徐盼
- 作品数：8 被引量：20H指数：3
- 供职机构：江西农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省科技计划重点项目江西省科技厅科技支撑计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- BAC介导转FSHa/b基因公猪的分子鉴定和生物安全评价
- 促卵泡素(FSH)是一种哺乳动物体内调控繁殖性能的重要激素。转基因小鼠模型表明FSH过表达可以提高雌性小鼠排卵数及产仔数。实验室与合作单位前期利用细菌人工染色体和体细胞核移植将二花脸猪FSH?/?基因转入美系大白猪体内,...
- 徐盼
- 关键词：促卵泡素细菌人工染色体分子鉴定生物安全评价
- 文献传递
- 整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定猪血液性状候选基因被引量：2
- 2016年
- 【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸F_2资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用Illumina 60K SNP芯片对1 020头F_2资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率<90%和孟德尔错误检出率>5%的个体。检出率<95%、次等位基因频率<5%、哈代-温伯格检验(HWE)P<5×10^(-6)、与性染色体连锁疑似常染色体的SNP被筛除。利用Illumina GA II测序仪测序对502头F_2资源群体的肝脏进行数字基因表达谱测序。测序得到的原始数据经过滤获得清洁标签后与参考标签数据库比对,将能唯一比对到参考基因序列的清洁标签数量进行标准化处理以获得标准化的基因表达量。每个转录本的表达水平进一步转化为lg2值。在少于20%的个体中表达的转录本被滤去。表型性状和基因表达性状使用R程序包中Gen ABEL内polygentic功能进行性别、批次和亲缘关系的校正。其残差使用R程序包中斯皮尔曼系数评估基因表达水平与表型数据的关联性,设定保守阈值P<5×10^(-4)时调整多重检验。将检测到的表达数量性状位点(eQTL)及其对应基因根据其位置相对照的关系进行绘图。搜寻前期GWAS最高点5.0 Mb区域内eQTL结合GWAS结果进行综合分析。Gene Ontology&KEGG pathway富集分析使用在线工具DAVID。基因共表达网络使用在线工具Gene MANIA进行构建。【结果】白色杜洛克×二花脸F_2资源群体中502个个体的20 108个肝脏转录本通过了质检。当P<5×10^(-4)时鉴别到与血红蛋白(HGB)、红细胞数目(RBC)、红细胞压积(HCT)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和白细胞数目(WBC)关联的转录本共259个。有34个转录本与一个以上表型关联。用上述血细胞性状关联的转录本进行eQTL定位,当阈值P<10^(-5)时得到304个eQTL,
- 徐盼张震章峰杨斌段艳宇
- 关键词：血液性状全基因组关联分析候选基因
- BAC介导FSHa/b基因公猪的分子鉴定和生物安全评价
- 促卵泡素（FSH）是一种哺乳动物体内调控繁殖性能的重要激素。转基因小鼠模型表明FSH过表达可以提高雌性小鼠排卵数及产仔数。实验室与合作单位前期利用细菌人工染色体和体细胞核移植将二花脸猪FSHα/β基因转入美系大白猪体内，...
- 徐盼
- 关键词：促卵泡素繁殖性状分子鉴定生物安全评价
- 白色杜洛克×二花脸资源家系猪血液性状的系统遗传学研究被引量：3
- 2016年
- 为揭示家猪血细胞性状的遗传基础,本研究整合白色杜洛克×二花脸猪F2资源家系肌肉血细胞性状eQTL和全基因关联分析结果,鉴别影响血细胞性状的候选基因。研究测定了1 149个个体的18种血常规和593个个体肌肉转录本表达水平,对1 020个个体进行基因分型。转录组表达水平与血常规数据的关联性使用斯皮尔曼系数进行评估,将血细胞性状相关联的转录本进行eQTL定位并进行基因富集分析,结合前期本试验的GWAS结果进行综合分析。结果,当P<5×10-4时检测到血细胞相关的eQTLs有122个,其中有9个顺式eQTLs和63个反式eQTLs。通过eQTL定位确定SERPINB6为影响红细胞性状的候选基因,基因富集分析鉴别到影响红细胞性状的候选基因为PTPRC和ITGA8,GWAS和eQTL的综合分析发现影响红细胞性状相关的基因为TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1。本研究通过结合前期GWAS结果和肌肉转录本表达数据进行综合分析鉴别到7个与红细胞性状相关的基因,其中TMED9、PCK1、TINAGL1和SORL1是GWAS和eQTL共有的候选基因。
- 徐盼张震崔磊磊杨斌段艳宇
- 关键词：血液性状
- 慢病毒介导的CRISPR/Cas9技术编辑PFF细胞BMPR-IB基因及BMPs信号通路重要基因表达分析被引量：3
- 2018年
- 【目的】利用慢病毒介导的CRISPR/Cas9基因组编辑技术获得编辑BMPR-IB(bone morphogenetic protein receptor,type IB)基因的猪胎儿成纤维细胞(pig fetal fibroblasts,PFF),并研究该基因被编辑后对骨形态发生蛋白(bone morphogenetic proteins,BMPs)信号通路中重要功能基因表达的影响。【方法】针对猪的BMPR-IB基因的外显子8,利用在线软件http://crispr.mit.edu获得了21条sg RNAs(single-guide RNAs)序列;得分最高的sg RNA与互补序列(包含接头)退火成双链后连接入线性化的lenti CRISPR v2质粒以获得打靶质粒,打靶质粒与包装质粒ps PAX2和p CMV-VSV-G按5﹕4﹕1质量比混合后通过293T细胞包装慢病毒。慢病毒溶液经0.45μm滤膜回收后与PFF细胞培养液按照1﹕1混合、并加入聚凝胺(polybrene)至终浓度为6μg·m L-1,在1 000 g转速、32℃下离心感染PFF细胞1 h。感染3 d后,细胞在含3.5μg·m L-1嘌呤霉素的培养液中筛选6—7 d,最终获得编辑BMPR-IB基因的PFF细胞克隆群。针对编辑(打靶)细胞,首先通过T7E1酶切检测突变体,初步判断打靶效率,再通过PCR、PCR-TA克隆分析细胞的编辑及脱靶情况。利用RT-PCR检测编辑和对照组细胞中与BMPs信号通路相关的重要基因的表达情况;Western blotting检测编辑细胞与对照组细胞中BMPR-IB基因的蛋白表达量。利用Cell Counting Kit-8(CCK-8)试剂盒检测编辑细胞及对照组细胞的增殖能力。【结果】T7E1酶切及PCR测序均证实PFF细胞成功打靶目标DNA区域;TA克隆测序表明目标区域发生了插入与缺失突变,突变率为70%。针对20个潜在的脱靶位点的TA克隆测序结果表明,仅1个位点出现了10%(2/20)的脱靶情况。RT-PCR结果显示,打靶细胞与对照组细胞相比,BMPR-IB、Cylin D2、Cdk2和Bcl2基因的表达量均极显著下降(P<0.01)。Western blotting结果显示,打靶细胞BMPR-IB基因的表达量较对照组细胞降低62%。CCK-8检测试验表明,同一代细胞中,打靶PFF的增殖能�
- 杨强徐盼蒋凯乔传民任军黄路生幸宇云
- 关键词：慢病毒BMPR-IB细胞增殖
- 福建省商业猪种MUC13、IGF2和RYR1基因主效位点的遗传变异分析被引量：9
- 2012年
- 选择决定新生仔猪ETEC F4ac腹泻抗性的黏附素13(MUC13)基因,影响生长速度和背膘厚的IGF2内含子3 g.3072G>A,决定氟烷敏感性的RYR1 c.1843C>T等3个对养猪生产具有显著影响的基因位点,采用PCR-RFLP或PCR-SNaPshot方法,对福建省6家大型种猪场的杜洛克、长白、大白核心育种群进行基因型判定。结果表明:杜洛克、长白、大白的MUC13有利等位基因频率分别为0.892、0.643、0.638,IGF2有利等位基因频率分别为0.933、0.742、0.826,RYR1有利基因型频率很高,分别为:0.896、0.982、0.968。RYR1、IGF2与MUC13的有利等位基因型组合个体比例在各品种中差异较大,以杜洛克最高(65.4%),大白其次(28.4%),长白最低(19.9%)。因此,与常规育种技术相结合,需经过多世代选育才能将此3个主效位点的有利等位基因在受试种群中选育纯合。
- 阮国荣肖石军徐盼刘亚轩陈金雄江宵兵
- 关键词：IGF2
- VRTN Promoter-hsp68-LacZ表达载体的构建与鉴定被引量：2
- 2015年
- 利用β-半乳糖苷酶(LacZ)报告基因对与猪脊椎发育相关的VRTN基因调节突变区进行研究和鉴别。使用通路克隆技术构建与VRTN基因的启动子区与热休克蛋白(hsp68)启动子及LacZ相连的报告载体,将其转染人肾上皮细胞系(HEK293T细胞),并将载体线性化后整合入HEK293T细胞基因组中进行上述表达质粒整合效率的评估。结果表明:利用通路克隆技术构建真核表达质粒快速准确;在脂质体介导下转染HEK293T细胞后,将细胞置于42℃热休克染色后检测转染效率60%左右;线性化后转染HEK293T细胞加新霉素G418筛选后可得到稳定遗传的整合有质粒的细胞。
- 张震徐盼张慧段艳宇
- 关键词：热休克蛋白
- BAC介导的转FSHα/β基因猪的初步分子鉴定、理化指标测定及生物安全评价
- 促卵泡激素(Follicle-stimulating hormone,FSH)是雌雄动物体内很重要的一种生殖激素。中国农业大学的早期研究发现FSHβ基因是影响猪产仔数的主效基因之一；导入二花脸猪FSHα/β基因的转基因小...
- 徐盼蒋凯杨强姜超王小鹏王成斌乔传民龚焕发李龙云幸宇云李秋艳任军
- 关键词：转基因猪促卵泡激素细菌人工染色体
