袁峰
- 作品数：33 被引量：121H指数：7
- 供职机构：云南农业大学动物科学技术学院更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金国家自然科学基金云南省应用基础研究计划面上项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学更多>>
- 牛科物种FSHβ基因外显子3编码区遗传多态性及其生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 促卵泡素是动物垂体前叶分泌的重要繁殖调控激素。采用PCR产物直接测序法对河流型和沼泽型水牛、牦牛和大额牛的FSHβ基因外显子3编码区进行群体变异检测,并进行了生物信息学分析。牛科物种FSHβ基因外显子3编码区均为231 bp。在水牛中共发现16个SNP位点,其中异义替换13个,推测4个异义替换对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。沼泽型水牛中发现的SNP位点均与河流型水牛共享,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。在普通牛、牦牛和大额牛中分别确定8,3,1个SNP位点,但只有SNP307是异义替换,普通牛与牦牛共享该位点,推测其对FSH功能无显著影响(subPSEC>-3)。在山羊中有11个SNP位点,8个为异义替换,推测只有SNP253对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。在绵羊中有3个SNP位点,皆为同义替换。确定水牛特有的核苷酸位点4个,山羊特有的位点1个,普通牛、牦牛和大额牛共有的核苷酸位点4个,山羊和绵羊中共有的位点2个,这些位点编码氨基酸的差异可能引起了不同类型牛科物种间FSHβ亚基功能上的差异性。
- 杨秋丽哈福李大林袁跃云袁峰霍金龙苗永旺
- 关键词：生物信息学分析
- 沼泽型与河流型水牛Y染色体性别决定基因(SRY)编码区序列的比较分析被引量：2
- 2010年
- 采用PCR产物直接测序技术对56头沼泽型水牛和26头河流型水牛Y染色体性别决定基因(SRY)的完整编码区及部分侧翼区序列进行了测定和比较分析,结果显示所有沼泽型水牛的SRY基因编码序列一致,所有河流型水牛的SRY基因编码序列也一致;但沼泽型水牛和河流型水牛之间SRY基因编码区序列相比在c.202位点存在一个G>C替换,这个碱基差异属于错义突变,导致了p.G68R,即编码的第68位氨基酸在沼泽型水牛为甘氨酸G,而在河流型水牛为精氨酸R;经群体检测确定SRY基因c.202G>C变异为沼泽型水牛和河流型水牛之间普遍存在的现象,而其他牛科物种在此位置不存在差异。本研究使用的PCR引物可以作为水牛性别鉴定的特异性引物,而发现的差异位点也可以作为区分沼泽型与河流型水牛和水牛群体雄性介导基因流检测的分子标记。
- 霍金龙苗永旺李大林袁峰刘丽仙
- 关键词：沼泽型水牛河流型水牛牛科SRY基因
- 利用微卫星DNA标记进行黄牛的亲子鉴定被引量：13
- 2010年
- 亲子鉴定在畜牧业生产中具有重要实际应用价值,常见其用于建立准确的系谱档案和家畜归属的诉讼案件。其中标准的三联体(即在母子关系是已知的情况下,鉴定假设父亲与子畜是否有亲生关系)和单亲[即父子(女)或母子(女)亲生关系的确定]两种情况下的亲子鉴定在畜牧生产中具有普遍意义。以云南文山黄牛为试验材料,采用10对常染色体微卫星DNA标记对这两种情况下的亲子关系进行了检测分析。结果表明,常染色体微卫星DNA标记在标准的三联体和单亲两种情况下都能用来进行亲子鉴定,结果较准确,但标准三联体情况下的亲子鉴定更准确。确定的不同模式下亲子鉴定的方法,可为家养动物亲子鉴定标准方法和流程的建立提供依据。
- 钱林东张自芳田应华袁峰钱坤苗永旺
- 关键词：DNA标记微卫星DNA亲子鉴定
- 牛科物种FSHβ基因外显子1和外显子2遗传特征分析被引量：3
- 2013年
- 促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSH)对刺激动物卵泡发育和促进精子生成具有重要作用,但有关牛科物种FSH基因的群体遗传特征还不十分清楚。本文针对FSHβ基因外显子1和外显子2,采用PCR-SS-CP结合PCR产物直接测序技术对353头水牛(来自11个水牛群体)、30头牦牛和30头大额牛样品进行了群体变异检测,并结合NCBI数据库中已发表的普通牛、山羊和绵羊等物种同源序列进行了群体遗传和生物信息学分析。在FSHβ基因外显子1中,水牛中发现1个核苷酸替换和1个缺失,即c.-49A>G和c.-31delG;其中,SNP-49在河流型和沼泽型水牛中均存在,等位基因c.-49A为优势等位基因,而c.-31delG只存在于沼泽型水牛中,且为杂合状态,基因频率为0.077。在牦牛外显子1中检测到c.-37G>A和c.-12T>C替换,且为连锁遗传的,而在大额牛外显子1中未检测到SNP位点。在FSHβ基因外显子2中,水牛中发现c.132G>A替换,该位点在河流型和沼泽型水牛均存在,但等位基因频率在两类水牛间不一致。在牦牛外显子2中检测到c.9C>T和c.21C>T替换,该替换也存在于普通牛中;大额牛外显子2为单态,未见SNP位点。生物信息学分析显示,在一些牛科物种FSHβ基因外显子2中发现的SNP位点均为同义替换,揭示了其序列的高度保守性。在牛科物种中,山羊和绵羊FSHβ基因第36位密码子编码氨基酸与其他物种不同,可作为区分它们的遗传标记。
- 哈福李大林袁跃云吴志勇袁峰霍金龙苗永旺
- 关键词：促卵泡激素PCR-SSCP
- 华坪乌骨鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析被引量：11
- 2012年
- 为了阐明华坪乌骨鸡群体遗传背景信息,采用PCR产物直接测序技术对36只华坪乌骨鸡样品的线粒体DNA控制区高变区Ⅰ(长520 bp)进行了测序和序列分析。结果:在所检测华坪乌骨鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.1%、29.8%、27.4%和12.6%;共检测到31个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的5.96%,其中22个为简约信息位点,9个为单一信息位点。在该群体中共检测到12种单倍型,单倍型多样度(H)为(0.867±0.038),核苷酸多样度(π值)为(0.01547±0.00085),群体内遗传距离和序列间平均核苷酸差异数分别为(0.016±0.004)和8.044。系统发育分析显示,华坪乌骨鸡包含A、B、C、E、F和G等6个mtDNA世系。结果揭示华坪乌骨鸡群体内遗传变异较丰富,在遗传组成上具有6个母系血统来源。
- 刘丽仙苗永旺孙利民李大林袁峰杨永军贺明仙倪有崇陈官国
- 关键词：遗传分化
- 槟榔江水牛LALBA基因克隆及序列特征分析被引量：1
- 2017年
- 【目的】α-乳清蛋白由LALBA基因编码,在乳糖合成中起着重要作用。近年在普通奶牛中发现该基因与泌乳性状关系密切,但在水牛中研究较少。为了揭示水牛LALBA基因的序列特征。【方法】本研究采用RT-PCR测序法对槟榔江水牛LALBA基因的编码区序列进行了克隆和生物信息学分析。【结果】槟榔江水牛LALBA基因的编码区全长429 bp,编码蛋白含142个氨基酸。其α-LA含有1个C型溶菌酶/乳蛋白家族结构域(AA20~138)和1个信号肽序列(AA19~20),无跨膜结构,是胞外分泌的亲水蛋白;其N末端疏水,C末端亲水;有4类功能活性位点。基于LALBA基因编码区序列的系统发育分析表明,槟榔江水牛与牛亚科物种聚在一起,揭示它们LALBA基因功能的相似性。在LALBA基因编码区共检测到5个SNP位点:c.63A>G、c.107A>G、c.147A>G、c.249C>T、c.291T>C。这些变异位点全部处于Hardy-Weinberg不平衡状态,只有SNP107为异义替换,导致编码氨基酸由天冬氨酸变为甘氨酸。功能分析显示SNP107对槟榔江水牛α-LA功能没有影响。【结论】水牛LALBA基因的序列与其他牛科物种长度相同,其编码产物的结构、功能与其他牛科物种相似。本研究可为进一步研究LALBA基因在水牛泌乳过程中的作用机制奠定基础。
- 单曦吉丽张永云滕晓红袁峰哈福苗永旺
- 关键词：槟榔江水牛生物信息学分析单核苷酸多态性蛋白质功能
- 云南3个地方鸡群体mtDNA D-loop遗传多样性分析被引量：15
- 2015年
- 他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍型,单倍型多样度为0.855±0.036,核苷酸多样度为0.017 15±0.000 58,群体内遗传距离为0.018±0.004;在兰坪绒毛鸡中发现18个核苷酸变异位点,共定义7种单倍型,单倍型多样度为0.545±0.079,核苷酸多样度为0.004 65±0.001 29,群体内遗传距离为0.005±0.001;在武定鸡中观测到36个变异位点,共定义26种单倍型,单倍型多样度为0.922±0.018,核苷酸多样度为0.015 34±0.000 80,群体内遗传距离为0.016±0.003。单倍型中介网络分析显示:他留乌骨鸡和武定鸡均包含A,B,E,F,G和H等6个母系世系,但各世系的构成比存在较大差异:他留乌骨鸡中A,B,E,F,G和H世系的构成比为35.19%,5.55%,5.55%,16.67%,27.78%,9.26%,而在武定鸡中却为34.72%,22.22%,12.50%,12.50%,15.28%,2.78%;兰坪绒毛鸡仅含有A,F和G等3个世系,构成比为2.13%,89.36%,8.51%,云南土著鸡血统占97.87%,主要由F世系构成。上述结果揭示云南3个地方鸡群体存在较大遗传分化,他留乌骨鸡和武定鸡群体变异丰富,兰坪绒毛鸡群体变异较为贫乏,但其母系遗传组成独特。本研究结果支持家鸡多个母系起源的论点。
- 苗永旺孙利民王素芳欧阳依娜张永云袁峰和四池李庆量
- 关键词：武定鸡MTDNA
- 5个黄牛群体垂体转录因子基因变异研究
- 2013年
- 为了阐明云南黄牛垂体转录因子(POU1F1)基因的群体变异特征,采用DNA序列分析和PCR-RFLP技术对云南地区5个黄牛群体(3个本地群体和2个引进品种)的垂体转录因子(POU1F1)基因的第5内含子和第6外显子进行了基因克隆测序和群体变异检测分析。在5个群体中均发现存在A和B两个等位基因,在国外引进的短角牛和安格斯牛中,A等位基因为优势等位基因,其基因频率分别为0.944和0.700;而在云南的昭通黄牛、迪庆黄牛和荷斯坦奶牛中B等位基因占优势,其基因频率分别为0.645,0.727和0.917;在短角牛和安格斯牛中,BB基因型频率为0;而在云南荷斯坦奶牛中,AA基因型频率为0。在所检测的座位中,昭通黄牛、迪庆黄牛和安格斯牛具有较高的杂合度,而其他群体该座位杂合度较低。
- 钱林东唐贺李卓然张自芳袁峰钱坤苗永旺
- 关键词：POU1F1基因PCR-RFLP多态性
- 水牛FASN基因外显子37多态性及其生物信息学分析
- 2014年
- [目的]脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)是影响哺乳动物脂肪酸合成的关键酶,但有关水牛FASN基因的群体遗传组成特征还不清楚。[方法]本研究采用PCR产物直接测序法和PCR-SSCP方法对88头河流型和122头沼泽型水牛、54头牦牛和40头大额牛FASN基因外显子37进行群体变异检测,并结合已发表的牛科物种序列进行生物信息学分析。[结果]结果表明,仅在水牛中发现2个SNP位点,为c.6363C>T和c.6372C>T,均为同义替换。河流型和沼泽型水牛共享这2个SNP位点,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。确定水牛特有的核苷酸位点3个,即c.6183A,c.6255T和c.6394A,其中c.6394A导致水牛FASN蛋白第2132位氨基酸与其它牛科物种不同,在水牛中为M而其它牛科物种中为V;山羊特有的位点2个,为c.6189A和c.6267T。普通牛、山羊和绵羊中具有异义替换SNP位点,分别为1个、3个和7个。普通牛的异义替换SNP位点c.6365G>A对蛋白质功能影响不显著(subPSEC>-3);山羊的这些异义替换SNP位点c.6296T>C、c.6301C>T和c.6341T>C对其蛋白质功能影响均有显著影响(subPSEC<-3);绵羊7个异义替换SNP位点中的2个,即c.6286A>C和c.6406A>G对FASN功能有显著影响(subPSEC<-3)。[结论]这些核苷酸差异引起的氨基酸差异可能引起不同牛科物种间FASN功能的差异。
- 江明星哈福付琳袁峰欧阳依娜张慧芳苗永旺
- 关键词：水牛多态性SNPS
- 12个水牛群体催乳素基因第4外显子遗传特征分析被引量：7
- 2010年
- 催乳素对水牛乳腺发育、泌乳和乳蛋白基因的表达有明显的调控作用。该研究采用直接测序并结合PCR-SSCP技术,分析沼泽型水牛和河流型水牛12个群体385个个体的催乳素基因(PRL)第4外显子(exon4)的遗传特征。结果表明:水牛PRLexon4由180个核苷酸组成,在不同物种中具有高度保守性。序列分析发现水牛中该外显子的第109位碱基处有C>T替换,为沉默突变,与泌乳性状之间无显著相关性。在9个沼泽型水牛群体中均检测到该突变位点,其中PBA基因在7个沼泽型水牛群体中为优势基因,PBB基因在德宏和富钟群体中为优势基因,沼泽型水牛群体中PBA基因频率在0.400～0.917之间,群体平均值为0.629±0.049,具有地域分布特征。在3个河流型水牛群体中,第109位核苷酸处均为C,未检测到多态。提示河流型水牛与沼泽型水牛已有较大的遗传分化。
- 袁峰苗永旺李大林汤守锟许政霍金龙祁宏
- 关键词：河流型水牛沼泽型水牛催乳素PCR-SSCP
