刘立伟
- 作品数：11 被引量：11H指数：1
- 供职机构：大连交通大学理学院更多>>
- 发文基金：辽宁省教育厅高等学校科学研究项目辽宁省教育厅科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生文化科学更多>>
- 一种新的RNA二级结构三维图形表示及其应用被引量：1
- 2017年
- 本研究提出了一种新的RNA二级结构的图形表示方法,这种方法不同于以往的表示方式。根据所提出的RNA二级结构的图形表示,将对9种病毒的RNA二级结构进行图形表示,构建系统进化树,进行序列间相似性的比较和分析。根据最终结果,可以很清晰地发现,AVII与LRMV两种病毒是最为相似的,另外,较大的距离值出现在了APMV与ALMV;PDV与AVII中,这说明这几种RNA二级结构明显不相似。这一研究结果与前人相似性分析的结果是十分相似的,同时,所采取的方法更加简单易于区分观察且得到的结果又是十分可靠的,因此,这些更加证明了该方法是有效的。
- 刘立伟刘铁晖
- 关键词：RNA二级结构系统进化树
- 用DTW算法构建细胞色素c的进化树被引量：1
- 2011年
- 构建生物的细胞色素c的进化树对蛋白质一级结构的种属差异的研究十分重要。本文通过一维映射,将蛋白质一级序列转化为时间序列,采用DTW算法来计算2个时间序列之间的DTW距离,用以量度序列之间的相似度,给出比较蛋白质序列相似性的度量新算法,用以分析不同物种的细胞色素c蛋白一级序列的相似性,构建序列进化树,得到较好的结果。本方法较其它方法简单快速,为研究生物序列进化关系提供新的手段。
- 白凤兰李英刘立伟
- 关键词：细胞色素C时间序列进化树
- 基于扩展Burrows-Wheeler算法重构禽流感病毒的进化树
- 2014年
- 基于核苷酸的物理化学性质,利用扩展Burrows-Wheeler算法和Burrows-Wheeler相似性分布,对80种H5NI病毒的DNA序列的HA片段进行相似性比较,同时构建序列进化树,得到较好的结果.通过分析禽流感病毒之间的相似度关系,可为研究禽流感区域蔓延的特点提供一定的理论依据.
- 夏阳白凤兰刘立伟
- 关键词：禽流感病毒进化树
- 基于加权相对熵的二阶马尔可夫模型的进化树重构被引量：1
- 2013年
- 利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理,对DNA序列进行比较.DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列,将其视为一个马尔可夫链,取状态空间Ι={A,T,C,G},使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列,得到DNA序列的特征值,进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量,得到能够对DNA序列进行比较的新方法,并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类,通过加权相对熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰,准确度更高.
- 白凤兰徐珺刘立伟夏阳
- 关键词：进化树
- “信息论基础”实验课程方案的设计被引量：1
- 2021年
- “信息论基础”是信息与计算科学专业的必修课,5G通信理论的核心就是信息论的信道编码理论。信息论是一门与最优化方法、概率统计和随机过程等密切相关的学科,既有很强的理论性,数学证明复杂,又有很强的应用性,与通信技术联系紧密,要求学生具备较高的数学思维能力和较强的编程实践能力,对教师和学生都是一个挑战。但若只有理论讲授、定理证明等,又会枯燥无趣、难以理解。所以在理论讲授的同时增加实验课程,既能增加学生的学习兴趣,又能加深对课堂讲授知识的理解。实验教学是该课程整个教学过程中不可或缺的重要组成部分,搞好实验教学有助于提高教学质量,加深学生对所学知识的理解。要激发学生对编程的兴趣,学生在程序设计中,提高了编程能力,设计的程序各有特色。通过学生的反馈意见可以看出,通过实验课程能够极大地调动学生的想象力,加深对理论知识的理解,提升学生的知识与技能。
- 刘立伟
- 关键词：实验教学
- 基于序列特征组合与核非线性回归预测蛋白质折叠速率
- 2017年
- 选取可压缩性、LZ复杂度等特征值,将它们和20种氨基酸属性C_a,K^0,P_β,R_a,ΔASA,PI,H_t,M_μ,Esm进行组合,表征蛋白质序列.建立多元核非线性回归模型,用核非线性回归模型计算了83个蛋白质的折叠速率预测值.由Jack-knife检验方法得知在不同的结构中不同组合特征值与相应折叠速率有较好的相关性.实验结果表明:多元核非线性回归模型其预测精度及可行性高于线性回归模型,计算复杂度低和方便易操作等优点,具有良好的应用前景.
- 王雅男白凤兰刘立伟王华
- 关键词：蛋白质序列相关系数
- 基于傅里叶功率谱的H1N1病毒血凝素蛋白质序列的比较分析
- 2018年
- 基于经典的HP模型,将不同特征下的H1N1病毒血凝素蛋白质序列转换为数字序列并且用离散傅里叶变换求出相应序列的功率谱。根据这些功率谱建立数学矩函数,并将数字序列转换为多维的矩向量,得到蛋白质序列对应的特征向量。再利用特征向量之间的中间距离对蛋白质序列进行聚类比较分析,得到了较好的结果。这一方法将不同长度的蛋白质序列通过功率谱和力矩将其转化为相同维数的向量,使我们更加容易比较分析生物序列。
- 王华白凤兰刘立伟
- 关键词：蛋白质序列傅里叶变换功率谱聚类
- 利用改进的3DMax算法重构染色体3D结构
- 2021年
- 近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高,促使染色体和基因组三维结构建模的研究取得了很大进展,已经提出了几种从染色体构象捕捉数据中构建单个染色体或整个基因组结构的方法。文中通过对在Hi-C数据基础上对染色体三维结构重建的相关文献进行分析,总结了重建染色体三维空间结构的经典算法3DMax的原理,并且提出了一种新的随机梯度上升算法:XNad⁃am,是Nadam优化方法的一个变体,将其应用于3DMax算法中,以便提高3DMax算法的性能,从而用于预测染色体三维结构。
- 刘立伟么会丽
- 药用亲缘学论纲——知识谱系,认识论和范式转换被引量：7
- 2015年
- 中药资源是我国中医药事业发展的基础,采用创新的理论和方法寻找和发现中药新资源是中药资源可持续利用研究的热点和重点。药用亲缘学研究药用生物(特别是药用植物)的生物亲缘关系,化学成分和疗效(传统疗效和药理活性)间的相关性,该学科的建立对于开发中药植物资源具有重要指导意义;系统发育基因组学方法可用于药物发现和开发的相关问题研究,在组学水平拓展了药用亲缘学的领域,由此衍生出药用基因组亲缘学的新概念。该文简述药用亲缘学的知识谱系,研究方法和范式转换,凸显药用基因组亲缘学的理论和实践价值,建议选择《中国药典》2010年版收录最多的毛茛科为例,对药用基因组亲缘学进行深入的实证研究。在基因组,转录组和代谢组水平探讨毛茛科及其重要族属系统发育和进化关系,揭示药用植物基因型和代谢表型,以及近缘种遗传多样性和化学多样性的内在关联。通过毛茛科示范研究,丰富药用亲缘学研究的内涵,扩展其外延,将药用基因组亲缘学视为药用亲缘学的升级版,开放地吸收有关领域的新知识和新技术,促进中药资源学科的成长,推动中药植物资源的开发和可持续利用。
- 郝大程肖培根刘立伟彭勇何春年
- 基于因子模型对G蛋白偶联受体序列进行聚类
- 2017年
- G蛋白偶联受体(G Protein-Coupled Receptors, GPCRs)是一肽类膜蛋白家族,对GPCRs序列进行聚类分析有着重要的理论意义和应用价值。本文根据氨基酸的分类及其物化性质给出了蛋白质序列的特征向量表示,在此基础上用因子分析法对蛋白质序列的特征向量进行降维得到了因子模型,进而利用因子模型分析了40个GPCRs序列的相似性,并进行聚类分析,得到了较好的结果,为分析比较GPCRs序列提供新的手段。
- 王华白凤兰刘立伟
- 关键词：蛋白质序列特征向量聚类分析
