用性,与通信技术联系紧密,要求学生具备较高的数学思维能力和较强的编程实践能力,对教师和学生都是一个挑战。但若只有理论讲授、定理证明等,又会枯燥无趣、难以理解。所以在理论讲授的同时增加实验课程,既能增加学生的学习兴趣,又能加深对课堂讲授知识的理解。实验教学是该课程整个教学过程中不可或缺的重要组成部分,搞好实验教学有助于提高教学质量,加深学生对所学知识的理解。要激发学生对编程的兴趣,学生在程序设计中,提高了编程能力,设计的程序各有特色。通过学生的反馈意见可以看出,通过实验课程能够极大地调动学生的想象力,加深对理论知识的理解,提升学生的知识与技能。
- 刘立伟
- 关键词：实验教学
- 基于序列特征组合与核非线性回归预测蛋白质折叠速率
- 2017年
- 选取可压缩性、LZ复杂度等特征值,将它们和20种氨基酸属性C_a,K^0,P_β,R_a,ΔASA,PI,H_t,M_μ,Esm进行组合,表征蛋白质序列.建立多元核非线性回归模型,用核非线性回归模型计算了83个蛋白质的折叠速率预测值.由Jack-knife检验方法得知在不同的结构中不同组合特征值与相应折叠速率有较好的相关性.实验结果表明:多元核非线性回归模型其预测精度及可行性高于线性回归模型,计算复杂度低和方便易操作等优点,具有良好的应用前景.
- 王雅男白凤兰刘立伟王华
- 关键词：蛋白质序列相关系数
- 基于傅里叶功率谱的H1N1病毒血凝素蛋白质序列的比较分析
- 2018年
- 基于经典的HP模型,将不同特征下的H1N1病毒血凝素蛋白质序列转换为数字序列并且用离散傅里叶变换求出相应序列的功率谱。根据这些功率谱建立数学矩函数,并将数字序列转换为多维的矩向量,得到蛋白质序列对应的特征向量。再利用特征向量之间的中间距离对蛋白质序列进行聚类比较分析,得到了较好的结果。这一方法将不同长度的蛋白质序列通过功率谱和力矩将其转化为相同维数的向量,使我们更加容易比较分析生物序列。
- 王华白凤兰刘立伟
- 关键词：蛋白质序列傅里叶变换功率谱聚类
- GraphPLA:一种预测蛋白质–配体结合亲和力的图神经网络方法
- 2024年
- 蛋白质–配体结合亲和力是蛋白质与配体相互作用强度的一个重要指标。准确预测蛋白质–配体结合亲和力对于发现药物的新应用至关重要。迄今为止,已经开发了许多计算技术来预测结合亲和力;然而,这些技术中的一部分需要并不常见的蛋白质三维结构,一些方法还将配体表示为不是分子的适当表示的SMILES串。为了避免这些问题,本文开发了一种名为GraphPLA的新模型,使用具有直接结合配体的独特特征的蛋白质结合口袋作为局部输入特征。还使用扩展卷积来捕捉蛋白质的多尺度远程相互作用,图神经网络来学习配体的图表示。实验结果表明,GraphPLA的RMSE为1.388,MAE为1.118,R为0.795,SD为1.345,CI为0.796,优于目前最先进的预测方法,可以有效预测蛋白质–配体结合亲和力。
- 郭岳松刘立伟
- 利用改进的3DMax算法重构染色体3D结构
- 2021年
- 近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高,促使染色体和基因组三维结构建模的研究取得了很大进展,已经提出了几种从染色体构象捕捉数据中构建单个染色体或整个基因组结构的方法。文中通过对在Hi-C数据基础上对染色体三维结构重建的相关文献进行分析,总结了重建染色体三维空间结构的经典算法3DMax的原理,并且提出了一种新的随机梯度上升算法:XNad⁃am,是Nadam优化方法的一个变体,将其应用于3DMax算法中,以便提高3DMax算法的性能,从而用于预测染色体三维结构。
- 刘立伟么会丽
- 基于图自编码器和协同训练预测miRNA与疾病的关联
- 2024年
- 近年来,越来越多的生物学实验研究表明,microRNA(miRNA)在人类复杂疾病的发展中发挥着重要作用。因此,预测miRNA与疾病之间的关联有助于疾病的准确诊断和有效治疗。由于传统的生物学实验是一种昂贵且耗时的方式,于是许多基于生物学数据的计算模型被提出来预测miRNA与疾病的关联。本研究提出了一种端到端的深度学习模型来预测miRNA-疾病关联关系,称为MDAGAC。首先,通过整合疾病语义相似性,miRNA功能相似性和高斯相互作用谱核相似性,构建miRNA和疾病的相似性图。然后,通过图自编码器和协同训练来改善标签传播的效果。该模型分别在miRNA图和疾病图上建立了两个图自编码器,并对这两个图自编码器进行了协同训练。miRNA图和疾病图上的图自编码器能够通过初始关联矩阵重构得分矩阵,这相当于在图上传播标签。miRNA-疾病关联的预测概率可以从得分矩阵得到。基于五折交叉验证的实验结果表明,MDAGAC方法可靠有效,优于现有的几种预测miRNA-疾病关联的方法。
- 刘立伟刘晓兰谭者斌
- 关键词：MICRORNA疾病端到端
