夏阳
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：大连交通大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 基于Burrows-Wheeler算法重构生物序列的进化树
- 计算分子生物学是一门新兴的交叉学科。它是以计算机和网络为工具,采用数学、化学、物理和信息科学等理论和方法研究]RNA和蛋白质等生物大分子。计算分子生物学的研究能够帮助我们进一步探索生物进化和生命奥秘等重大问题。生物序列的...
- 夏阳
- 关键词：生物序列禽流感病毒进化树
- 文献传递
- 基于扩展Burrows-Wheeler算法重构禽流感病毒的进化树
- 2014年
- 基于核苷酸的物理化学性质,利用扩展Burrows-Wheeler算法和Burrows-Wheeler相似性分布,对80种H5NI病毒的DNA序列的HA片段进行相似性比较,同时构建序列进化树,得到较好的结果.通过分析禽流感病毒之间的相似度关系,可为研究禽流感区域蔓延的特点提供一定的理论依据.
- 夏阳白凤兰刘立伟
- 关键词：禽流感病毒进化树
- 基于加权相对熵的二阶马尔可夫模型的进化树重构被引量：1
- 2013年
- 利用加权相对熵的二阶马尔可夫模型的基本原理,对DNA序列进行比较.DNA序列由4个字符A、T、C、G构成的序列,将其视为一个马尔可夫链,取状态空间Ι={A,T,C,G},使用二阶转移概率矩阵来描述DNA序列,得到DNA序列的特征值,进而利用特征值定义DNA序列的相似性度量,得到能够对DNA序列进行比较的新方法,并利用这个方法对30个物种的线粒体DNA序列进行分类,通过加权相对熵得到距离矩阵的非比对方法构建的进化树划分更加清晰,准确度更高.
- 白凤兰徐珺刘立伟夏阳
- 关键词：进化树
